重庆市于1939年5月5日升直辖市。自1938年8月至1946年5月国民政府由武汉迁此，1940年定为陪都。
1947年12月2日，行政院制定重庆市政府【组织规程】。重庆市政府置市长1人，设民政、财政、教育、社会、地政、卫生、工务、公用、警察9局，置局长各1人，置秘书长1人，参事2人；设会计处，置会计长1人。
1949年8月25日，行政院令，公布修正之重庆市政府【组织规程】。重庆市政府仍隶属行政院，置市长1人，由行政院会议议决，提请总统任命。市政府原设局减为民政、财政、教育、建设、警察5局，置局长各1人；置秘书长1人，参事6人，设主计处，人事处，置处长各1人。
1949年11月30日，重庆解放。
历任市长：
潘文华 ，四川仁寿人，四川陆军速成学堂毕业，刘湘心腹，武德励进会第二任会长。
任期： 1927年7月任职。
张必果 ，四川邻水人，四川陆军速成学堂、日本明治大学毕业，刘湘重要幕僚及心腹。1936年4月，他因病在成都逝世。
任期： 1935年7月任职。
李宏锟 ，四川三台人，四川陆军速成学堂毕业，川军速成系（刘湘派）将领。1938年8月，他因一切行动以川军利益为主，使得国民党中央势力无法染指市政，故被蒋介石免去市长职务。
任职： 1936年4月任职。
蒋志澄 ，浙江诸暨人，北京大学、德国柏林大学毕业，国民党官僚，「新生活运动」的核心人物之一。1939年5月，他因重庆遭日海军连续轰炸，军民死伤无数而被迫辞职。
任期： 1938年8月任职。
贺国光 ，湖北蒲圻人，四川陆军速成学堂、 陆军大学第四期毕业，原为鄂军将领，后依附于蒋介石。他因与川军实力派刘湘、杨森等有同窗之谊，故在红军长征后便被派至四川，成为蒋染指川政的一大利器。1939年末，他因频繁受到川军排挤而被迫请辞。
任期： 1939年5月任职。
吴国祯 ，湖北建始人，清华大学、普林斯顿大学毕业，国民党官僚。1942年，他因重庆大隧道惨案而被迫辞职。
任期： 1939年12月任职。
贺耀祖 ，湖南宁乡人，日本陆军士官学校毕业，原湘军将领，后依附于蒋介石。抗战胜利后，他因不满国民党内斗争日益严重而请辞市长职。
任期： 1942年12月任职。
张笃伦 ，湖北安陆人，保定陆军军官学校毕业，新政学系骨干。1948年4月，其调任湖北省政府主席。
任期： 1945年11月任职。
杨森 ，四川广安人，四川陆军速成学堂毕业，川军速成系（杨森派）首领， 后依附于蒋介石。1949年末，解放军进逼重庆南岸，他仓惶撤往成都，旋飞离大陆去往台湾。
任期： 1948年4月任职。
