建康，今南京。西通荊湘，東帶三吳，北憑兩淮，是中國在六朝時期的經濟、文化、政治、軍事中心，地理位置十分重要。【讀史方輿紀要·卷二十·南直二·應天府】在形容建康地勢時說：「前據大江，南臨重嶺（牛首、雁門諸山），憑高據深，形勢獨勝……諸葛武侯雲：金陵，鐘山龍蟠，石頭虎踞，帝王之宅。王導亦雲：經營四方，此為根本。蓋舟車便利，則無艱阻之虞；田野沃饒，則有展舒之藉。」
建康城周二十余裏，東傍鐘山，南枕秦淮，西倚大江，北臨後湖（玄武湖），處天然屏障之內。其西南依次有新亭、新林、牛頭山、板橋、三山以及江中白鷺洲等重要據點，再往上遊，就是姑孰，附近有著名的采石磯。橫江渡口與采石磯隔江相望，此處江面狹窄，是南下渡江的理想選擇。而姑孰則依憑采石、東梁山二處險要，遏止從上遊順流而下之敵。
從建康沿江向東，分別為直瀆戍（今江蘇南京東）、羅落橋（今江蘇江寧東北石埠橋）、江乘（今江蘇句容北）、竹裏（今江蘇句容北竹裏山間）等重要據點。百余裏就是京口（今江蘇鎮江）。京口對岸是廣陵瓜洲渡（今江蘇邗江南瓜洲鎮），為南下的又一個重要渡口。京口是建康連線三吳地區的交通樞紐，三吳地區的糧食可以沿運河轉京口，源源不斷地往建康輸送。
建康的東南面有兩條小河，西向流入秦淮水、東向流入丹楊運河，兩河源頭間，就是破岡。破岡又稱破岡瀆，為了避開糧船入江的風險，吳大帝赤烏八年（公元245年），「（吳主）遣校尉陳勛將屯田及作士三萬人鑿句容中道，自小其（今江蘇句容東南）至雲陽西城（今江蘇丹陽西南）」【【三國誌·吳書·吳主傳】】，連線兩河，使吳會船只自丹楊運河不必往京口，西行直接入秦淮，再北上直達建康。
石頭城
石頭城（今江蘇南京西清涼山上）為遮蔽建康西邊的軍事重鎮，以清涼山西坡天然峭壁為城基，北緣大江，南抵秦淮河口，環山建築，易守難攻。城周七裏一百步（約為現在的六裏），南開二門，東西各開一門。城內設定石頭倉庫，用來儲備軍糧和兵器。
建康城內，自南往北是一條主幹道，稱為禦道。秦淮河南面為長幹裏，是建康最繁華的商業區，河上為朱雀橋，又稱大珩，秦淮河在此以半月形環抱建康城。朱雀橋東側、東長幹裏北面秦淮河岸是著名的烏衣巷，再往東去，是丹楊郡城。過了朱雀橋，就是朱雀門，沿禦道繼續北行，兩側分別為太廟、太社和百官府邸，東側稍遠處為驃騎將軍府。再往北，就是宮城正門——宣陽門。
永昌元年（公元322年）三月，王敦大軍從蕪湖（今安徽蕪湖）沿江而下，逼近建康。司馬睿下詔，以司空王導為前鋒大都督、假節，都督諸軍，領揚州刺史，戴淵為驃騎將軍，丹楊諸郡太守皆加軍號，共討王敦。同時加仆射周顗為尚書左仆射，中領軍王邃為尚書右仆射，尚書令刁協出督六軍。又以太子右衛率周筵行冠軍將軍，統兵三千討沈充；命甘卓、陶侃掩襲武昌。戴淵與右衛將軍郭逸扼守朱雀橋，右將軍周劄駐守建康西面門戶石頭城，劉隗軍於金城（今江蘇南京江寧區北）。
即便局勢已經到了這個地步，司馬睿還在幻想雙方能夠言歸於。在他看來，自己沒有殺掉王氏一族，現在最佳的結果是說服王敦退兵，這樣雙方都能體面地下台。因此他派遣王導的堂弟，也是司馬睿的姨家表弟，左將軍王廙（yì）前往王敦軍中，企圖勸說王敦退兵。
這當然是司馬睿的一廂情願，他大大低估了王敦的決心。王廙一到王敦的軍營就被扣留。王廙既不能諫止王敦，又被扣留不放，索性豁了出去，將建康虛實和盤托出，幫助王敦出謀劃策，協助反叛。看到王廙遲遲不回，司馬睿終於意識到難免一戰了，為了鼓舞士氣，他親貫甲胄，出城巡示諸軍，以示決心。
四月，王敦大軍兵臨建康城下。出於對劉隗的切齒痛恨，王敦打算直接進攻金城。部將杜弘認為金城守軍眾多，建議先攻石頭城：「周劄少恩，兵不為用，攻之必敗。劄敗，則隗自走。」【【晉書·列傳第六十八·王敦】】王敦遂以杜弘為前鋒，猛攻石頭城。周劄果然沒做什麽抵抗，大開城門投降了杜弘，王敦輕而易舉地占領了石頭城。
石頭城遺失，建康西面門戶大開，司馬睿著了慌，命刁協、劉隗、戴淵合軍進攻石頭城，並令王導、周顗、郭逸、虞潭等人率軍，分三路出擊。這些人多是文官，坐而論道是把好手，將略就非其所長了，盡皆大敗，王敦趁勢率軍沖入建康。
司馬睿失敗得有些突然，也有點蹊蹺，史書一筆帶過，沒有更多的細節描述。但我們似乎能感覺到，守軍並不賣力，百姓也是袖手旁觀。究其原因，大約是司馬睿發奴為兵確實讓「士庶怨之」吧！另外，都督諸軍的王導是否願意看到朝廷勝利？因為如果司馬睿勝利的話，王氏家族也許會變得更加危險；反之，不僅能趁機除掉異己，而且王氏等大族的利益還能得到有效的維護（純屬猜測，沒有史料證據）。
刁協、劉隗兵敗逃回宮中，在太極殿東側階下見到了司馬睿。司馬睿拉著兩人的手失聲痛哭，不勝悲傷，勸他們立即逃離建康，以避殺身之禍。
刁協痛哭流涕的表示：「臣當守死，不敢有貳。」【【晉書·列傳第三十九·刁協】】司馬睿說：事到如今怎能不走呢！遂令人給劉隗、刁協準備馬匹，讓他們各自逃命。
劉隗行至淮陰（今江蘇淮安）時，被兗州刺史劉遐襲擊，被迫攜妻子、親信二百多人投奔了襄國的石勒。石勒以劉隗為從事中郎，太子太傅。晉成帝鹹和八年（公元333），後趙發生內亂，劉隗隨後趙武帝石虎出征，戰死於潼關，終年六十一歲。
刁協年老體弱，不能乘馬，行動遲緩，加上他對部下素無恩惠，如今樹倒猢猻散，招募來的隨從走到半道，也都逃之夭夭，行至江乘時，為人所殺，首級送至王敦處。司馬睿聽到刁協身死的訊息，十分悲痛，秘密下令，逮捕並誅殺了送刁協首級的人。
在湘州方面，譙王司馬承邊戰邊守，等待甘卓的救兵。但甘卓卻停軍於豬口數十天未曾南下，而湘州城墻加固尚未完工，糧草也十分缺乏，人心惶惶，相持百余日，終於被魏乂攻破城池，司馬承被俘，檻車押送荊州。走至半路，王敦派王廙殺害了這位不失忠梗的譙王。王敦心腹沈充也攻拔吳國，殺了內史張茂。
王敦起兵自認為不是犯上作亂，但他進入建康後，非但不入宮朝見司馬睿，反而放任兵士四處劫掠，百官公卿驚恐萬狀，建康城內一片混亂。
此時，司馬睿真成了孤家寡人，百官全部逃散，除了安東將軍劉超率部下值宿宮中，身邊就只剩侍中二人。他知道大勢已去，遣使向王敦傳話，表示：公若還忠於朝廷，就此息兵，則天下尚可共安，如其不然，朕當歸瑯琊以避賢路。但王敦沒有回話。
見王敦不搭理自己，司馬睿只得命公卿百官齊去石頭城拜見王敦。謝鯤曾勸諫王敦，說大將軍雖然誅滅佞臣，建有功勛，但入朝以來，一直都稱病不去面聖，若是能去覲見天子，君臣消除隔閡，必定會使天下信服。王敦反問道：你能保證在我入朝時不會發生意外嗎？謝鯤說：陛下因久未見您，憂慮不安，且宮禁肅穆，必定安然無事。並自告奮勇，表示願意陪同王敦入覲。盡管有謝鯤的保證，但王敦根本不信任司馬睿，終究還是沒有去朝見。
辛未（十八日），司馬睿下詔大赦，王敦乃自為丞相、都督中外諸軍、錄尚書事、江州牧，封武昌郡公，邑萬戶【註：【晉書·列傳第六十八·王敦】載：「（帝）以敦為丞相、江州牧，進爵武昌郡公，邑萬戶……又加羽葆鼓吹，（敦）並偽讓不受。」此從【晉書·帝紀第六·元帝】】。
王敦見太子司馬紹有勇略，為朝野所擁戴，便想以不孝的罪名廢除他的太子之位，以免日後阻礙自己專政，但遭到溫嶠的大力反對，其他朝臣亦以沈默表示反抗，王敦只得作罷。
攻破建康，大權在握，此時的王敦誌得意滿，以太保、西陽王司馬羕為太宰，王導為尚書令，從弟王彬為江州刺史，王邃為徐州刺史，親兄王含為衛將軍、都督揚州江西諸軍事、領南蠻校尉、荊州刺史，進行了一次軍政大調整，「改易百官及諸軍鎮，轉徙黜免者以百數；或（有時）朝行暮改，隨意所欲」【【資治通鑒·晉紀十四·晉元帝永昌元年】】。
當年，王敦率軍還武昌，又自領寧、益二州都督，遙制朝廷。不久，司馬睿憂憤成疾。閏十一月己醜（初十），司馬睿病重而死，時年四十七，葬建平陵，廟號中宗。封建史家評價司馬睿時說：
帝性簡儉沖素，容納直言，虛己待物……恭儉之德雖充，雄武之量不足……然晉室遘紛，皇輿播越，天命未改，人謀葉贊。元戎屢動，不出江畿，經略區區，僅全吳楚。終於下陵上辱，憂憤告謝【【晉書·帝紀第六·元帝】】。
大意是說，司馬睿性格簡樸儉省而恬淡，能容納直言，虛心待人接物。謙恭節儉之德有余，而雄武之才不足。而晉室遭亂，天子流亡，天命依然在晉室，謀臣和諧。但王師屢次出動，總是不能越出長江流域，治理區域狹小，僅能保全吳楚而已。終於使權臣犯上，身受其辱，憂憤而死。
【晉書】引【晉陽秋】講了一個關於司馬睿身世的「奇聞異事」：
初，玄石圖有「牛繼馬後」，故宣帝深忌牛氏，遂為二榼（kē 盛酒的器具），共一口，以貯酒焉，帝先飲佳者，而以毒酒鴆 其將牛金。而恭王妃夏侯氏竟通小吏牛氏（孫盛【晉陽秋·禦覽】作牛欽）而生元帝，亦有符雲【【晉書·帝紀第六·元帝】】。
曹魏時期，有一本流傳很廣的讖書【玄石圖】，上面記有「牛繼馬後」的讖言。司馬懿請星象家管輅占蔔子孫運勢，管輅占蔔的結果與【玄石圖】不差分毫。司馬懿起初不知何意，後來他位居太傅之職，權傾天下，部下有個將領叫牛金，司馬懿想起「牛繼馬後」的預言，心裏十分忌諱，怕牛金將來會對子孫不利，就事先做了個能裝兩種酒，只有一個口的酒壺，在酒中下毒，然後派人請牛金赴宴。牛金就這樣稀裏糊塗地送了命。
到了西晉初年，司馬懿的孫子司馬覲襲封瑯琊恭王，其妻夏侯氏被封為妃子。夏侯妃為人風流，沒多久就與一個姓牛的小吏勾搭成奸，生下了司馬睿。西晉滅亡後，司馬睿建立東晉，這就是所謂的「牛繼馬後」。即司馬睿並非是司馬氏真正的後裔，而是牛姓之子，牛姓代司馬氏繼承帝位，於是後人便戲稱司馬睿為牛睿。比如明朝思想家李贄，就直稱東晉為「南朝晉牛氏」，而不稱司馬氏。除【晉書】外，歷史文獻對此也多有相關描述，如北魏魏收【魏書】及宋代羅大經【鶴林玉露】、洪邁【容齋隨筆】、趙與時【賓退錄】等書。
據【晉書·列傳第一·元夏侯太妃】載，瑯琊恭王妃夏侯氏「名光姬，沛國譙人也……妃生自華宗（貴族），幼而明慧。瑯琊武王（司馬伷）為世子覲納焉，生元帝」。曾有讖語說「銅馬入海是建鄴期」，夏侯妃小字銅環，後來司馬睿在江左「中興」晉朝，倒也算是印證了讖語。
牛金劇照
