最主要的原因就是立威。
中國歷史上有一種說法，叫「行伊霍之事」，意思就是：權臣攝政廢立皇帝。
以中國歷來的傳統思想來看，權臣廢立皇帝是有爭議的，以臣廢君，是以下犯上，君主是否昏庸，臣子有沒有權力廢立，一直是有很大的爭議。
從秦朝到東漢末年，真正廢立皇帝成功的，也只有霍光一人，像趙高和王莽這樣的篡位的，都不能稱之為權臣，而是稱為逆臣，還包括跋扈將軍梁冀這樣的逆臣。
廢立皇帝有巨大的政治風險，哪怕皇帝不合格，臣下又是如何判定皇帝昏庸的呢？很難形成標準，一旦開了這個頭，就不斷會有權臣「行伊霍之事」，容易造成政治動蕩。
董卓
不僅如此，廢立皇帝的難度也非常大，霍光之所以能成功廢立皇帝，那是靠著多年的政治經驗和滿朝文武百官及太後的支持才辦到的。
因為劉賀從封地帶來的人有取代滿朝文武百官的趨勢，群臣與霍光的政治利益是一致的，才得以順利實施。
權臣一旦成功廢立皇帝，個人威望、名聲、地位都會得到迅速提升，這是立威最好、最快的辦法。
【後漢書 董卓傳】：百僚大會，卓乃奮首而言曰：「大者天地，其次君臣，所以為政。皇帝暗弱，不可以奉宗廟，為天下主。今欲依伊尹、霍光故事，更立陳留王，何如？」公卿以下莫敢對。卓又抗言曰：「昔霍光定策，延年案劍。有敢沮大議，皆以軍法從之。」坐者震動。
董卓行伊霍之事，廢立皇帝
董卓進京後，迅速在軍事上取得絕對優勢，控制了兵權，在進京的兩天後，就召集百官，準備廢立皇帝，董卓在會上說道：
天下最大的是天地關系，其次為君臣關系，這是為政的根本。皇帝糊塗懦弱，不能夠事奉宗廟，做天下的君主。如今想依照伊尹、霍光的舊例，改立陳留王劉協，你們認為如何？
公卿以下的百官無人敢說話。
董卓接著說：
從前霍光定決議，田延年按劍監督，有敢阻礙方針大計的，都以軍法從事。
在座的百官都受到震撼，不敢說話，只有尚書盧植起來反對：
從前太甲即位以後昏暗，呂邑王罪過有一千多條，所以有廢立的事。當今皇上尚且年輕，行為沒有不當之處，不能和以前的事例相比。
董卓強行廢立皇帝
董卓大怒，離席而去，第二天董卓再次召集百官，並威逼何太後，要她下詔廢除漢少帝劉辯。
董卓因為兵權在手，誰敢不從，因此廢除劉辯，改立陳留王劉協為帝，並且隨後不久毒殺太後與劉辯。
不要小看董卓，他是自秦朝以來，首次有地方軍閥進京控制朝政，並成功廢立皇帝的人，能辦成這樣的事，他的威望能夠得到無限地提升。
大概就是天下人只知道有董卓，不知道有皇帝這樣的感覺。
這樣就能立威。
立威之後，就能方便掌控朝廷。
除了立威之外，廢立皇帝還有兩個原因：
一是有利於培養自己的勢力 。
劉協是漢靈帝的小兒子，本來他是無緣皇帝之位的，雖然漢靈帝活著的時候想廢長立幼，廢除劉辯立劉協，但由於阻力太大，未能成功。
漢獻帝劉協
阻力一方面來自傳統思想，中國歷史上有嫡長子繼承制，劉辯不僅是長子，還是嫡子，地位牢不可破，另一方面是何皇後和大將軍何進等人的強力支持。
現在董卓做了當初漢靈帝都沒能完成的事，從董卓的角度來考慮問題，劉協是董卓立的，自然會感激董卓，董卓就能利用劉協來培養自己的勢力。
至於有人說劉協比劉辯聰明，不利於董卓控制朝廷，這種說法是不對的，當時的劉辯已經17歲，還有兩三年就成年了，一旦成年了，按照傳統就要加冠和親政，這對董卓來說是不利的。
董卓雖然一手遮天，但還是不能違背傳統。
而劉協只有9歲，雖然他聰明，但不代表劉協就能更強，一方面劉協年齡更小，方便控制，另一方面董卓有更多的時間來掌控朝廷權力。
只要權臣的權力基礎形成了，皇帝聰明不聰明的意義並不大，皇帝聰明能更好地配合權臣讓位，想要反抗權臣，卻是很難的。
董卓為了立威
你看漢獻帝劉協成為傀儡之後，先被董卓控制，接著被王允、李傕、郭汜控制，最後被曹操控制，劉協如何反抗，哪怕有衣帶詔這樣的事件，劉協就能翻盤嗎？很難的，幾乎不可能。
只要權臣掌控了權力，穩定了地位，皇帝聰不聰明真不重要，重要的是皇帝無法擺脫傀儡身份。
二是打擊前朝外戚勢力 。
劉辯能夠成為皇帝，背後是有一系列力量支持的。
包括但不限於他的母親何太後、他的舅舅大將軍何進、他的另一個舅舅車騎將軍何苗等等。
何進與何苗雖然在動亂中被殺，但是何太後還活著，董卓如果不把劉辯廢掉，等到劉辯長大後，就會聯合一批力量奪權，而支持劉辯最大的勢力就是何太後。
身為太後，是有權力下詔廢立皇帝和誅殺權臣的，董卓可不想給自己留一個定時炸彈，他廢立皇帝的目的之一就是幹掉何太後，一勞永逸。
董卓為了打擊外戚勢力
而劉協雖然是皇子，但父母雙亡，背後也沒有外戚勢力支持他，即使劉協將來長大，還奪權，也沒有勢力支持劉協。
看看東漢一百余年的歷史就知道了，小皇帝繼位時，大多被權臣控制政權，這些權臣多是太後的親戚，也就是外戚，外戚跟太後是一個系統的，小皇帝想奪回權力，一般會等到太後去世，再聯合宦官、士族等勢力對外戚動手。
想要徹底剪除皇帝的勢力，就要消滅皇帝的親戚，也就是外戚，沒有外戚，皇帝很難翻身，後來劉協發動衣帶詔時，也是要求他的外戚（老丈人）董承誅殺曹操的。
選擇一個背景幹凈的劉協當皇帝，有利於孤立皇帝，同時維護董卓的權力。
