5月23日，松平元康率部返回岡崎，但沒有直接進城。而是暫時進入了松平家族世代的菩提寺（家廟）大樹寺。當時，留守在岡崎城的駿河武士擔心織田信長乘勝進攻奪取岡崎城，便想棄城逃回駿河，於是派使者前往大樹寺邀請元康入城。然而，元康回復：「沒有今川殿的指示，我不能自作主張。」盡管再三邀請，元康仍堅決不動，岡崎將軍無奈，棄城獨自逃往駿河。這時，元康才說道：「既然是別人放棄的東西，便讓我來撿起吧。」於是他率部正式進入岡崎城。這一年回到家鄉時，松平元康年僅19歲。多年的動蕩和寄人籬下的生活，讓他早早就顯得穩重成熟。
周邊的松平家族成員和舊臣得知元康進入岡崎城後，都欣喜地前來依附。元康隨後修復城池，加強治安，安撫百姓。等到三河領地穩定後，元康出兵占領了前線被今川軍遺棄的舉母、梅坪、廣瀨三座城市，進而入侵尾張。在沓桂城下，松平軍放火挑釁，以示威反對織田信長。信長屢遭元康騷擾，於是於6月18日派水野信元率軍進攻岡崎城，雙方在石瀨的十八珪大戰一場，結果勝負未分。同年8月，松平元康重新奪回邊境的寺部城，將織田軍拒之三河領地門外。
當松平元康極力遏制織田家的攻勢時，今川家的遠江和駿河卻依然陷在混亂中。遠江各大豪門的領軍人物，幾乎都在桶狹間陣亡，各個家族正忙著家族的繼承。在駿河，今川義元的嫡子今川氏真在祖母壽桂尼的輔佐下繼承了當家之位。由於駐紮在岡崎城的守軍是擅自逃跑，松平元康進駐的是空蕩蕩的城。今川氏真也沒有理由責怪他。此時，他正在忙著整頓領地內的秩序。在此期間，元康仍然派遣使者向今川家族進貢，並建議說織田的實力仍遠不如今川，現如今應該為今川義元舉行吊唁合戰，以勝利來重振今川家族的士氣。但今川氏真因父親戰死而受到驚嚇，無意起兵對抗織田。
松平元康極度失望，在看到今川氏真的膽小無謀之後，知道今川家族今後將走向落幕，於是開始謀求三河的進一步獨立。永祿四年（1561年）春，他派遣石川數政出使尾張，與織田信長商談休戰事宜。由於之前的石瀨之戰，織田信長就發現元康並不是一個好對付的人。今川家如今雖然戰敗，但仍有武田和北條兩大盟友在背後支持。所以，他暫時沒有進入東海道的想法。現在石川數政代表松平元康來重申舊交，這正是信長所希望的，於是信長立即與石川簽訂了互不侵犯協定。
此時在西三河，今川家還有一位堅定的支持者。由於今川義元綁架了傾向織田的吉良義安，並支持義安的弟弟吉良義昭繼承家主之位，義昭由此統一了東西吉良家族。出於對今川家的感激之情，他拒絕臣服於松平元康。永祿四年（1561年）二月，松平元康派兵攻占吉良家的中島城（今吉良町），但隨即在吉良義昭的東條城下受阻。後來，元康在東條城周圍修建了三座城墻：津平（松井忠次駐守）、小牧（本多廣孝駐守）和糟冢（小笠原長茲駐守）。他們對東條城進行了長期圍困，並讓深溝松平家主松平好景駐守中島城。
同年4月15日，吉良義昭讓麾下猛將富永忠元率領數百騎兵佯攻松平方酒井忠尚所守的上野城。得知吉良方的動向後，松平元康派遣中島城的松平好景和松平伊忠前去支援。乘此機會，吉良義昭率領主力突襲了中島城。松平好景率領五十余名騎兵半路折返，將中島城下的吉良軍驅散。然而，當他繼續追擊吉良軍時，佯攻上野城的富永忠元也轉身沖向中島城。他在善明提追上了松平好景並包圍了他。最終，松平好景氏一族21名成員和34名家臣全部陣亡，中島城很快被吉良軍收復。松平家在這次戰鬥中損失慘重，松平方的武士對敵將富永忠元恨之入骨。
9月中旬，半隱退的吉良義安和吉良義昭反目成仇，逃往松平元康處。元康請重臣酒井正親自率兵迎接，並趁機占領了吉良家的西尾城，然後緊接著向東條城進攻。 9月13日，吉良義昭派富永忠本帶領數百名騎手出城挑戰。小牧砦的本多廣孝和津平砦的松井忠次，看到富永出現，不由分說的就帶著部隊沖了出去。當時，富永忠元威風凜凜地站在陣前，但當他看到兩城的松平軍全部出來時，只能調轉馬頭逃跑。身後的士兵見將軍撤退，紛紛散去。不久，松平軍在藤波窪追上了富永忠元。在混戰中，富永忠元還殺死了大久保大八郎和鳥居半六郎兩名松平武士。然而他本人也耗盡了體力，最終被本多廣孝一槍刺死。富永忠元戰死後，吉良義昭也喪失了戰鬥意誌，很快開啟東條城城門，向松平軍投降。
在東三河，今川家的將軍小原肥前守鎮實擔任吉田城的城主，負責指揮整個東三河的豪族。看到松平元康在西三河攻城略地，小原擔心東三河的豪族會有所動搖，於是向今川氏真申請，要求東三河的豪族再次向吉田城獻上人質。然而，小領主們眼看著松平元康不斷壯大，而今川家卻始終無法收拾領地內的亂局。誰高誰低，已是一目了然。當今川一家再次向他們索要人質的行為，反而促使他們做出了更直接的決定。永祿四年（1561年）三月，東三河的奧平、菅沼、西鄉、設樂、戶田等東三河豪族相繼向松平元康宣誓效忠。今川氏真勃然大怒，命大原鎮實在吉田山龍拈寺門口，將東三河諸家先前派來的14名人質全部串刺而死。這一暴行，直接讓所有豪族都變成了今川家的敵人。
永祿五年（1562年）正月，松平元康親自前往尾張清洲城拜訪織田信長。此時，他已經統一了西三河，有了與今川抗衡的資本。織田信長的宿敵齋藤義龍已於前一年的五月病逝。信長準備對美濃發動全面入侵。三河松平與尾張織田也不再存在直接的利益沖突。在此背景下，兩大家族結成聯盟，可以成為彼此的後盾。出於這些共同的利益，松平元康和織田信長寫下了結盟誓言。向神佛發誓後，將誓言燒成灰，用酒吞下。從此，他們結下了牢不可破的聯盟。據說當時他們還約定，如果織田家先征服天下，那麽松平家就願意做織田家的屬國。如果松平家先征服天下，織田家就要做松平家的屬國。
3月12日，松平元康率軍進攻東三河的上之鄉。這裏最大的豪族便是鵜殿家族。其家主鵜殿長照的生母是今川義元的妹妹，與松平十八家之一的竹谷家的松平清善有世仇。因此，盡管周圍的下之鄉支系和柏原支系都投靠了松平家，但鵜殿長照依然為今川家守護著上之鄉城。松平元康和松平清善合軍之後，依然攻克不了堅固的上之鄉城，於是元康便命令甲賀忍者鵜飼孫六率領200名忍者潛入城內放火鬧事。趁著城內一片混亂，松平軍發起攻擊，一舉攻陷城池。在此期間，鵜殿長照本人戰死，他的兩個兒子鵜殿氏長和鵜殿氏長次被俘。
石川數正隨後向元康進言：「我一直聽說今川氏真很疼愛這兩個侄子，甚至還把自己的‘氏’子賜給他們，我們可以嘗試用他們來換取您的妻子和少爺。」在得到元康的特許後，石川數正立即與今川氏真進行交涉，而今川氏真居然真的答應了這個條件，於是石川數正急忙請求元康出兵，將鵜殿氏的兩個兒子送到駿府城，並換回了築山夫人與小竹千代。
與築山夫人一起回到岡崎的還有 1560年初她為元康生下的女兒龜姬，現在她已經兩歲了。此時松平元康已經將自己的生母於大夫人和繼父久松俊勝迎入了松平家。不久前，他剛剛任命久松俊勝為上之鄉城城主。另外，他還把於大夫人留在了岡崎城照顧，並將她和久松所生的三個兒子都賜姓松平，分別取名叫松平康元、松平康俊、松平定勝。其中松平康元後來也被元康送到駿府作為人質。於大夫人與松平廣忠離婚的原因，就是織田氏與今川氏的對立。
當築山夫人回來的時候，於大夫人不允許她進入岡崎城，因為松平家族裏還有很多人傾向今川家族。一旦築山夫人進城，這些人肯定會聚集在她周圍，形成親今川的派系。進而導致松平家族分裂。迫於母親的命令，松平元康無奈，只能將築山夫人暫時安置在岡崎城外的總持尼庵內。
今川家這邊，在交換人質後，今川氏真立即就後悔了。欲派人追擊，但石川數正已經帶著築山殿母子走海路兼程返回。追擊無果，今川家一怒之下，命令元康的嶽父關口親永在他位於駿府的家中切腹自殺。同年6月，今川氏真親率部隊進攻三河，但在牛窪城外的一宮砦被松平元康奮力擊退。正蓄意反攻之際，駿府傳來訊息，氏真的外祖父武田信虎正在煽動今川的家臣投奔武田的訊息。今川氏真無奈，只能立即返回駿府安定人心。
