記者從中國農科院蔬菜花卉研究所獲悉，近日，該所張聖平團隊在國際著名期刊【分子植物（Molecular Plant）】線上發表論文，公布了黃瓜第一個近完整參考基因組和參考轉錄本數據集，並整合泛基因組、群體變異組、轉錄組以及核心種質材料資訊，建立了第一個黃瓜多組學綜合資料庫，為黃瓜功能基因組學和分子育種研究提供全面的共享平台。
黃瓜是葫蘆科的重要經濟蔬菜作物，也是研究植物性別決定、維管束形成的重要模式系統。黃瓜基因組中有近30 %的區域是由45s rDNA和微衛星等復雜重復序列組成的，這個比例遠高於水稻、玉米和西瓜等作物（
為此，該研究首次利用測序數據，結合遺傳圖譜和Hi-C測序數據進行組裝調整和驗證，除一個位於2號染色體的缺口外，其他6條染色體均為一條連續序列，由此獲得了黃瓜參考基因組近完成圖。
該研究對黃瓜全發育期（29個組織時期）和7個主要脅迫處理進行轉錄組測序，註釋出27360個高品質基因，其中包括5070個新基因。更為重要的是，該研究構建了第一個黃瓜參考轉錄本數據集，獲得17萬個高品質的轉錄本，其中87.92%的轉錄本來源於全長轉錄組，為開展轉錄本準確定量和可變剪下功能研究提供重要參考。
基於以上研究，該研究搭建了第一個黃瓜多組學資料庫，囊括重要的黃瓜泛基因組、核心種質變異組和轉錄組數據，開發出數十個實用分析工具，為科研人員提供一站式服務。透過這個資料庫，可以同時獲得12個不同黃瓜種質基因組序列和基因模型資訊、核心種質資源變異數據、馴化選擇區間、基因及轉錄本表達譜視覺化、可變剪下資訊、共表達調控網路及下遊靶基因預測等相關數據和工具。
