明朝成立時，其建國宗旨之一便是「驅除韃虜」，旨在結束元朝的蒙古統治。盡管如此，明朝軍隊中卻包括了眾多蒙古騎兵。這種現象的出現，其背後有著復雜的歷史背景。
元朝從始至終，內部派系鬥爭激烈不斷，這使得明軍能夠輕松地展開北伐，部份原因就在於元朝內部的分裂。
在1363年（元順帝至正二十三年），朱元璋和陳友諒之間的決戰決定了誰能掌控中國南部的大片領土。如果那時的元朝政府足夠統一，理應利用這兩股力量相互消耗之際，出兵消滅雙方。然而，元朝未能抓住這一機會。
當時，元朝政府分裂為帝黨和後黨，後黨以高麗籍的奇皇後為首，試圖廢黜元順帝。因此，他們調動河南王中書左丞相王保保（擴廓帖木兒）北上至大都，與帝黨的孛羅帖木兒展開了長達兩年的戰鬥。當王保保勝利時，朱元璋已經戰勝了陳友諒。
朱元璋接著對張士誠發動戰爭，元朝政府再次陷入了王保保與李思齊、張良弼等擁元軍閥的紛爭中，而朱元璋最終獲得了全面勝利，贏得了與元朝決戰的機會。
到了1368年（元順帝至正二十八年，即明太祖明洪武元年），徐達、常遇春率軍北上，明軍攻勢如破竹。這時，蒙古騎兵面臨三種選擇：繼續追隨元順帝，投靠王保保，或是歸降大明。
認識到元朝已經日暮途窮的這些敗軍之將，出於對自身安全和前途的考慮，選擇了歸順明朝，因此明朝軍隊中出現了大量的蒙古騎兵。
當元順帝放棄大都北逃時，跟隨他的蒙古人僅有6萬戶，而剩下的大約44萬戶中，相當一部份選擇了歸順明朝。
蒙古族並非鐵板一塊，盡管他們的祖先曾創造過輝煌的跨歐亞帝國，但帝國內部的政治鬥爭從未停歇。即使在蒙古帝國擴張期間，四大汗國與元朝之間的鬥爭也是斷斷續續的。
在明朝，蒙古騎兵同樣立下了不少功勛，特別是在靖難之役中，朵顏三衛在朱棣的率領下屢次沖鋒陷陣，證明了他們願意為明朝服務。
1389年（明太祖洪武二十二年），朱元璋在大興安嶺東側設立了具有羈縻性質的朵顏、泰寧、福余三衛指揮使司。這些部落的領袖分別是成吉思汗家族的後裔，他們在今天的黑龍江、吉林和內蒙古東北部擁有廣泛的活動範圍。
朵顏三衛地理位置險峻，因而被稱為朵顏三衛或兀良哈三衛，其駐地遠離中原，最初位於今內蒙古東部紮賚特旗北的綽爾河一帶。
泰寧衛的地理位置在原元泰寧路（現在的吉林洮兒河一帶），而福余衛則位於烏裕爾河（今天的黑龍江齊齊哈爾一帶）。
朵顏三衛的戰馬眾多，歸屬於朱元璋封的第十七子朱權的管轄。朱元璋封朱權為寧王，其封地位於大寧衛（今內蒙古赤峰寧城縣），這裏位於喜峰關外，東接遼左，西靠宣府，掌管八萬甲士（包括蒙古騎兵）和六千革車。
1399年（明惠宗建文元年），朱元璋的孫子朱允炆繼位，同年便開始了削藩政策。建文帝召喚寧王朱權進京，但朱權坐擁重兵，拒絕服從。
在「靖難之役」前，朱棣（燕王）需先解決其北方的寧王這一後顧之憂。朱棣利用朵顏三衛蒙古騎兵的支持，控制了朱權及其部眾。同時，朱棣從朵顏三衛借來了三千名蒙古騎兵，成為其「靖難軍」的精銳力量。
朱棣作為明成祖後，曾五次北伐韃靼和瓦剌，期間朵顏三衛的態度時而降服，時而叛變。
明朝賦予朵顏三衛首領以都督、都指揮、指揮、千百戶等職位，並根據功績決定其晉升。明朝還頒發敕令，讓三衛領袖憑借朝貢以示忠誠。規定三衛每年貢獻兩次，每次一百人，透過喜峰口進出，貢獻的物資包括戰馬和駱駝等。永樂年間，還在遼東開原和廣寧（今遼寧北鎮）等地設立馬市，與三衛進行馬匹的貿易。
1422年（明成祖永樂二十年），朱棣親自第三次北伐韃靼，阿魯台在戰爭中棄重逃逸。班師回朝途中，朱棣派兵攻擊朵顏三衛，在屈裂兒河擊敗敵軍，追擊三十裏，斬殺了數十名部族首領，此役後朵顏三衛顯著收斂。
