呼吸道感染是指病原體感染人體的鼻腔、咽喉、氣管、支氣管和肺組織等呼吸系統並引起相應癥狀，主要表現為發熱、咳嗽、咳痰、呼吸困難等。除了流感外，其他多種病原體也能造成呼吸道感染，上呼吸道感染70％~80％由病毒引起，包括鼻病毒、腺病毒、流感和副流感病毒、呼吸道合胞病毒等，另有20％~30％由細菌引起。下呼吸道感染是由病毒、細菌、黴漿菌、衣原體、軍團菌等微生物感染引起，是最常見的感染性疾病。
呼吸道感染是臨床的常見病，病人存在普遍的共感染/合並感染，單重/低重檢測都無法實作準確檢測。不同感染場所、不同季節性、不同年齡、不同基礎疾病患者感染的病原體各不相同，如社區獲得性呼吸系統感染的主要病原體為病毒、黴漿菌、衣原體、肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌等，而醫院獲得性呼吸道感染的主要病原體為細菌，尤其是耐藥性細菌，如銅綠假單胞菌、肺炎克雷伯菌、金黃色葡萄球菌等。
近些年，隨著檢測技術的發展，特別是多重PCR技術和一體化檢測技術的使用，呼吸道感染癥候群檢測（Syndromic Approachtesting）得到了快速發展。這種診斷方式不同於以往對可能的病原體單一靶向檢測的模式，而是從患者的癥狀和表征出發，涵蓋癥候群感染相關的常見病原體組合，一份樣品、一次檢測就可以診斷或排除多種病原體，顯著提高了診斷效率，有利於發現多病原混合感染的情況。
疾控系統在拿到一個來自哨點醫院的流感樣病例（ILI）和住院嚴重急性呼吸道感染病例（SARI）的時候，會對可能的病原體進行單一靶向檢測，測幾種出來發現都不是的話，可能就需要進行多病原篩查，而tNGS是用測序的方法做多病原，如果多病原也沒有篩查出來的話，就可能會采用未知病原的方法檢測。
多病原檢測可以說是測序的前哨站，最後都需要用測序的方法來獲得全基因組，拿到拿到它的病原譜。從多病原監測到測序的意義在於提升公共衛生和醫學研究的能力，幫助更好地理解、預防和控制傳染病的傳播。
01
可以早發現病原體：多病原監測透過同時檢測多種病原體，提高了檢測效率，能夠在早期發現並診斷傳染病，有助於及時采取幹預措施。
辨識共感染：這種方法能夠辨識一個樣本中存在的多個病原體，從而更全面地了解患者的感染情況，有助於更準確的治療方案制定。
02
流行病監測：多病原監測有助於公共衛生部門即時監測多種病原體的流行趨勢，提供預警訊號，防止疫情的爆發和擴散。
病原體演變追蹤：透過對病原體進行基因測序，可以追蹤其變異和傳播路徑，為流行病學研究提供重要數據。
03
病原譜分析：測序能夠拿到病原微生物的全基因組，獲得病原譜，提供豐富的數據，幫助研究人員分析不同地區和時間段的病原譜，研究病原體的多樣性和分布。
新病原體發現：未知病原測序可以辨識未知或新興的病原體，促進新疾病的發現和研究。
04
降低醫療成本：透過多病原篩查，實作精準檢測和治療，減少誤診和不必要的治療，降低醫療成本。
社會穩定：及時控制和預防傳染病的爆發，有助於維護社會穩定和經濟發展。
05
精準治療：基因測序能夠提供病原體的詳細基因資訊，幫助辨識抗藥性基因，指導個體化治療，避免無效治療和抗藥性問題。
疫苗開發：了解病原體的全基因組特征，有助於開發針對性的疫苗，提高疫苗的有效性。對呼吸道進行多病原檢測，並透過測序獲得全基因組，拿到病原譜，將數據上傳至省市傳染病動態監測系統，透過系統、連續的監測，疾控系統可以掌握呼吸道傳染病不同病原的流行特征和病原譜變化，以便及時調整防控策略，釋出風險提示和監測預警。
總體來看，從多病原監測到測序的意義重大，不僅在疾病的預防和控制方面發揮關鍵作用，還推動了醫學研究和公共衛生領域的發展，提升了全球應對傳染病的能力。
本期編輯：木木
本文轉載自：北京微未來
