中國的科舉制，萌芽於隋朝，發展於唐宋，完善於明清，可是在元朝卻遭遇了重大的挫折。直到1315年，元朝才開始科舉考試，此後三年一次。但由於丞相伯顏的專權，元朝科舉曾在1336年和1339年停辦。雖然元朝科舉處於低谷，但對中國的發展有不可忽視的影響。
元朝的科舉制的濫觴，要追溯到元太宗窩闊台時期。1237 年，窩闊台在耶律楚材的建議下進行了大規模的考試，此次考試分為策論、經義、詞賦三科，一共錄取了4020人。只要是考中的人都被確定為儒戶，免除賦稅和徭役。這次考試對於保存中原文化起到了重要的作用。但這次考試嚴格來說是一次劃分戶籍的考試，還不不算科舉考試。
此後的貴由、蒙哥時代，由於排斥漢文化，因而這種考試也從未進行。到了忽必烈時代，漢人的地位有所上升，國家也有了一些中文化的傾向，於是許多漢人學者就提出了重開科舉。1267年，王鶚說：「以今論之，惟科舉取士最為切務。」忽必烈於是讓中書省的相關人員討論這件事情。
1274年，忽必烈下詔推行科舉制；1275年，開始頒布貢舉條例。根據太子真金的推行的令旨，科舉制分設蒙古和漢人兩個進士科，但沒有執行下去。1284年，和禮霍孫再次請求開科舉，但依然沒有得到實行。不過太子真金等制定的科舉方式卻成為了後來元朝科舉制度的基本規則。
元朝科舉制之所以難以推行，主要是蒙古人和色目人的阻攔。蒙古人和色目人的漢文化水平自然是遠不如漢人、南人，一旦實行科舉錄取，那會有大量的漢人、南人進入朝堂，必然會沖擊蒙古人和色目人的地位。
其次，漢人內部也對科舉制的推行有分歧。自唐朝以來，科舉制就重視以以詞賦取士，包括的金國也是如此。這種考試內容錄取的人才基本都是有文學能力的人，但政治能力就難說了。王安石變法後，策論考試開始出現，但並不被重視。而元朝的理學家許衡、姚樞、竇默等認為科舉制錄取的都是一些浮華虛誕、不切實用人，因而比較反感科舉。
許衡、姚樞、竇默等人是忽必烈金蓮川幕府的重要幕僚，他們的意見多少可以影響忽必烈。而忽必烈本人也是一個十分務實的人，他對那些空有文學能力的「才子」也不太喜歡，他更喜歡有實幹能力的人，因而科舉制在忽必烈時代終究未能推行。
直到元朝第四位皇帝元仁宗時期，科舉制才得以恢復。1314年，科舉制正式推行。對於考試的內容，蒙古人、色目人和漢人、南人不同。
唯我祖宗，以神武定天下。世祖皇帝設官分職，征用儒雅，崇學校為育材之地，議科舉為取士之方，規模宏遠矣。聯以眇躬，獲承丞祚，繼誌述事，祖訓是式。若稽三代以來，取士各有科目，要其本末，舉人宜以德行為首，試藝則以經術為先，辭章次之，浮華過實，朕所不取。爰命中書，參酌古今，定其條制！——元仁宗
元仁宗
蒙古人、色目人要考兩場，第一場考「明經」，主要是【大學】【中庸】【論語】【孟子】，也就是「四書」，回答的標準基本依據朱熹的【四書章句集註】。第二場策論，也就是針對政務發表一些觀點，五百字以內。
漢人、南人考三場。第一場考明經、經疑，主要是考「四書」「五經」的內容，其回答內容基本也是依靠程朱理學的著作。第二場考文學能力，也就是寫賦、詩等。第三場考策論，也是針對時務問題發表看法，千字以內，而且禁止浮華之文。可以看出，漢人和南人主要是多考了文學能力。
考試的等級分為鄉試、會試和禦試三個等級，是仿照的宋朝體制。鄉試錄取300人，會試錄取100人。會試錄取的百人中，蒙古人、色目人、漢人和南人各錄取25人，看似公平，實際一點不公平。因為漢人和南人占據了全國90%以上的人口，但是卻只能享有50%的錄取名額。
此外，元朝科舉的錄取的人數太少了。宋朝每次錄取的進士少則三四百人，多則逾千人，而元朝的漢人、南人一共才50人。所以，漢人在元朝考中的機率是非常低的，學者「皓首窮經，不免有不遇時之嘆。」因此，元朝科舉制對於漢人來說，簡直就是可有可無的。
當然，元朝科舉制的推行也對後世產生了深遠的影響。 首先，就是促進了民族的融合。 因為元朝開科取士，所以一些蒙古人、色目人也重視學習漢語漢字、學習儒家經典和詩詞歌賦，湧現了一批較為傑出的少數民族文人，例如薩都剌，他的詩詞水平跟高，被譽為「 有元一代詞人之冠 」；還有貫雲石，色目人，是元曲的重要作家。
薩都剌
其次，元朝的科舉制正式結束了唐宋以詩賦取士的傳統，確立了以經義取士的新階段 。元朝始罷詩賦而強調切用，「策以經史時務，欲其經濟斯世，發為有用之學」。在當時看來，這種發展的確是一大進步。
第三，就是確立了程朱理學在科舉考試中的地位。 程朱理學在南宋後期已經成為了國家的正統思想。與此同時，金國大量的理學家又為蒙元帝國服務，使者程朱理學逐漸成為了元朝的官方思想。元朝科舉考試的內容主要依據【四書章句集註】和其他理學家的著作，這種模式一直延續到了明清時期。當然，程朱理學的官學化最終也限制了思想的自由，這也是一個不好的影響。
