劉備占領四川前後曾長期使用朝廷授予他的「左將軍」稱號，其最高軍政中樞機構亦名為「左將軍府」,平時的庶務由諸葛亮與助手董和代為署理。胡三省註：「署府事者，總錄軍府事也。」
建安二十四年(219)秋，劉備表請立為漢中王，其左將軍府改稱為大司馬府，並在兩年後他稱帝時予以撤銷。
劉備的大司馬府與以前的左將軍府相比，其情況發生了以下變化。其一，由先主自己主持治事，不再委托別人。
在此前的五年內，劉備有很長時間不在成都，他先在建安二十年(215)領兵東下，與孫權爭奪荊州的江南三郡，後又坐鎮江州指揮張飛等反擊入侵巴西的張郃所部。
建安二十二年(217)冬，劉備率諸將北赴漢中作戰，至二十四年(219)七月戰役勝利結束。 在他領兵外出期間，成都的左將軍府由諸葛亮代理署事，全權處置，包括州郡重要職務的任免，例如使楊洪取代法正的蜀郡太守。
而劉備稱漢中王後， 「於是還治成都」 。表明此後的大司馬府是由諸葛亮、董和等辦理日常庶務，而軍國要事則由劉備自己處治，直到在他稱帝後撤銷該府之時。其二，建立尚書台，分割了大司馬府的部份權力，並最終將其取代。
建安二十四年(219)秋，劉備的左將軍府改稱大司馬府之後，又成立了尚書台，任用法正為長官。「先主立為漢中王，以正為尚書令、護軍將軍。明年卒，時年四十五。 」法正擔任此職僅僅一年，隨即由謀士劉巴繼任。
東漢中央政府的尚書台設定於宮內，收納公卿百官的章奏，轉交皇帝批復後下發給各部門執行，其地位與作用非常重要。如李固所稱：「尚書出納王命，賦政四海，權尊勢重，責之所歸。」這個部門總理全國事務 ，以尚書令為主官，副職為尚書仆射，下設五曹。
如安作璋、熊鐵基所言： 「從中央到地方，從官府到民間，從國內到國外(從內地到邊境)所有的事都管到了，可見其職權範圍是很廣的。」
劉備在成都仿效漢朝制度，建立這樣的機構，勢必會將大司馬府，即原來的左將軍府的許多業務與職能轉移到尚書台。劉備為什麽要在大司馬府之外建立尚書機構呢?筆者分析應有以下兩個主要原因。
首先，要為蜀漢建國、正式稱帝預做準備。當時曹操已經自稱魏王，在鄴城設立公卿百官，其篡奪漢朝的野心路人皆知，獻帝被廢只是時間早晚的問題。
在這樣的政治形勢下，胸懷大誌的劉備亦步亦趨，也企圖在不遠的將來建立王朝，登極稱尊。封建國家機器是一個龐大繁雜的組織，尚書台是它運轉所必需的中樞機構，它和公卿百官的建立和運作需要一個過程，不可能一蹴而就。
為此劉備需要抓緊時間籌建若幹政府機構，以免臨時倉促，尚書台是其中最重要的部門。此外，劉備還建立了許多官僚組織。例如任許靖為太傅， 「用荊楚宿士零陵賴恭為太常，南陽黃柱為光祿勛，(王)謀為少府」。
這些都是劉備在大司馬府之外另設的公卿官員。由此可見，劉備稱漢中王，建立公卿百官機構和尚書台，是從軍府這種臨時性地方政權轉型為封建國家的必要步驟。後來劉備稱帝，基本上沿用漢中王時期設立起來的官僚系統進行統治。
其次，另建一個脫離公卿等外朝官員的中樞機構。東漢自開國皇帝劉秀始，設在宮內的尚書台就成為君主削奪三公九卿權力，實行獨裁統治的禦用工具。
仲長統曾說： 「光武皇帝慍數世之失權，忿強臣之竊命，矯枉過直，政不任下，雖置三公，事歸台閣。自此以來，三公之職，備員而已。」
李賢註：「台閣謂尚書也。」尚書台控制著公卿百官的章奏上傳與皇帝詔書誥命下達的渠道，不僅了解國家機密，而且還能利用接近皇帝的便利條件發表意見，參與並影響天子的裁決。
如陳忠所言： 「今之三公，雖當其名而無其實，選舉誅賞，一由尚書，尚書見任重於三公。陵遲以來，其漸久矣。」
劉備在稱漢中王後建立的尚書台，其長官尚書令由法正擔任，他在劉備奪取四川的戰爭中屢獻計謀，立有大功，故深受信任。
後來他又策劃並參與指揮進攻漢中、上庸獲得成功，致使劉備對其言聽計從，這方面連諸葛亮都自嘆不如。繼任法正為尚書令的劉巴(字子初),也是蜀漢少有的智謀之士。
諸葛亮曾說：「運籌策於帷幄之中，吾不如子初遠矣!若提枹鼓，會軍門，使百姓喜勇，當與人議之耳。」尚書台的官員還有楊儀，他原來是關羽府內功曹，「遣奉使西詣先主。
先主與語論軍國計策，政治得失，大悅之，因辟為左將軍兵曹掾。及先主為漢中王，拔儀為尚書」。再如任尚書郎的蔣琬，諸葛亮稱他為 「社稷之器，非百裏之才也」 。綜上所述，劉備選用的尚書台官員都是極為精明強幹之人，由此可見這一機構的重要性。
那麽，劉備建立尚書台的目的是否也和光武帝一樣，是為了削奪公卿的權力呢?答案應是肯定的。曹丕篡漢稱帝之後，劉備也在群臣勸進下登極。 「章武元年夏四月，大赦，改年。以諸葛亮為丞相，許靖為司徒。置百官，立宗廟，祫祭高皇帝以下。」
這裏需要強調的是，蜀漢雖然建立了公卿百官，但是與漢朝制度有所不同。西漢丞相「金印紫綬，掌丞天子助理萬機」。府內屬下有長史、司直與諸曹吏員共三百余人。
東漢不設丞相，立太尉、司徒、司空為三公，亦有公府，各設長史一人，掾史屬與令史及禦屬數十人。而蜀漢建國後的諸葛亮雖出任丞相，卻沒有開府治事，手下並無掾吏幕僚。
這一情況引起了史家的關註，單敏捷即指出：「劉備時期諸葛亮一直沒有自己的屬官，無論是軍師中郎將、軍師將軍，還是丞相，我們都看不到有關軍師僚屬或是丞相掾屬的記載。」據歷史記載，諸葛亮是在擔任丞相的第三年，即劉禪繼位當年(223)才有了自己的相府。「建興元年，封亮武鄉侯，開府治事。」
劉備稱帝之前，諸葛亮先後以軍師將軍署左將軍府事、署大司馬府事，劉備稱帝後大司馬府撤銷， 「(諸葛)亮以丞相錄尚書事，假節」。
即在尚書台與尚書令劉巴共同處理政務。由此可見，劉備立尚書台的最終目的是取代原來的左將軍府與大司馬府，並且把處理軍政要務的中樞機構遷至宮內，設在自己身邊以便操縱。
就某種程度來說，他在加強君主集權方面超過了東漢的諸位皇帝，因為自光武帝以來雖然 「事歸台閣」 ,但東漢三公還有自己辦公的府署。劉備卻只設立丞相、司徒二公，且不建公府，諸葛亮必須到尚書台去辦公，可見劉備削奪丞相及外朝權力已經達到登峰造極的地步。
諸葛亮雖是劉備的股肱之臣，但從劉備占領成都到後來東征孫權的活動來看，他與諸葛亮的關系有疏遠的傾向，而且懷有某種程度上的戒心。諸葛亮剛入先主幕下時，兩人非常親近，劉備自稱： 「孤之有孔明，猶魚之有水也。」
劉備調諸葛亮、張飛、趙雲入川後，他外出用兵時留諸葛亮鎮守成都，主持後勤供給與根據地之安全保障，這是非常重要的工作，體現出他作為股肱之臣的地位與信任。
但是另一方面，劉備又對諸葛亮有所疑慮，很少讓他參與軍事與外交方面的決策事務，致使諸葛亮的聰明才智未能完全發揮。王夫之因此批評劉備「且信武侯而終無能用也」。
何茲全曾指出： 「後來的兩次大戰，爭漢中和爭荊州，劉備都是自己負責，沒有帶諸葛亮做參謀，更足以說明諸葛亮的地位。
爭漢中，是劉備和曹操之間的一次大戰，劉備沒有帶諸葛亮，去的是法正。關羽死後，劉備傾全力去和孫權爭荊州，這是劉備生死存亡的大關，也是劉備獨往，沒有帶諸葛亮。」
由此認為， 「在劉備生前，諸葛亮只是受命而行的行政能臣，並不是協助劉備決策的人；特別在軍事方面，還不是贊助劉備決策的人」 。法正死後，劉備執意東征孫吳為關羽復仇，拒絕了群臣的苦諫，諸葛亮卻對此未加勸阻。
後來兵敗猇亭的訊息傳到成都，諸葛亮感嘆道：「法孝直若在，則能制主上，令不東行；就復東行，必不傾危矣。」胡三省評論道：「觀孔明此言，不以漢主伐吳為可，然而不諫者，以漢主怒盛而不可阻。」這也表明他們的關系已不像起初那樣如魚得水。
劉備對諸葛亮的擔心，集中體現在他臨終前的囑托裏。 「君才十倍曹丕，必能安國，終定大事。若嗣子可輔，輔之；如其不才，君可自取。」 後人對此解釋不一，如陳壽認為是相得之言，「誠君臣之至公，古今之盛軌也」。
康熙皇帝說是「猜疑語」,孫盛則斥為「備之命亮，亂孰甚焉!」指出這是權術中的「詭偽之辭」,很容易產生誤解和動亂。
王夫之則認為這不是孤立的事件，聯系此前有關種種情況，說明劉備盡管對諸葛亮委以重任，但確實有防範之意，又不理解他一貫主張的聯吳抗曹方針，因而限制了諸葛亮才幹的發揮。「先主之信武侯也，不如其信(關)羽，明矣。
諸葛子瑜奉使而不敢盡兄弟之私，臨崩而有‘君自取之’之言，是有武侯而不能用。」 由此看來，劉備稱漢中王後立尚書台，稱帝後撤銷大司馬府，致使諸葛亮名為丞相，卻連自己的公府和僚屬都不能擁有。
由此可見，蜀漢尚書台的建立，具有削奪公卿(主要是諸葛亮)權力的作用。不過這種限制，只是在劉備駐蹕成都時才會發生作用。
由於蜀漢人才匱乏，找不到能與諸葛亮比肩的俊傑，一旦劉備領兵外出征戰，尚書台只能派出少數人跟隨前往，即建立隨軍的「行台」。鎮守益州與主持成都尚書台的工作，還是要交給諸葛亮來負責，使其成為劉備在後方的全權代理人。
章武二年(222)閏六月，先主在猇亭兵敗後退守永安(今重慶市奉節縣),並未撤回成都。他在當地大建宮城，調兵遣將加強峽口的防務，還想伺機收復荊州的失地。
洪武雄認為「劉備初似有長駐永安之意」可以信從。另外，劉備又將尚書令劉巴召至永安。譚良嘯據此指出： 「劉備駐白帝城後既建行宮，同時將尚書台移來，作為自己身邊處理朝政事務的機構。」
也就是說，設在永安的已經不是過去臨時性質的隨軍行(尚書)台，而是正式的尚書機構。後來劉巴去世，劉備又召李嚴來繼任此職。「章武二年，先主征嚴詣永安宮，拜尚書令。」
羅開玉對此評論道：「劉備是要在身邊重新建立一個處理全國軍政事務的‘尚書’機構，這機構就由李嚴總負責。
諸葛亮在成都對軍政事務的處理意見，要透過李嚴的機構後才能到達劉備那裏；劉備的旨意要先透過李嚴的機構才能到達諸葛亮的機構裏!這對諸葛亮及其在成都的‘尚書’班子都是重大威脅!
劉備的這一舉動，不僅含有要培植李嚴力量，要他與諸葛亮分權之味，也是當時蜀漢朝廷中重大人事變動的訊號……東漢尚書令取代丞相之事，方離去不遠，完全可能在蜀漢重演。」
如果說劉備出征時讓諸葛亮在後方主持尚書台工作是形勢所迫，不得不這樣做；那麽先主回國後即調尚書令到永安的用意很明顯，就是要將最高軍政中樞機構留在自己身邊，以便就近控制，不受他人操縱，而諸葛亮「錄尚書事」的職權遭到了削弱。
但是，劉備回到永安後不久便病情加重，至章武三年(223)四月病逝。他在臨終托孤於諸葛亮，任命其為首輔大臣。
而劉禪繼位後，諸葛亮獨攬大權，蜀漢全國的軍政要務均由丞相府處置 ，尚書台隨即成為有名無實的機構，由此改變了此前的政體結構與劉備削奪外朝官員權力的初衷。
