记者从中国农科院蔬菜花卉研究所获悉，近日，该所张圣平团队在国际著名期刊【分子植物（Molecular Plant）】在线发表论文，公布了黄瓜第一个近完整参考基因组和参考转录本数据集，并整合泛基因组、群体变异组、转录组以及核心种质材料信息，建立了第一个黄瓜多组学综合数据库，为黄瓜功能基因组学和分子育种研究提供全面的共享平台。
黄瓜是葫芦科的重要经济蔬菜作物，也是研究植物性别决定、维管束形成的重要模式系统。黄瓜基因组中有近30 %的区域是由45s rDNA和微卫星等复杂重复序列组成的，这个比例远高于水稻、玉米和西瓜等作物（
为此，该研究首次利用测序数据，结合遗传图谱和Hi-C测序数据进行组装调整和验证，除一个位于2号染色体的缺口外，其他6条染色体均为一条连续序列，由此获得了黄瓜参考基因组近完成图。
该研究对黄瓜全发育期（29个组织时期）和7个主要胁迫处理进行转录组测序，注释出27360个高质量基因，其中包括5070个新基因。更为重要的是，该研究构建了第一个黄瓜参考转录本数据集，获得17万个高质量的转录本，其中87.92%的转录本来源于全长转录组，为开展转录本准确定量和可变剪切功能研究提供重要参考。
基于以上研究，该研究搭建了第一个黄瓜多组学数据库，囊括重要的黄瓜泛基因组、核心种质变异组和转录组数据，开发出数十个实用分析工具，为科研人员提供一站式服务。通过这个数据库，可以同时获得12个不同黄瓜种质基因组序列和基因模型信息、核心种质资源变异数据、驯化选择区间、基因及转录本表达谱可视化、可变剪切信息、共表达调控网络及下游靶基因预测等相关数据和工具。
