基因解碼采用多種分析方法來估算總白癜風風險中歸因於遺傳變異的部份，這被稱為「遺傳率」（通常表示為 h²），假設其余部份歸因於環境因素。不同的分析方法提供的遺傳率估算值略有不同，通常可以分為兩類：基於多重家庭或雙胞胎中疾病復發的分析方法（h²FAM）與評估無關的單發病例中數十萬到數百萬個遺傳標記的總體遺傳相似性的分析方法（h²SNP）。在中國人群中，白癜風的患病率約為0.40%，最近估算的白癜風 h²FAM 約為0.75 – 0.84，具體取決於研究的親屬類別。在不同人群的基因解碼中，白癜風 h²FAM 的估算值範圍大約在0.50到0.80之間。這些差異相對較小，可能反映了不同的分析方法和不同人類超級族群中略有不同的白癜風風險因素。最重要的是，這些白癜風 h²FAM 的估算值相對於許多其他復雜疾病來說都非常高，而後者的 h²FAM 估算值通常在0.3到0.5之間。這說明白癜風的遺傳性要高於其他常見的多基因復雜疾病，更接近經典的單基因疾病。
基因解碼在遺傳資源和統計方法上的改進使得 h²SNP 的估算得到了改善。最重要的是，采用非常大的遺傳參考小組使得「深度推算」成為可能，透過這種方法，可以推算出數百萬未測定的常見和罕見變異，並用於比較白癜風病例與對照組的總體遺傳相似性。透過這種方法，基因解碼最近估算了歐洲血統人群中白癜風 h²SNP 為0.80，基本上與 h²FAM 估算值相匹配。因此，基於家族的遺傳率估算現在可以透過密集陣列基因分型和推算到大參考小組的方法完全捕捉，對於白癜風來說，幾乎沒有或沒有剩余的「遺傳率缺失」。
總體而言，在白癜風超級族群中，大約80%的白癜風風險歸因於遺傳因素。白癜風風險的遺傳成分可以進一步細分。常見遺傳變異（風險等位基因頻率 > 0.01）占總白癜風遺傳率的約71%和總白癜風風險的約53%，其中相當大的一部份由GWAS（全基因組關聯研究）中鑒定的50個全基因組顯著位點貢獻。此外，與其他復雜疾病相比，許多與白癜風相關的變異的效應值顯著較大，在GWAS中鑒定的近10%的白癜風位點的比值比（OR）超過1.5。這些發現解釋了為什麽白癜風的GWAS在相對較小的樣本量下也能取得很大成功，並進一步表明白癜風的遺傳結構可能比其他遺傳復雜疾病的多基因性更低。此外，歸因於常見變異的白癜風遺傳風險的相對較大部份，表明對這些變異（以及擴充套件到對白癜風患者）的負向選擇相對較低。
剩下的29%的白癜風遺傳率和23%的總白癜風風險由罕見變異（次要等位基因頻率 0.01–0.0001）總體貢獻。雖然現在可以推算出大多數在族群中導致白癜風風險的罕見變異，但實際鑒定具體的貢獻罕見變異以及特有變異可能需要更大規模的GWAS樣本量或使用替代分析方法如家族研究。
白癜風基因檢測的科學依據：很多病例是多基因遺傳的透過對多種族病例進行GWAS基因檢測大數據分析，佳學基因等機構已經鑒定出50個不同的白癜風易感位點。這些位點的遺傳風險來自相對常見的變異，可以加成組合以建立一個白癜風「多基因風險評分」，在每個位點僅使用最相關的變異時檢測結果最為可靠。總體而言，這個白癜風多基因風險評分的比值比（OR）為8.79，將風險評分分布最高的1%與其余99%進行比較，這比其他遺傳復雜疾病的多基因風險評分的OR要高得多，如冠狀動脈疾病（OR = 4.83）、房顫（OR = 4.63）、II型糖尿病（OR = 3.30）、炎癥性腸病（OR = 3.87）和乳癌（OR = 3.36）。事實上，白癜風多基因風險評分的陽性預測值約為71%，遠遠優於大多數其他復雜疾病的多基因風險評分。因此，盡管白癜風風險是多基因性的，但顯然比許多其他復雜疾病的多基因性低，涉及的總位點較少，每個位點的個體風險變異具有相對較大的效應。這一點，加上相對較高的遺傳率，解釋了為什麽白癜風的多基因風險評分優於其他復雜疾病的評分。而白癜風基因檢測的準確度也要高於冠狀動脈疾病、房顫、II型糖尿病、炎癥性腸病及乳癌。
