在认识论上柏拉图把世界分成可感世界（感性世界）和可知世界（理念世界），认为可感世界可感而不可知，可知世界可知而不可感，并声称关于可感世界的知识都是「意见」，关于可知世界的知识才是「真理」，这延续了巴门尼德的「意见之路」和「真理之路」的思想，但是，这种思想恰恰与人们的经验事实刚好相反，中国人自古就强调眼见为实，实践出真知，古希腊人则强调可感世界是一个变动不居的幻象，只有思想才能把握永恒的理念世界，完全颠倒了人们日常生活中「意见」和「真理」的关系，这正是西方哲学的玄妙和狡黠之处，它要求人们看问题要做到「透过现象看本质」，不要被表象和感官所蒙蔽。
其实，柏拉图所说的理念不是别的，跟本原、存在、原子这些概念一样，既不是某种知识，也不是学科概念，而是一种信念，是一种信则有不信则无的东西。亚里士多德作为柏拉图最得意的学生，对柏拉图的理念论提出了批判，他认为所有证明理念客观存在的方法都站不住脚，他用实体代替柏拉图的理念和巴门尼德的存在，继而提出他的实体哲学，即关于「作为存在的存在」的学问，也称本体论、存在论。就像本原是自然哲学的核心概念、存在是巴门尼德哲学的核心概念、原子是德谟克利特哲学的核心概念以及理念是柏拉图哲学的核心概念一样，实体就是亚里士多德哲学的核心概念。亚里士多德认为任何事物能够被称为「存在」必须具有这样的本质，这些本质规定被他称为范畴，如实体、性质、数量、关系、时间、地点等等共十个范畴，任何事物如果没有这些规定也就不存在了，除了实体这一范畴，其他范畴又都是围绕实体这一范畴而产生的，它们必须依附于实体这个范畴而存在，不能单独存在，实体是唯一能「代表」所描述的存在被人们述说和指称，在这个意义上，唯独实体才可以独立存在。
那么实体到底是什么？说到底，实体就是其他范畴或者说是一个事物本质属性的载体或支撑，如果没有这个载体作为支撑，其他属性或范畴都无法成立。打一个不恰当的比方，张三这个人，他的名字张三就是实体，人们对他的身高、胖瘦、长相、声音等各种能够描述和指称他的特征都很熟悉，但如果没有张三这个名字，我们就无法描述或指称这个人，我们不可能通过把他的所有特征都说一遍来指称他，只能用手指着他说「这」或者「这个」，有了张三这个名称就可以用张三来代替这一系列动作了。于是，就会发生这样的争论，一些人会说，张三只是一个名字，这个名字是这个人的所有特征的集合，之所以叫张三只是为了方便指称他这个人而已，实际上张三并不存在，存在的只是各种特征，犹如贝克莱的「物是观念的集合」或「物是感觉的复合」所认为的那样，我们无法认识实体，我们只有关于这个实体的属性的认识，后来罗素的摹状词理论则从语言分析的角度涉及了实体与属性的关系问题，并成为分析哲学的主要内容之一。而另一些人则认为张三就是实实在在地存在，而不仅仅是一个名字，他的所有特征都包含在这个客体之中。
对于这种争论亚里士多德是这样解决的，他认为有两类实体，一类是个别的具体事物，有「实在物」与之对应，比如上面说的张三，这类实体被他称为第一实体。还有一类实体只有属性而没有具体「实在物」与之对应，是抽象出来的概念，比如生物学上的属（如动物、植物）和种（如人、马、狗）以及事物的类（如房子、桌子）等等，亚里士多德称之为第二实体。第二实体在柏拉图那里就是被称为理念的东西，即人们通常所理解的事物的形式、或称共相、或称类的概念。亚里士多德认为第一实体具有「既不述说一个主体，也不依附于一个主体」的特点，是独立存在的，而第二实体（共相、理念、形式）只能存在于具体的事物之中，而不能独立存在于事物之外。柏拉图则认为理念（共相、形式）不但是独立存在的，而且是在先的客观的，而具体事物则是对理念的摹仿或分有，从而把具体事物看成了是介于存在和非存在之间的不确定的东西。
由于亚里士多德与柏拉图对实体或理念的不同看法，新柏拉图主义哲学家波菲利就提出这样一个问题，共相（理念）是仅仅存在于人们的思想中还是可以独立存在？对这个问题的不同回答就是中世纪哲学有关实在论和唯名论、殊相和共相、具体事务和一般事物之争的源头，认为共相只存在于思想中而不能独立存在的属于唯名论者，与亚里士多德的观点相近，认为共相能独立存在的属于实在论者，与柏拉图的观点相近。对很多人来说，这是一个简单的问题，或者这个问题根本不重要，或者不管答案的是与否都无关紧要，完全不值得为此伤脑筋。但就是这样一个看似不经意间冒出来的问题却在西方人当中争论了大几百年，很多人为此而丢了性命，主要原因是跟他们的基督教信仰有关，在人类的历史上，信仰是关系到彼岸世界和生命意义的大是大非问题，从来不容马虎不得。
在中世纪，对【圣经】的解释权完全掌握在教会手中，不同于教会的观点都会被视为异端，但对于很多过于宽泛在圣经里又语焉不详的问题就会有不同的解释，比如，有些人提出了圣父、圣子、圣灵三个位格是三个不同上帝的「三神论」，这就与教会」三位一体「的解释产生矛盾；一些人认为原罪不来源于亚当的堕落而是来源于人的自由意志；一些人认为圣餐仪式（弥撒）中的饼和酒只具象征意义，并不是基督的真实临在，也不是基督的体和血等等，这些争论归根结底都与唯名论和实在论的争论有着紧密的联系。特别是唯名论的观点甚至威胁到了教会的存在，既然唯名论认为共相是不能独立存在的，教会作为广大教徒的代表和基督教的象征是否具有理所当然的合法性当然就值得怀疑，加上唯名论者往往是维护王权（君王）而实在论者往往是维护教权（教会）的，这就导致了历史上唯名论者往往被教会判为异端并遭到迫害。
亚里士多德提出实体这一范畴是为了说明存在，他把关注的焦点从柏拉图的理念世界转移到了现实世界。形而上学家往往都是三栖动物，他们一般都集科学家、形而上学家和宗教神学家于一身的思想家，他们心中都毫无例外有一个「上帝」，科学很少成为他们的目的，他们的焦点都指向造物主，不管这个造物主是那个最高的本体，还是基督教的上帝，他们把科学研究当成了认识上帝或接近上帝的手段，最终都是为上帝这个终极目的服务的，科学成为证明上帝存在的手段和方法。直到现代，一些大科学家都还是虔诚的基督教徒，因为无所不能的科学一旦遇到人生的意义问题就立马找不到北了，科学并不能担当起回答人生的意义问题这样的重任，哲学问题始终存在。同样，亚里士多德把目光从理念世界转向现实世界，绝不是他就放弃对终极问题的思考了，恰恰相反，他的任务就是要指出柏拉图的理念世界的错误，按照自己的思考进行改造，为人们追求永恒世界寻找另一条更加靠谱的思路和途径。
为此，他创立了「四因说」，他将事物存在的原因归结为质料因、形式因、动力因和目的因，他认为任何事物都是四因的统一，同时，事物的质料和形式又是相对的，对高一级的事物是质料的东西，对低一级的事物则是形式，整个宇宙就形成了一个从质料到形式交替上升的不断变动的序列，每一事物都受到动力因和目的因的驱动向更高一级的形式发展。整个序列的最低端就是没有任何形式的「纯质料」，相当于「非存在」，而整个序列的最顶端就是不再是任何事物质料的「纯形式」，这个「纯形式」是一切事物追求的终极目的，也是推动宇宙运动的「第一动因」，它自身不动却推动万物，不言而喻它被亚里士多德称之为「神」，形而上学的终极目的就是要达致神，他也因此而称形而上学为「神学」，这个神就是世界万物运动的「隐德莱希」。显然，这个世界万物第一因的神毫无疑问就是后来基督教的上帝，这也是亚里士多德的哲学最后被托马斯·阿奎那搬进神殿成为经院哲学的指导思想的最主要原因，同时也透露出亚里士多德内心的秘密，他创立四因说的隐秘目的就是宇宙的目的论观点。
他认为每个事物都有自己的「隐德莱希」，宇宙也有自己的「隐德莱希」。德谟克利特认为构成灵魂的原子随着肉体的死亡而彻底消散，根本不存在不死的灵魂，柏拉图主张灵魂不朽，亚里士多德则认为人既有有死的消极灵魂，它建立在感觉、记忆和经验之上，以外界事物为对象，这部分灵魂将随着身体的死亡而消失，但他认为人还有另一种不死的积极灵魂，只以「纯形式」为思维对象，这部分灵魂是永恒的实体。按照他的说法，人死后还有部分灵魂永恒存在，人的目的就是要成为自由人，哲学是唯一自由的学问，追求不朽的灵魂，而奴隶只是会说话的工具，只具有消极的灵魂。
亚里士多德之后，随着亚历山大帝国的解体直到罗马共和国的兴起，环地中海地区经历了几百年的互相征服和奴役的大动荡时期，古希腊人「小国寡民」的民主城邦时代早已一去不返，古希腊文化也在战火纷争中走向沉寂，在生死无常的现实面前堕入了一个醉生梦死的平庸时代，人们不再关心世界和最高存在这些宏大主题，对典雅的高谈阔论失去了热情，而是潜心于个人幸福和痛苦的解脱，率真而浪漫的气质被阴郁而消沉的气质所取代，死亡问题更加突出和迫切，哲学的兴趣似乎只有一个主题，那就是如何追求灵魂的安宁，做到在一切变故面前「不动心」，在残酷的现实面前，人们不再追求超越死亡，实现永恒，而是如何减少死亡的痛苦，不管是伊壁鸠鲁派、斯多葛学派、怀疑主义还是新柏拉图主义莫不如此。伊壁鸠鲁说：「死亡与我们不相干」。塞涅卡曾说：「一个人如果希望一死，他怎么会恐惧呢？」还说：「只有在死的条件下我们才能够得到生」。西塞罗说：「思考哲学就是为死亡做好准备」。
怀疑主义创始人皮浪（约前360 - 前270）劝导人们面对危险时要做到死到临头还能专心啃食的猪那样不动心。如何面对死亡以及如何过一种符合道德和自然原则的生活是这个时期的时代特征，哲学专注于人生意义的探讨。伊壁鸠鲁认为生命现象只是构成人体的原子的聚合和消散，死亡只是感觉的丧失，死亡和我们没有关系，因为只要我们存在一天，死亡就不会来临，而死亡来临时，我们也不再存在了。其实， 在伊壁鸠鲁那里，死亡并不是如他所说与我们无关，而是他时刻思考和关注的话题，不然他怎会有关于死亡的这种深刻的见解的？他对来世不抱希望，但他并不是个无神论者，他认为神的观念是如此广泛流行，这就证明了神界的存在，但神祗们并不关心人间的事情，他们也都遵循着快乐主义原则沉溺于他们的生活里，所以人们没有理由害怕神，也没必要担心死后会在阴间受苦。他的学说在中世纪被人们视为异端，他成了不信上帝的同义词，但丁在【神曲】中就说道，伊壁鸠鲁学派的人都去到了地狱。
这个时期的斯多葛学派和新柏拉图主义哲学为基督教的诞生做好了充分的思想准备，特别是普罗提诺对柏拉图的理念世界进行改造后，提出了「太一说「和」流溢说「，这一思想充满了神秘色彩，他认为太一就像太阳放射光芒却无损自身的光辉，这就是柏拉图的最高理念，流溢相当于柏拉图的分有和摹仿，太一流溢出「理智」（努斯），理智流溢出「灵魂」，灵魂流溢出肉体及可感世界，这是一条下降之路。还有一条上升之路，即灵魂的回归之路，在理性静观中突然达到灵魂出窍，舍弃肉体而与「太一」处于一种合而为一的、不可名状而又无与伦比的狂喜状态，他称这种状态为「观照」，这种境界是罕见的，只有极少数人能达到。现在我们知道，普罗提诺提到的「观照」状态，在印度教、佛教和道教的实践中经常被提到，与印度教中的「神我同一」，佛教中的涅槃以及道教中的天人合一差不多，属于一种宗教体验。普罗提诺的学说跟基督教的教义所描绘的世界结构几乎是同构的，亚当被赶出伊甸园就是下降之路，而信仰之路就是回归上帝的上升之路。所以早期教父哲学家大都是新柏拉图主义者，可以说新柏拉图主义哲学为基督教教义的解释和完善做出了巨大贡献。
哲学脱胎于多神信仰，经过几百年发展，哲学又回归到了一神教，这既是一种巧合也是一种必然，都源于哲学和宗教都必须直面死亡，它们之间的纠缠和分合是无法避免的，它们是走在不同道路上的同路人，感性的非理性的大都是生命攸关的，而理性的大都是远离生命体验的，归根结底人既是宗教的也是哲学的，既是非理性的也是理性的。苏格拉底临死前还在说着「不经省视的人生不值得一过」，以及「我去死，你们去活，到底谁更好只有神知道」之类的话，还在跟人探讨灵魂不死的问题，在喝下毒芹之前还不忘让人替他归还一只鸡。他把理性原则贯彻到了极致，并用理性战胜死亡，他开创的是理性的哲学事业。耶稣在临死前最后的话却是：「我的神，我的神啊，为什么抛弃我？」理性已荡然无存，生命回到了本真状态，他开创的是生命攸关的宗教事业。苏格拉底和耶稣都在为人类寻找救赎之路，雅典与耶路撒冷本是志同道合的战友，同气连枝的手足，一个属信念的范畴，一个属信仰的范畴，它们都奔向同一个天堂。
人类文明：……………………………………
俄罗斯女画家安娜•拉佐莫斯卡娅人体作品
