妙玉虽然只是一个寄居在拢翠庵里的女尼，却名居金陵十二钗第六位，可见曹雪芹对她的重视。【石头记探佚】中对妙玉的结局作了一些探讨，其大略如次：
一、妙玉是十二钗中与贾宝玉发生情感纠葛的两对金玉（钗、黛、湘、妙）之一。妙玉和宝玉更是一种心灵投契互为知音，在友谊和爱情之间的关系。他们在佚稿中还会有后续故事。
二、宝玉和妙玉在佚稿中的故事也许只是插曲，不会占据太多的篇幅，因为佚稿中的女主角是史湘云。
三、妙玉在贾府败落后离开京城，去了南方，最后流落到瓜洲﹣﹣就是王安石诗"京口瓜洲一水间，钟山只隔数重山。春风又绿江南岸，明月何时照我还"的那个瓜洲。
四、妙玉在瓜洲受到当地恶势力的迫害，最后"终陷淖泥中"而"红颜固不能屈从枯骨"。
这当然只是一个极其粗略的轮廓。其中提到的"瓜洲"，只见于毛国瑶提供的"靖藏本"批语，而"靖藏本"的"迷失"是一桩学术公案，相当多的研究者认为此本根本不曾存在过。笔者的推考则假定"靖藏本"批语并非伪造，这只能说见仁见智了。
比较有争议的另一个问题，是"册子"上"画着一块美玉，落在泥垢之中"和【世难容】曲子所谓"无瑕白玉遭泥陷"到底是什么意思？是不是暗示在佚稿中妙玉沦落到烟花窟当了妓女？一种意见是肯定的。
根据当然就是对上述的"册子"判词和【世难容】所作理解，认为"泥垢"就是指风月场所。此外，在【好了歌解注】中有一句"择膏粱，谁承望流落在烟花巷"，一般认为是影射贾巧姐结局，但是不是也在说妙玉呢？
程鹏在【"世难容"-﹣妙玉性格散论】(【红楼梦研究集刊】第四辑）中这样推测："妙玉可能碰上了像第四回中拐卖英莲的拐子那类人物。这类人物往来于社会下层的各个最黑暗的角落，猥琐异常又残忍无比。孤儿弱女若落入他们手中，那真绝望而可怕。"
"这样看来，妙玉后来的命运，无非有两种可能：一是，至'瓜洲渡口'后，被强迫还俗，转卖至烟花巷中，惨遭蹂躏。二是，被拐骗于当时满布江南的那种名为尼姑庵，实为变相妓院的污秽处所。表面上仍然'带发修行'，实际上已成为备受欺凌的变相妓女。
若从'云空未必空'的判词推断，后一种可能性似乎更大，对社会的虚伪、黑暗也揭露得更深刻有力！"胡邦炜在【妙玉结局浅探】(【中国古典小说研究论集】）一文中表示赞同程鹏的意见："只有这样的结局，也才符合'到头
依旧是风尘肮脏违心愿。好一似，无瑕白玉遭泥陷'"
他又补充说："只能是妙玉陷人淖泥、流落风尘之后，在江南某一变相尼庵妙玉如何"遭泥陷"（很可能就在瓜洲渡口），与已经'悬崖撒手'、出家为僧的贾宝玉重逢。这一僧一尼的两位故人，在他们离别大观园之后，都已饱经人生的忧患，历尽人世的沧桑，并且在心灵中刻下了累累伤痕。这样的聚首真是别有一番滋味在心头啊！"
这样一些推测也是一家之言。联系到前八十回宝玉和妙玉藕断丝连的感情纠葛；"拢翠庵"和"怡红院"的有意对应（脂批系统的本子里有"拢翠"和"栊翠"两种写法，周汝昌认为"拢翠"对仗"怡红"，是曹雪芹原笔）；梅花对妙玉的微妙象征；贾宝玉品茶拢翠庵；访妙玉乞红梅；妙玉给宝玉生日贺帖……八十回后宝玉和妙玉"一僧一尼"的感情悲剧确实可以独出心裁，意蕴悠远。
