南朝與北朝一樣，也出現了佛、道之間的激烈鬥爭。在這個時期，雖然道教有了很大的發展，但是，佛教的發展是更甚於道教。相對於北朝相較而言，南朝的佛、道之爭，只是義理上的爭辯，沒有訴諸武力。
交鋒
劉宋文帝元嘉九年（432年），何承天出【報應問】，批評佛教因果報應說，儒、道同佛教之間的理論鬥爭展開。劉宋周颙著【三宗論】泛涉百家， 周颙善兼【老】【易】，長於佛理，他認為佛教的思想是比道家更嚴密一些。
劉宋末年，道士顧歡發表【夷夏論】，詳論佛、道二教同異優劣。顧歡詳論佛、道二教之同與異，從而論證兩家的是與非、優與劣，強調二教之異。他以老子化胡論為基礎的，即認為佛、道都是老子所創，佛教是由道教衍生的。這個觀點，自漢魏之際就存在，當時佛教剛傳入不久，未出現佛教徒反對。時至南北朝，佛教已興盛起來，於是遭到了佛教徒的反對。顧歡又以中國傳統的夏尊夷卑思想為據，貶佛教為戎法，褒道教為聖教，表現出強烈的排佛思想。同時，還指出了佛教的某些思想與中國的禮教不相容處。於是，許多佛教徒紛紛撰文駁斥【夷夏論】，其中就有劉宋僧紹著【正二教論】反駁道教對於佛教的發難。
南齊初，張融作【門律】，以說明佛、道本無二致。寄給周颙等人，結果又引起了張融與周颙間的一場爭論。周颙不同意張融的觀點，作【難張長史門論】。隨後二人又相互辯駁。
激烈
南齊道士托張融之名作【三破論】，斥佛教入國破國，入家破家，入身破身。認為佛教破壞了家庭倫常關系。而且還使用了侮辱性的言詞，使佛、道間的鬥爭更為激烈。佛教徒和信仰者們撰文加以反駁。至此，已經不是理智的論辯了，已經摻雜了個人情感，與前一時期【夷夏論】之辯已不是一回事了。
佛教徒對此進行了反擊，撰寫【正誣論】、【清靜法行經】，針鋒相對，認為孔、老都是佛祖的學生，佛教比道教更早，因此應以佛教為正統。
又有劉勰作【滅惑論】、僧順著【釋三破論】對道教的攻擊進行反駁。【滅惑論】將道教分為三部份，太上老子之教、神仙道術、張陵、葛洪的教法。劉勰認為老子不講三世、智慧，神仙道術並不能讓人們擺脫苦惱生死；張、葛教法愚惑民眾，不能解脫眾生。
佛教為了獲得統治者的支持，指責道教「挾道作亂」、以「左道惑眾」。釋玄光以張角、張魯、孫恩為例，斥道教為「兇逆」、「群妖」。劉勰亦說：「事合氓庶，故比屋歸宗。是以張角、李弘，毒流漢季；盧循、孫恩，亂盈晉末。余波所被，實蕃有徒。」這一點，也被後來的佛教徒抓住不放，作為攻擊道教的重要證據。
調和
在佛、道二教激烈鬥爭的同時，也有人持調和論。陶弘景就認為：「夫永珍森羅，不離兩儀之育；百法紛湊，無越三教之境。」 「崇教惟善，法無偏執。」
篤信佛教的蕭子良也說：「真俗之教，其致一耳。」
孟景翼，也曾與竟陵王和僧人們辯佛、道是非，著【正一論】以調和佛、道矛盾。
陶弘景就認為：「夫永珍森羅，不離兩儀之育；百法紛湊，無越三教之境。」正因如此，故至陳、梁以後，佛、道二教鬥爭的激烈程度大大下降，除個別人之間的小爭論外，再未出現過如齊代【夷夏論】那樣的大論爭。二教之間相互吸取、融合卻有了加強。不僅佛教的因果報應、三世輪回、地獄天堂等思想被道教大量吸收，道教的一些思想也被佛教吸取，如被佛教天台宗尊為第三祖的陳代僧人慧思，他就在其所著【誓願文】中吸取了道教的神仙思想。
504年 蕭梁武帝天監三年。梁武帝棄道奉佛，宣布「惟佛一道是正道」。
