陳嘉庚被毛澤東譽為「華僑旗幟、民族光輝」，在抗戰期間與毛澤東、周恩來、朱德等中共領導人接觸、交往，並結下深厚情誼。1949年2月，在接受美聯社星洲分社主任馬斯特遜采訪時，陳嘉庚認為毛澤東是一個「和蔣介石的為人，完全不同」的好領袖，是「一個有遠大眼光的人」。
「中國的希望在延安」
隨著民族危機的加深，中國共產黨不斷加強對海外華僑的爭取和團結，以結成抗日民族統一戰線。全民族抗戰爆發後，毛澤東明確表明中共對華僑的態度，「共產黨是關心海外僑胞的，願意與全體僑胞建立抗日統一戰線」。陳嘉庚雖長期身處海外，卻時刻心系祖國的命運，組織華僑成立南洋華僑籌賑祖國難民總會，號召廣大華僑為祖國抗戰捐錢捐物，動員一批批服務團、救護隊、義勇隊回國抗戰。毛澤東在【論聯合政府】中充分肯定抗日戰爭中，「海外華僑輸財助戰」，為抗戰勝利作出巨大貢獻。
1940年，陳嘉庚在南洋組建慰勞團回國考察祖國各地實情，並於5月31日開始對延安進行9天8夜的存取和考察。延安之行徹底改變了陳嘉庚對共產黨的印象和觀感，也開啟了他一生中最重要的政治立場轉變。在毛澤東與陳嘉庚的見面敘談中，陳嘉庚提及兩黨摩擦之事。毛澤東作了耐心、坦誠的解釋。6月7日晚上，在延安各界代表在中央大禮堂舉行的歡送會上，陳嘉庚登台發表講話，表示此次存取真正看到了中共方面堅持國共團結、堅持抗戰到底的堅定立場和誠懇態度，真正感受到了延安黨政軍民的艱苦奮鬥精神。因此，他對抗戰勝利充滿了信心。
陳嘉庚到延安後，毛澤東常邀請他座談，或一同用餐。陳嘉庚發現毛澤東生活非常樸素，他的住處及辦公均在窯洞內。辦公桌是舊式民間家具，地上十余只舊木椅，大小高低不一。宴請時取一舊圓桌面放在辦公桌上，然後用四張白紙遮蓋，以代桌布。飯桌上只有白菜、鹹蘿蔔乾和一碗雞湯。所有這些，與重慶的大魚大肉、好面子、講排場大不相同。
中國共產黨「平等無階級」與國民黨等級森嚴形成鮮明對比。一次陳嘉庚在談論南洋情況時，有一勤務兵遲到，見毛澤東身邊的長板凳上略有空隙，於是便直接擠身坐下。毛澤東向他望一眼，把自己身體挪開一點，以便給他騰出更大的空位。毛澤東陪同陳嘉庚逛延安新市場時，趕集的農民和群眾都跟他打招呼，有的人還停下來和他閑聊幾句，相聊甚歡。陳嘉庚返回南洋途中，在緬甸仰光的歡迎會上指出：「中國的希望在延安！」
「文武才幹，英明智慧」
抗戰勝利後，國民黨蔣介石玩起假和平的把戲，三次電邀毛澤東到重慶談判。全國人民對這次國共和談寄予很大的希望，陳嘉庚卻「獨不以為然」，認為「蔣介石沒有誠意」，還專門發電報勸阻毛澤東。1946年6月，國民黨反動政府悍然發動全面內戰，以陳嘉庚為代表的南洋僑界鮮明反對內戰、主張和平，反對專制、要求民主。9月11日，陳嘉庚以南僑總會主席名義致電美國政府相關人員，認為中共轄區的延安與國民黨轄區有天壤之別，「民主政治已見實施」，「中共獲民眾擁護，根深蒂固」，呼籲美國停止一切對國民黨的援助，以停止內戰，減少民眾疾苦。陳嘉庚的電文在海內外引起強烈反響，在國際社會聲援中國共產黨。
為了反擊國民黨反動派在南洋地區的輿情誤導，陳嘉庚在新加坡創辦【南僑日報】予以反擊，並親自擔任董事會主席。【南僑日報】的創辦得到中共中央大力支持，周恩來推薦夏衍任該報主筆。當時國民黨政府誣蔑共產黨是「共匪」，陳嘉庚親自撰寫【辨匪】一文，以大量事實說明國民黨權貴才是真正的「匪」。在【南僑日報】創辦三周年之際，毛澤東為其題詞：「為僑民利益服務。」【南僑日報】成為南洋華僑爭取民主進步和反對專制獨裁的重要輿論平台，與人民解放戰爭行程緊密配合，為新民主主義革命勝利營造良好的輿論氛圍。
隨著解放戰爭局勢的重大轉變，1948年4月30日，中共中央發文紀念五一勞動節，並號召社會各界召開政治協商會議，討論成立民主聯合政府。5月4日，以陳嘉庚為代表的新加坡華僑積極響應，並致電毛澤東表達「海外僑胞，聞訊歡躍」，「盼早日召開新政協會議，迅速建立聯合政府」。毛澤東專門復電陳嘉庚並請轉各地僑胞民主團體及一切主張民主的僑胞，「感佩」海外僑胞的「熱心卓見」，並希望海外僑胞對未來召開的新政協獻計獻策。
1949年元月，三大戰役基本結束，解放戰爭勝利在望。毛澤東再次電邀陳嘉庚回國共商國是。5月，陳嘉庚乘船回到祖國後，於6月7日在周恩來陪同下到北京香山拜會毛澤東。陳嘉庚向毛澤東匯報延安之行答應做的兩件事：一是在重慶向蔣介石轉達共產黨一心團結抗戰的決心，二是在南洋地區如實介紹在延安的所見所聞。毛澤東充分肯定了陳嘉庚及南洋華僑對於抗戰的最後勝利「功不可沒」，並再次邀請他參加全國新政協籌備會。陳嘉庚被中共領袖的真誠態度和深厚情誼所感動，同意以海外華僑首席代表身份參加新政協籌備會。10月1日，陳嘉庚與600多名政協代表應邀登上天安門城樓，見證了新中國的誕生。之後陳嘉庚應邀到各地視察，看到祖國的新氣象，他折服於毛澤東的「文武才幹，英明智慧」，感慨新中國一年等於幾十年，誰能想得到！
領導人民做「極其光榮偉大的事業」
新中國的成立使全球各地華僑華人不再是「海外孤兒」，找到了「一個偉大的慈母」。1950年，在全國政協一屆二次會議上，陳嘉庚提議在福建省修建鐵路，並兩次致信毛澤東。鷹廈鐵路建成後，在全國人大第三次會議期間，毛澤東特意與陳嘉庚談論鷹廈鐵路通車一事。1955年春季，陳嘉庚致信毛澤東，建議執行「九二米方案」（九二米：每100斤糙米脫殼加工後得92斤白米），並建議晉江青陽機場的選址，毛澤東及時回信及轉相關部門落實辦理。1952年，陳嘉庚致函請毛澤東為集美解放紀念碑題字，毛澤東欣然題字並專門復信。「集美解放紀念碑」七個大字至今依然高聳在集美鰲園內，是中國共產黨人與廣大華僑華人肝膽相照、攜手同行的歷史豐碑。
毛澤東對陳嘉庚的生活、健康等方面也非常關心。1952年2月，新華社福建分社在給總社的一份電報上，匯報美蔣特務在策劃謀害陳嘉庚。但陳嘉庚為了集美學校和廈門大學的建設，決定常住家鄉集美。毛澤東指示當地加強對陳嘉庚的安全保衛工作。
透過長時間、大範圍的參觀考察，陳嘉庚深刻地感受到在中國共產黨的領導下，新中國正在從受盡帝國主義侵略和掠奪的貧窮國家，轉變成一個獨立、自由、民主的社會主義國家。他盛贊新中國的建設成就「光榮芬芳，前古後今，殆無出其右」。1956年元旦，陳嘉庚發表了題為【偉大祖國的偉大建設】的長文，指出：「毛主席領導全國人民做我們的前人從來沒有做過的極其光榮偉大的事業，已經取得重大成就，事實證明，只有社會主義才能使國家富強，使人民幸福。」
