自元代中、後期以來，道教便逐漸歸流為以符箓為主的正一道和以內丹修煉為主的全真道兩大派。進入明代，明太祖朱元璋於洪武七年（1374）在【禦制玄教齋醮儀文序】中說：「朕觀釋、道之教，各有二徒。僧，有禪有教；道，有正一有全真。」朱元璋在洪武十五年（1382），正式設立道錄司總理全國道教，將道教分為正一、全真兩種來加以管理，兩派道士的度牒和職銜均不相同。這樣，道教派別正式由官方劃為正一道和全真道兩大派，從而決定了社會上人們對於道教派別的一般概念。盡管從道教本身來看，由於其傳承、宮觀等等的不同而區分為許多派別，即使正一道、全真道兩大派的教義教制已互相混融，但人們還是視道教為全真道和正一道兩大派。這樣的觀念持續至今。
（1）全真道的自守內煉
全真道在元代受統治者的重視，在政治上享有極高的地位，發展也極為迅猛。然則，隨著元王朝的覆滅、全真道本身的蛻變，入明以後，幾乎銷聲匿跡，其政治地位一落千丈。不僅在明中葉以前其道士榮貴者甚少，且終明之世也寂然無聞。
明朝皇帝從朱元璋起，對全真道即不太重視。在朱元璋看來，全真道唯修一己性命的教旨，並不適合自己從政治上利用道教的政策，他說：「禪與全真，務以修身養性，獨為自己而已。」一語即道出全真道不能滿足其敦人倫，厚風俗，以鬼神暗助王綱的需要。再者，全真道是起於北方的道派，與元代統治者的關系十分密切，這也可能是明代統治者與全真道關系疏遠的原因。
明代全真道士中，得到明統治者優遇、推崇的有以隱而名愈著的武當道士張三豐。有關張三豐的種種傳說非常多，不僅其生辰時日、籍貫和行蹤神秘莫測，甚至連他的長相也無人知曉。
由此來看，張三豐是一個內煉有成的全真道士，然其身世出處皆不可詳考。據【明史】、【名山藏】、【明史稿】以及李西月【三豐全集】等，至洪武初時，張三豐已有120歲。其傳承，從其隱逸風範來看，大約與陳摶確有淵源關系。
從明初起，張三豐便受到明皇室的欽重，他的出名，可說與明室的訪求及其隱仙風範有關。洪武十七年（1384），朱元璋下詔征求張三豐入朝，不赴。於是，又下詔命張三豐弟子沈萬三、丘玄清恭請張三豐，亦未獲。洪武二十四年（1391），「太祖故聞其名，洪武二十四年遣使覓之不得」。明成祖更是多次派人尋訪，表現出對張三豐的渴求、景仰。永樂五年（1407），遣給事中胡偕內侍朱祥賫璽書香幣訪求，「遍歷荒僥，積數年不遇」。
成祖在給張三豐的禦書中說：「朕久仰真仙，謁思親承儀範」，「至誠願見之心，夙夜不忘」。永樂十年（1412），敕命正一道士孫碧雲於武當山建宮住持，預候張三豐。永樂十四年（1416），敕命安車迎請張三豐，亦不得。於是，乃命工部侍郎郭璡、隆平侯張信督丁30余萬人，營造武當山宮觀，供奉玄天上帝，所費銀以百萬計。宮觀落成後，賜武當山名「太和太嶽山」，這竟使張三豐「此山異日必大興」之預言應驗。即使如此，太祖、成祖多次征召張三豐未果，但此後的明代諸帝都對他表示了無限的欽崇。英宗天順三年（1459），詔封張三豐為「通微顯化大真人」。
成化二十二年（1486），明憲宗誥封張三豐為「韜光尚誌真仙」。嘉靖四十二年（1563），明世宗封張三豐為「清虛元妙真君」，從這個封號來看，大概至此時，明皇帝們才相信張三豐已不在人世而升入仙界。直到天啟三年（1623），明熹宗還以張三豐降臨乩壇示以鸞語，封張三豐為「飛龍顯化宏仁濟世真君」。張三豐雖然未入朝做官，卻受到了明朝諸帝的屢次詔封，聲名大著。張三豐的弟子丘玄清（1327—1393），也獲得了明統治者的寵遇。
據【萬歷野獲編·補遺】卷三載：丘玄清於洪武初因張三豐被薦為武當山五龍宮住持，有司又以賢才薦為禦史，後轉太常卿，封三代。「每遇大祀天地，上宿齋宮，咨以雨旸之事，奏對有驗。暇則凝神默坐。」又說：「上以二宮人賜之，邱度不能辭，遂自宮。今觀其遺像，真儼然一嫗也。」並說京師之「燕九節」，就是因為此日是丘玄清自閹之日，故名「閹九」（農歷正月十九日），轉為「燕九」，為京師一大節日。「然京師是日不但遊人塞途，而四方全真道人，不期而集者不下數萬……中貴人多以是日散錢施齋。」從此記載可以看出，丘玄清雖身居高位，但仍保持了全真道最初的清凈自守之風。
此外，在嘉靖朝時，嶗山全真道士孫玄清因求雨有驗，世宗賜號為「護國天師左贊教主紫陽真人」。
全真道本身在明代的發展，有以張三豐為祖師的系別，據北京白雲觀【諸真宗派總簿】所列，有王屋山邋遢派、自然派、三豐派、三豐祖師日新派、三豐祖師蓬萊派、松塔派等。另外，全真道北七真門下所形成的各門派於明初中葉罕見有影響的高道出現，受皇帝征召，賜號封官者更少，最有勢力的乃是丘處機所傳的龍門派。據清初王常月【缽鑒】記述，形成於元明間的「龍門律宗」，以戒律密傳。活動於元代的是第一代律師趙道堅和第二代律師張德純。第三代律師陳通微、第四代律師周玄樸、第五代律師張靜定和沈靜圓、第六代律師趙真嵩，他們皆活動於明代。總之，龍門律宗雖然傳嗣不絕，然道派傳衍不廣，道德聲望不高，未受到明王朝及上層的重視。其余的全真嫡派更為雕零。
全真道在明代的發展，以武當山全真道最為活躍。武當山由於其特殊的地理位置，成為南北道教交匯之地，所傳道派既有全真道，也有清微、神霄、正一諸派，各派都信奉真武玄天大帝。各道派間相互交融的程度也相當深，全真派道士也兼行清微、神霄雷法，也會打醮設齋，而符箓派道士也吸收全真道的內煉之學。在元代，各派的基本職責是為元室進行「告天祝禱」、「建醮祈雨」。進入明代，由於全真道隱仙張三豐受明皇帝的欽慕及成祖奉祀玄天上帝，大修武當山宮觀，這就為武當山全真派的發展提供了有利條件。
如成祖於永樂十一年（1413）十月頒布聖旨，曰：「大嶽太和山各宮觀有修煉之士，怡神葆真，抱一守素，外遠身形，屏絕人事，習靜之功，頃刻無間。一應往來浮浪之人，並不許生事喧聒，擾其靜功，妨其辦道，違者治以重罪。有至誠之士，慕躡玄關，思超凡質，實心參真問道者，不在禁例。若道士有不務本教，生事害群，傷壞祖風者，輕則即時譴責逐出下山，重則具奏來聞，治以重罪。」
為武當山全真道士的潛心修道提供了極為良好的條件。而此時的武當全真道士也確實具有該派創立初期的純樸之風，不慕榮華，即使身居高位，並受到統治者的優待，也能潔身自好。據【太嶽太和山誌】等史書載，當時隱棲苦修，煉養有素的全真道士相當多。例如：張三豐弟子，人稱太和四仙的盧秋雲、周真得、劉古泉、楊善澄，得其師清靜守中之秘，同時靜煉，四人皆證果。其他如周自然、王宗道、單道安等，修道也頗有成績。總之，這一切都為全真道以後的發展奠定了重要的基礎。
明初至中葉，全真道士們著述不輟。如張三豐曾撰【大道論】、【玄機直指】、【道言淺說】、【玄要篇】等，後由清代李西月輯成【張三豐全集】八卷。而存於【正統道藏】中的有何道全、王道淵二人的著述，他們皆為元、明間人。何道全有【隨機應化錄】以及【般若心經註】傳世，王道淵有【還真集】、【道玄集】、【崔公入藥鏡註釋】、【黃帝陰符經夾頌解說】、【黃帝陰符經註】、【青天歌註釋】。他們三人的思想觀點，都有時代的共同特征，主張道、儒、釋三教同源一致，而又各有自己的特色。
張三豐丹道理論的特點在於：首先，特別強調道、儒、釋三教歸一，竭力和會儒學，具有濃厚的理學氣味。他在【大道論】中說：「窮性命之真，發聖賢仙佛之理，本本原原，如疏如註，有為無為之序，內藥外藥之分，養胎脫胎之妙。」又說：「世人多以異端目之，夫黃老所傳，亦正心修身治國平天下之理也。」人遵行其道，則「真精真神聚其中，大才大德出其中」。他的內丹丹法，基本上屬於北宗先性後命、性命雙修一路。然而，他又有主張陰陽雙修的論述，故其後學有清修與雙修兩派。
所謂清修，即謂人之一身，自具太極陰陽，一人獨修即可結丹，故須絕對禁欲。所謂雙修，即指陰陽（男、女）同修。主張此法的丹家認為，陰陽在人表現為有男有女，人由男女交合而生，故要修煉結丹，必須透過男女交合。其方法大致有二：一種是體交而精不泄，采取對方之氣；一種是隔體神交，即心交形不交，情交貌不交，氣交身不交，神交體不交。另外，張三豐內丹丹法還有一個獨特的睡功，稱為「蟄龍法」。
何道全（1319—1399），號無垢子，浙江四明人。他也主張道、儒、釋三教同源，在回答他人問道時，往往是引證三教經典作答，而尤多引證佛學。故其在三教歸一論上，多以融匯佛學為其特點。在丹法上，其主張頗近全真道初旨，強調修外行，從修性入手，以性兼命的頓法。認為內煉成仙，超脫生死，應以明心見性為核心，也註重坐圜內修與在境物上磨練心地相結合。
王道淵（生卒年不詳），號混然子，南昌修江人。他雖也主張道、儒、釋三教同源說，然特別強調「懲忿窒欲」，並以此作為三教的契結點。其丹法理論是在南宗內丹學的基礎上，融攝北宗之學，對內丹理論的核心——性命問題有獨到見解。在修煉法則上，融合南北二宗之傳，大體以持戒收心、懲忿窒欲為入門之要。從修命著眼，將內煉之秘總結為鼎器、藥物、火候三要。
此外，明代中葉還有一本名叫【真詮】的道經，不知作者為誰，為嘉靖朝全真道龍門派道士陽道生所傳。該書引證諸家之說，闡修煉之道大略分為「忘精神而超養生之道」和「見精神而久生之道」。視前者為修性兼命的「上品丹法」，後者為循序煉化精氣神、性命雙修之內丹。簡言之，【真詮】從總結漢魏以來道教煉養之學的角度，分道士之修煉為頓、漸兩途，對漸法之煉化精炁要訣論述頗為切實，體現了明代道教煉養學的更加成熟。
全真道在明代雖未得到統治者的信任，然而它對於道教本身的影響卻是深入而持久的。不但許多正一派的有道之士都深受全真道的影響，即使是那些獲得明統治者青睞的正一道高道，都兼承全真道北宗之傳，如劉淵然、邵以正師徒。第43代天師張宇初也深受全真道影響，撰文對全真道教風予以弘揚推廣。
（2）正一道的齋醮祈禳
由於朱元璋對道教兩大派采取的是揚正一而抑全真的態度，這樣，正一道在明初至中葉以前取得過很高的政治地位。明太祖朱元璋認為：正一道是「特為孝子慈親之設，益人倫厚風俗，其功大矣哉！雖孔子之教明，國家之法嚴，旌有德而責不善，則尚有不聽者。縱有聽者，行不合理又多少？其釋、道兩家，絕無繩愆糾謬之為，世人從而不異者甚廣。官民之家，若有喪事，非僧、非道難以殯送」。就是說，在朱元璋看來，以齋醮祈禳為職事，擅長於符箓法術的正一道，更符合明王朝利用道教為其政治服務的需要，也更符合漢民族的風俗人情習慣。就前所述明中葉以前明朝各皇帝對道教的尊崇來看，也偏愛於齋醮法術，所寵信的道士，絕大多數都是正一道道徒，受到皇帝寵信的為數極少的全真道道士，差不多亦以祈禳之術獲寵。
明王朝建立時，正一道最高首領是第42代天師張正常。 張正常（？—1378），字仲經，號沖虛子。他早在1361年朱元璋攻克南昌時，就以「天運有歸」之符命而受到朱元璋的褒獎。1365、1366年，兩次入覲，「寵賜特至」。南京士庶求符者之眾，日以千百。詔命其傳太上、延禧諸階法箓。當其還山時，賜織文金衣，給驛卷。洪武元年（1368），朱元璋即皇帝位，張正常入朝賀禮，太祖說：「夫天豈有師」，革去元代統治者為正一道首領所封「天師」號，改授「護國闡祖通誠崇道弘德大真人」，領道教事，賜銀印，秩視二品，又在其下設「贊教」、「掌書」等官階。
當張正常還山時，太祖對他說：「卿乃祖天師，有功於國，所以家世與孔子並傳，以迄於今。卿宜體之，以清靜無為，輔予至治，則予汝嘉！」可見，朱元璋一方面向其傳達了自己將利用傳統道教來輔政的決心，另一方面又告知張正常，只要你帶領正一道道徒服從我的統治，為大明江山永固盡力，那麽，正一道是可以獲得殊榮的。否則，就適得其反。充分表明了朱元璋對其既尊崇又抑制的雙重政策。洪武二年（1369），特詔入朝，命其主持醮事，焚香上章天帝。
洪武三年（1370），敕吏部改贈其父第39代天師張嗣成為「太玄弘化明成崇道大真人」，改贈其母胡氏為「恭順慈惠淑靜玄君」。並向其詢問鬼神情狀，給掌天下道教銀印。洪武五年（1372），禦制制誥，命其「掌天下道教事」。正一天師從此由道教一派之首領而升格為整個道教的統領，獲得了從未有過的崇高地位。洪武十年（1377）夏，奉詔代祀嵩山，分遣重臣及張正常弟子代祀諸嶽，賜宴賜衣，並禦制【歷代天師贊】示之。
繼張正常嗣教的是第43代天師張宇初。 張宇初（1361—1410），字子璿，號耆山，歷明太祖與成祖兩朝。洪武十二年（1379），制授「正一嗣教道合無為闡祖光範大真人」，領道教事，詔赴京，賜法衣金幣，給驛還山。洪武十六年（1383），奉命建玉箓大齋於紫金山。洪武十八年（1385）夏，受命禱雨於神樂觀。洪武二十三年（1390），奏請重建龍虎山大上清宮，賜準。洪武二十四年（1391），入覲，賜正一玄壇銅章，視六品。永樂元年（1403），成祖即位，張宇初入朝賀禮，成祖給予的寵遇更隆。先賜錢修葺大上清宮，又命陪祀天壇。永樂四年（1406），詔命編修道教書以進，此為明代道藏編輯工作之肇始。永樂五年（1407），受命於朝天宮主建玉箓大齋，以薦拔超度亡靈。永樂六年（1408），命傳延禧法箓，建延禧大齋五壇，厚賜上方珍物，給驛卷還山。
繼張宇初嗣教的是第44代天師張宇清。 張宇清（1364—1427），字彥璣，別號西壁，宇初之弟。永樂十年（1412），成祖詔見，制授「正一嗣教清虛沖素光祖演道大真人」，領道教事，命設醮於朝天宮。永樂十一年（1413），詔修大上清宮，敕建真懿觀。永樂十五年（1417），詔往福建靈濟宮修祈謝金箓大齋，有金幣之賜。永樂十六年（1418），召入京，賜冠服、白金百鎰，命祠玄武金像於武當山。又命治浙江潮患。永樂十八年（1420），召見，命率道士修玉箓大齋，又建普度醮於京中靈濟宮。永樂十九年（1421），命建星辰壇，保安醮，及祈謝大齋，賜賞有加。仁宗即位後，奉詔建薦揚大齋，有法印法服之賜。宣宗即位，加封為「清虛沖素光祖演道崇謙守靜洞玄大真人」，掌天下道教事。宣德二年（1427），入覲，命有司蠲其仆從丁役。
繼張宇清嗣教的是第45代天師張子開。 張子開（1380—1445），字懋丞，又字文升，號淡然，又號九陽。宣德二年（1427）嗣教。宣德三年（1428）入朝，奉命建延禧醮於大內，賜寶冠劍佩等，誥封為「正一嗣教崇修至道葆素演法大真人」，領道教事。宣德四年（1429），入朝賀皇壽，設醮壇於宮中。宣宗召見之，懋丞奏舉龍虎山高道操克弘等四人充任道錄，從之。又建吉祥齋祠旸，並陪祀太廟。宣德六年（1431），入賀，獻星辰壇醮於大內。宣德八年（1433），入覲，用符治愈皇太子疾，獲牒度道士百人，鈔五千貫、白金五十兩。英宗即位，入朝獻醮賀禮，獲金幣之賜。正統三年（1438）、正統五年（1440）、正統七年（1442）、正統八年（1443）都入朝賀禮獻醮，皆獲賞賜，並得牒度道士500人。
繼張子開嗣教的是第46代天師張元吉。 張元吉（1435—？），字孟陽，別號太和。正統十年（1445），入朝，誥授「正一嗣教沖虛守素紹祖崇法真人」，領道教事。正統十一年（1446），英宗召見，命書趙天君符，獲賜冠服圭佩金幣等，誥贈其父母真人、玄君號。正統十四年（1449）夏，召入問對，命建祈晴醮於朝天宮。代宗即位，召入顧問者再，命建保鎮國祚醮於大德觀，並降敕褒獎。景泰二年（1451），獲道士度牒一千。景泰三年（1452）冬，命於內殿設醮，獲賜宴。景泰四年（1453），命分獻風雲雷雨醮於朝天宮。景泰五年（1454），入朝，乞給道童410人度牒，獲準。
景泰六年（1455）春，召見於文華殿，問雷法之秘，命作符，帝心大悅，贊其曰：「神明之胄，代不乏人，可謂善繼矣。」命建金箓、黃箓二大齋於靈濟宮。誥封「正一嗣教紹祖崇法安恬樂靜玄同大真人」，掌天下道教事，有玉冠圭佩衣履寶劍之賜，遣中使護送還山。天順元年（1457），英宗復位，張元吉入朝賀禮，命建祈謝醮於內庭。頒敕申禁偽出符箓及族屬欺淩者。天順三年（1459），入覲，命傳太上、延禧諸秘箓。天順四年（1460），命陪祀天壇，問對稱旨，加封其母高氏為太玄君。天順五年（1461），召入京行醮於大內玄天祠，又命於承天門建祈謝禳熒醮，獲賜冠服劍器，且同行弟子也獲賞賜。
天順七年（1463），獲道童度牒一百五十。天順八年（1464），入朝，命書符劾治禦座影響之怪，又進符水治英宗腳痛，設醮禳治奉天殿空中怪聲。加封為「正一嗣教體玄悟法淵默靜虛闡道弘化妙應大真人」，其母為「慈和端惠貞淑太玄君」。憲宗繼位，入朝賀禮，獲宴賜。成化二年（1466）正月，命分獻雷雨壇，建升真醮於大德觀，敕申禁族屬侵犯及諸人偽造符箓，授贊教、掌書等道官助理教事。
成化三年（1467）秋，入朝，召見於大善殿，命以祖傳印劍進覽，給正一嗣教大真人府金印，又加賜玉印一顆，賜禦書「大真人府」額，加封為「正一嗣教體玄崇默悟法通真闡道弘化輔德佑聖妙應大真人」，掌天下道教事。並賜蟒衣玉帶，冠履劍器圭佩等，史稱「寵賚獨盛，朝野榮之」。後來，張元吉因種種惡行被有司上奏，最終僅以杖發充軍，不久即獲釋，謫為庶人了事。
繼張元吉嗣教的是第47代天師張玄慶。 張玄慶（？—1509），字天賜，別號貞一，又號七一丈人。成化十三年（1477），入覲，憲宗降旨要其聘成國公朱儀之女為妻，次年詔赴南畿完婚，誥授「正一嗣教保和養素繼祖守道大真人」，領道教事，並有蟒衣玉帶之賜。成化二十年（1484），賜敕諭：申禁諸人偽造私出符箓及偷盜放生。成化二十一年（1485），特敕江西守臣重建天師宅第大真人府，命降香大華蓋山和鐵柱宮。成化二十二年（1486），入覲，命設醮於欽安殿，獲玉帶金幣之賜。明孝宗即位，張玄慶入朝賀禮。
弘治三年（1490），雷擊謹身殿，命玄慶建祈謝醮，又命設醮祈皇嗣，次年太子出生，獲玉帶金冠蟒衣銀幣之賜。弘治九年（1496），命建保民大醮於大上清宮。弘治十一年（1498）冬，應詔祈雪於朝天宮。弘治十二年（1499），命傳太上、延禧秘箓，獲賜牙刻銘印二函並金幣。弘治十四年（1501），詔攜嗣子入朝，並應許其乞嗣子致仕之請，賜嗣子衣帶。弘治十五年（1502），奉詔禮長陵，歸，授致仕敕書。又令賫香赴天目、華蓋、武當、鶴鳴等山齋香。弘治十八年（1505），孝宗降禦書褒問，並敕命賫禦前香燭，遊武當、鶴鳴、葛仙三山降香禮神。
繼張玄慶嗣教的是第48代天師張彥。 張彥（1480—1550），字士瞻，別號湛然。弘治十四年（1501），隨父張玄慶入朝，誥授「正一嗣教致虛沖靜承先弘化真人」，掌天下道教事。武宗即位，入朝賀禮，奏對稱旨。正德三年（1508），頒給部牒，準度道士。正德五年（1510），上疏請重修大上清宮，敕遣內官監太監李文會同江西鎮巡等官督造。正德七年（1512），召見，命陪祀泰壇，有蟒衣玉帶之賜。世宗即位，入朝賀禮，召對問答，以清心寡欲對之，請太上諸秘、延禧箓文以進。
嘉靖二年（1523），詔聘安遠侯柳文之女為其繼室，敕留都內外守備官陪往娶親。並賜誥加封為「正一嗣教懷玄抱真養素守默葆光履和致虛沖虛沖靜承先弘化大真人」，掌天下道教事，敕授上清宮道士數人為掌書等官，以佐理大真人。敕往禱於武當山。嘉靖五年（1526），奏請差官修造天師府第，世宗準奏，敕遣內官監左少監吳猷會同江西巡撫重建大真人府，增造敕書閣以藏累朝敕書誥命，於閣東建萬法宗壇奉上帝列真，閣西建天師家廟祀歷代天師，賜以「掌法仙卿」銀印、牙刻「宗傳」之印及銅鑄神像，並詔戶部查明上清宮田產被侵真情，降敕禁護。
嘉靖七年（1528），入覲，命陪祀星辰壇。嘉靖十年（1531）、十六年（1537）兩次入覲遲到，世宗問及原因，告知驛傳艱阻，世宗為此下詔追究戒飭違慢有司。嘉靖十七年（1538），命建金箓大齋於大內皇壇，又詔往齊雲山建報謝禱禳大醮。嘉靖十八年（1539），張彥得子，世宗特降禦書金幣為賀，諭暫免入朝，以守護嗣子。嘉靖二十年（1541），誥贈其嫡母、生母及繼妻元君號，給道士度牒五百，特敕江西巡撫、都禦史，嚴禁撫州奸民偽出符箓。嘉靖二十八年（1549），詔攜嗣子入覲，命錄歷代天師名諱進覽，賜嗣子名永緒及蟒衣玉帶金幣。
繼張彥嗣教的是第49代天師張永緒。 張永緒（1539—1565），字永承，別號三陽。嘉靖二十八年（1549），誥授「正一嗣教守玄養素遵範崇道大真人」，掌天下道教事。詔聘定國公徐延德之女為妻。嘉靖三十一年（1552），入覲，獲賜伯爵朝祭常服。嘉靖三十二年（1553），奉詔成婚。嘉靖三十四年（1555），奉敕改建正一、靜應、祥府三觀。嘉靖三十七年（1558），入覲，召入對，並命建保安大醮於朝天宮，獲賜蟒衣玉帶。嘉靖四十三年（1564），入覲。次年（1565）又召見，與徐階等七大臣宴坐便殿，敕命以張永緒為首席。又命設醮於內庭，又命主春祈祀典。
從上所述可見，正一道首領在明朝受到了統治者優渥的待遇，不僅代代襲封大真人號，掌管天下道教，而且國家的祈祀大典也由其主持，增官晉爵，修建宮觀府第，皇帝還親自為其選擇婚配、賜名。總之，享有種種政治、經濟特權，可謂榮貴無比。然而，與其貴盛形成強烈反差的是，正一道首領中依恃皇恩胡作非為，以行賄取寵、貪求富貴者也頗有其人。例如：張宇初「建文時，坐不法，奪印誥。成祖即位，復之」。張元吉「素兇頑，至僭用乘輿器服，擅易制書。奪良家子女，逼取人財物。家置獄，前後殺四十余人，有一家三人者」。張彥「知天子好神仙，遣其徒十余人乘傳詣雲南、四川采取遺經、古器進上方，且以蟒衣玉帶遺鎮守中貴，為雲南巡撫歐陽重所劾，不問」。
除正一道首領外，受到明皇室重用、寵待，榮貴可比天師者，尚有其人，最著名者為經太、成、仁、宣四朝的劉淵然及世宗朝的邵元節和陶仲文。邵、陶二人在前已作介紹，在這裏介紹劉淵然。劉淵然（1351—1432），贛縣人，從小出家為祥符宮道士，為元明間著名道士趙宜真弟子，得清微、全真二派之傳。以能呼召風雷名聞於世，【凈明宗教錄】尊其為凈明道第六代嗣師。洪武二十六年（1393），朱元璋召見，試其道術，賜號高道，命館於朝天宮。永樂間，隨成祖朱棣至北京，升左正一，奉敕建金箓大齋七晝夜。公卿士大夫多樂與其交往，後因忤權貴，被謫置龍虎山，又移至雲南，居龍泉觀三年。被仁宗召回，命居洞陽觀，給二品印誥，與正一真人相當，賜號「長春真人」。宣德初，又進號為大真人。
劉淵然於道教在雲南的發展有功，他命徒闡道雲南，且奏請設立大理、雲南、金齒三道紀司。告老後居南京朝天宮，並薦其徒邵以正（？—1462），召為道箓司左玄義，英宗正統間升為左正一，領京師道教事。代宗景泰間，賜號「悟元養素凝神沖默闡微振法通妙真人」。英宗天順三年（1459），命其列二品班末。【明史】對劉淵然、邵以正有很高的評價：劉淵然「有道術，為人清靜自守，故為累朝所禮」。邵以正「廉靜謙謹，禮度雍容，縉紳鹹重之」。
這一時期的正一道，雖然極為貴盛，然而在道教的教理教義方面，卻沒有什麽發展，故【明史·張正常傳】說：「張氏自正常以來，無他神異，專恃符箓，祈雨驅鬼，間有小驗。」正一道士們最大的成績是編修了一部道藏，但從整體來看，水平不是很高，然卻保留了不少有價值的資料。就天師來看，能文者不多，著述無幾。第42代天師張正常著有【漢天師世家】1卷，由當時著名文學士人宋濂為之作序。第44代天師宇清著有【西壁文集】，已亡佚。第43代天師張宇初為歷代天師中的佼佼者，博學能文，著述最多，有【道門十規】1卷、【峴泉集】12卷、【度人經通義】4卷、【龍虎山誌】10卷。除天師而外，道士著述尤以趙宜真於道教教理教義多有所發明，著有【原陽子法語】、【仙傳外科秘方】和【靈寶歸空訣】傳世。
張宇初思想的基本特點在於：申明道統源流，強調道門以老子為宗源，主張清靜無為，對道教傳統經書持全面肯定態度。
他在【道門十規】中說：「自秦漢以來，方士競出，若文成武利之以金石草木，徒殺身取禍，遂世稱方術矣。外而施之，則有禱襘祠祝之事，自寇、杜、葛、陸之徒，其說方盛。由後之師匠增損誇誕，奔競聲利，而世曰異端矣。然二者，太上之初，所未彰顯，後之不究其本，不探其源者，流而忘返，眩異失同，則去太上立教之本，虛無清靜無為不言之妙日遠矣。凡習吾道者，必根據經書，探索源流，務歸於正，勿為邪說淫辭之所汩。」
又說：「若元始說經，當以【度人上品】為諸經之首；靈寶說經，當以【定觀】、【內觀】為要；太上立教，當以【道德】、【日用】（按：即【太上老君日用妙經】）為規。內而修己，則【虛皇四十九章經】、【洞古】、【大通】、【生天】、【清靜】諸經最為捷要；外而濟世度幽，則【黃帝陰符經】、【玉樞】、【北鬥】、【消災】、【救苦】、【五廚】、【生神】諸經，【玉樞】、【朝天】、【九幽】諸懺，是皆入道之梯航，修真之蹊徑。」
張宇初力圖透過各方面的舉措來整治當時已出現的不良之風，其【道門十規】的實質就在於針對道教教團的種種不良風氣，以提倡初期全真派的清靜純樸之風，要求道士們應以內煉為本，性命雙修。他說：「近世以禪為性宗，道為命宗，全真為性命雙修，正一則惟習科教。孰知學道之本，非性命二事而何？雖科教之設，亦惟性命之學而已。」強調道教各派教徒皆應遵循全真道性命雙修之道，竭力將內煉與外用、內丹與符箓統為一體，深化符箓道術，強調外用作法的關鍵在於自身的一點靈明，而不在於符箓咒訣之形式。他說：「一炁一訣，皆出身中妙用，非徒紙上之文。」
還特別規誡道士不得於傳統道術齋法之外，行圓光附體、降將扶乩、扶鸞照水等「諸項邪說」，「凡行符水之士，務以利濟存心，以丹砂藥術兼濟，不得妄受資財，反與鬼神構怨，以至法術不驗」。張宇初的思想還明顯地帶有融合道、儒、釋三教，並極力向儒學靠攏的特色，他還特別於【道門十規】中規定道士「凡系本宗科典經書，齋醮道法，詞意榜語，必當貫熟賅通，潛心究竟，出處語默，修習為常。行有余力，若儒之性理，釋之禪宗，更能融通一貫，猶為上士」。這就是說，作為道教徒，不僅要弄通、掌握本宗的經書典籍，還應博學多覽，精通儒、佛二學，並使三者融會貫通，才是一個真正的有道之士。
趙宜真（？—1382），號原陽子，江西福安人，其父原為福安縣令。從小通經史，因在省試途中患病，遂斷仕途之念而入道。主要活動於元明間。起初師事清微派傳人曾貴寬，後又師事吉州泰宇觀全真道士張天全，得丘長春北派之傳。又拜李玄一為師，修白玉蟾真人南宗之學，並精通醫藥和「正一天心雷法」之術。【凈明宗教錄】卷七稱他還從曾真人受凈明忠孝道法，「間有闕文，悉加訂證，參考盡詳。……時凈明之道久湮不行，今復大顯於世，實真人振起之力也，由是凈明學者尊之為嗣師雲」。可見，趙宜真兼全真、清微、凈明諸派於一身，尤被清微、凈明兩派尊為嗣師。
他對道門貢獻頗大，張宇初在【峴泉集】卷四【趙原陽傳】中，稱其「凡道門旨奧，皆綴輯成書」。趙宜真思想的特點在於：糅合內丹與雷法為一體。在內丹方面，其說大略與全真之說一致。他說：「自性法身，本來具足，不假於外，自然之真。其進修之功，則攝情歸性，攝性還元。有為之為，出於無為，無證之證，所以實證。」其雷法重內煉為外用符箓靈驗之本，強調行持作法要與「天心」相合，不註重儀式上的繁文縟節。他說：「清微祈禱本無祭壇……所謂天地大天地，人身小天地。我之心正則天地之心亦正；我之氣順，則天地之氣亦順矣。故清微祈禱之妙，造化在吾身中，而不在乎登壇作用之繁瑣也。」
明代初至中葉，正一道士們還編制了一些齋醮儀範方面的書，其中最重要的是朱元璋敕禮部選道士宋宗真、趙允中、傅同虛、鄧仲修、周玄真等編撰的【大明玄教立成齋醮儀範】一卷。該書根據傳統齋醮儀範，去繁就簡，確為定規。其內容以突出忠孝為根本。書成後，朱元璋親為作序，命頒行全國，立為客製。此外，這一時期的齋儀書，有【諸師聖誕沖舉酌獻儀】、【洪恩靈濟真君自然行道儀】、【洪恩靈濟真君願文】、【伏魔經壇謝恩醮儀】等。還有一部很重要的符箓道法組譯【道法會元】268卷，是道法著述中卷帙最為浩巨者，內容多為宋、元所流傳的清微、神霄等新符箓道法，是研究宋、元符箓道教的重要文獻。其中，有許多篇章的序、跋都為趙宜真所撰。
綜上所述，明代統治者在建國初期，鑒於元明之際下層群眾不斷利用民間宗教進行起義和道教在元末發展較濫等情況，吸取歷代的統治經驗，在對道教崇奉和利用的同時，又制定了較為完善的管理道教的各種規章制度，加強了對道教的管理與約束。道教在明初的發展還是比較正常的，但隨著明統治者對道教信仰及方術的迷戀，各種規章制度逐漸被破壞，到嘉靖朝時，幾乎成了一種擺設。就道教內部情況而言，由於明統治者重視傳統道教發展而成的符箓派正一道，使正一道獲得了很高的政治地位，在明中葉時達到其貴盛的頂端，不少道徒被朝廷委以重要官職，出入宮廷，參與朝政，聲勢顯赫，其地位之高、權勢之重，為歷代所罕見。
然而，正一道雖受統治者扶植，貴盛無比，但素質並不很高，在教理教義方面並無建樹，埋下了衰頹的種子。此時期的全真道，因不受朝廷的重視而失去在元代的聲勢，幾乎寂然無聞，許多全真道士安於寂寞，恪守本分，具有全真道初期的純樸之風，為後來的發展打下了基礎。全真道雖然沒有參與明代宮廷政治，但它的影響，特別對於道教教理教義的影響，卻是深入而持久的。從總體上看，道教仍向著各派融合的路子走，而且差別日漸縮小，各教派之間已無嚴格的宗派隔閡，互相間交融的傾向卻日趨明顯。
