妙玉雖然只是一個寄居在攏翠庵裏的女尼，卻名居金陵十二釵第六位，可見曹雪芹對她的重視。【石頭記探佚】中對妙玉的結局作了一些探討，其大略如次：
一、妙玉是十二釵中與賈寶玉發生情感糾葛的兩對金玉（釵、黛、湘、妙）之一。妙玉和寶玉更是一種心靈投契互為知音，在友誼和愛情之間的關系。他們在佚稿中還會有後續故事。
二、寶玉和妙玉在佚稿中的故事也許只是插曲，不會占據太多的篇幅，因為佚稿中的女主角是史湘雲。
三、妙玉在賈府敗落後離開京城，去了南方，最後流落到瓜洲﹣﹣就是王安石詩"京口瓜洲一水間，鐘山只隔數重山。春風又綠江南岸，明月何時照我還"的那個瓜洲。
四、妙玉在瓜洲受到當地惡勢力的迫害，最後"終陷淖泥中"而"紅顏固不能屈從枯骨"。
這當然只是一個極其粗略的輪廓。其中提到的"瓜洲"，只見於毛國瑤提供的"靖藏本"批語，而"靖藏本"的"迷失"是一樁學術公案，相當多的研究者認為此本根本不曾存在過。筆者的推考則假定"靖藏本"批語並非偽造，這只能說見仁見智了。
比較有爭議的另一個問題，是"冊子"上"畫著一塊美玉，落在泥垢之中"和【世難容】曲子所謂"無瑕白玉遭泥陷"到底是什麽意思？是不是暗示在佚稿中妙玉淪落到煙花窟當了妓女？一種意見是肯定的。
根據當然就是對上述的"冊子"判詞和【世難容】所作理解，認為"泥垢"就是指風月場所。此外，在【好了歌解註】中有一句"擇膏粱，誰承望流落在煙花巷"，一般認為是影射賈巧姐結局，但是不是也在說妙玉呢？
程鵬在【"世難容"-﹣妙玉性格散論】(【紅樓夢研究集刊】第四輯）中這樣推測："妙玉可能碰上了像第四回中拐賣英蓮的拐子那類人物。這類人物往來於社會下層的各個最黑暗的角落，猥瑣異常又殘忍無比。孤兒弱女若落入他們手中，那真絕望而可怕。"
"這樣看來，妙玉後來的命運，無非有兩種可能：一是，至'瓜洲渡口'後，被強迫還俗，轉賣至煙花巷中，慘遭蹂躪。二是，被拐騙於當時滿布江南的那種名為尼姑庵，實為變相妓院的汙穢處所。表面上仍然'帶發修行'，實際上已成為備受欺淩的變相妓女。
若從'雲空未必空'的判詞推斷，後一種可能性似乎更大，對社會的虛偽、黑暗也揭露得更深刻有力！"胡邦煒在【妙玉結局淺探】(【中國古典小說研究論集】）一文中表示贊同程鵬的意見："只有這樣的結局，也才符合'到頭
依舊是風塵骯臟違心願。好一似，無瑕白玉遭泥陷'"
他又補充說："只能是妙玉陷人淖泥、流落風塵之後，在江南某一變相尼庵妙玉如何"遭泥陷"（很可能就在瓜洲渡口），與已經'懸崖撒手'、出家為僧的賈寶玉重逢。這一僧一尼的兩位故人，在他們離別大觀園之後，都已飽經人生的憂患，歷盡人世的滄桑，並且在心靈中刻下了累累傷痕。這樣的聚首真是別有一番滋味在心頭啊！"
這樣一些推測也是一家之言。聯系到前八十回寶玉和妙玉藕斷絲連的感情糾葛；"攏翠庵"和"怡紅院"的有意對應（脂批系統的本子裏有"攏翠"和"櫳翠"兩種寫法，周汝昌認為"攏翠"對仗"怡紅"，是曹雪芹原筆）；梅花對妙玉的微妙象征；賈寶玉品茶攏翠庵；訪妙玉乞紅梅；妙玉給寶玉生日賀帖……八十回後寶玉和妙玉"一僧一尼"的感情悲劇確實可以獨出心裁，意蘊悠遠。
