在抗戰結束後，1945年，秦基偉接替李達擔任太行軍區司令員，太行軍區與太嶽軍區、冀南軍區、冀魯豫軍區一起隸屬於晉冀魯豫軍區。
此外，還成立了1縱、2縱、3縱、4縱和後來的6縱。
在解放戰爭初期，秦基偉作為二級軍區的軍政主官，負責後方建設。雖然他在土地革命和抗日戰爭時期有著可圈可點的戰績，但在這些時期他的表現並沒有達到能夠評級為準兵團級的標準。
直到1952年評級時，他只是被評定為正軍級。不過，這並不影響他在解放戰爭中的重要地位。在解放戰爭中，他和陳賡、陳錫聯、陳再道、王近山等平級的野戰縱隊軍政主官一起，負責前線作戰。
雖然他沒有在主力部隊參加過抗戰時期之初的諸多戰役，但在1940年調任冀南擔任主力旅副旅長後，他參加了百團大戰，並擔任了太行軍區第一分區司令員。
抗戰結束後，他擔任太行司令員，與陳賡一樣擔此重任，並比王近山、杜義德更早一步晉升為縱隊級正職。此時，杜義德僅是冀南軍區副司令，而王近山仍是6縱副司令員。
王近山、杜義德指揮的6縱在定陶戰役、豫北戰役、魯西南戰役中取得連戰連捷，功勛卓著。相較於他們，秦基偉主要負責地方支援和協同作戰。
1947年8月，太行軍區部隊提升為9縱，他也成為9縱司令員。然而，這支部隊的戰鬥力稍顯薄弱，更多是負責配合其他主力部隊。
直到1949年渡江戰役後，在陳賡的指揮下，9縱在豫西根據地展開了激烈戰鬥，與地方部隊交鋒，參與小規模戰鬥以及配合4縱進行攻堅戰，逐步嶄露頭角。
秦基偉的戰功雖然相比陳賡、陳錫聯、王近山和杜義德稍遜一籌，但這並不影響他在上甘嶺戰役中的出色表現，這場戰役發生在1952年10月。
值得一提的是，1952年的軍銜評定並不是只看在解放戰爭中的職務，而是根據此前擔任的職務以及資歷、綜合職務和戰績等多方面因素進行評定的。
例如，莫文驊、李天煥、郭化若、韋國清和張震都曾擔任正兵團職務，但評為了副兵團級。
「準兵團級」是一個獨特且極具挑戰性的級別。這個級別的評定需要參考幹部的資歷、戰績以及歷任職務，最終評選出的53位準兵團級幹部，其中有些人雖然戰績不是最高，但是他們的歷任職務卻是非常高，如孫毅。
他在1932年就擔任師參謀長，並且在抗戰師還當過晉察冀軍區參謀長，解放戰爭期間長期擔任冀中軍區司令。 盡管秦基偉擔任縱隊級首長的時間早，但是相比他的三個時期綜合戰績來說，還是偏少。
然而，他仍然被評為正軍級，這是完全合理的。這再次證明，評定準兵團級需要全面考慮幹部的各個方面，而不僅僅是單一的戰績。
