1949年12月9日，閻錫山從成都乘坐國民黨最後一架飛機逃向台灣時，關於他不顧飛機超重，同僚安危，拼命朝飛機上塞黃金的說法，一直在坊間流傳。
學者出身的杭立武晚年在接受采訪時，曾講述過那一天的情景——
「（民國）38年12月9日，我隨行政院長閻錫山在成都新津機場乘最後一架飛機撤退來台 ，同機尚有政務委員陳立夫、行政院副院長朱家驊、秘書長賈景德等到人。記得那日，我趕到機場上登機時，見閻錫山坐在一口箱子上，身體搖搖晃晃的，神情若有所思。朱、陳兩人對我說：‘我們的生命全操在他坐的那兩口箱子上。’原來，這兩口箱子裏裝的全是黃金，重量超重，對飛機安全構成威脅。陳、朱兩人認為我和閻百川的交情比較好，要我說服閻，不要帶黃金走。我想，這是不可能的事，閻攜帶這些黃金，並不是為了他個人，而是為了山西人的生活著想。我於是向陳、朱二位建議，勸閻放棄這些黃金，而由我與陳、朱三人簽字保證，於抵達台北後，請蔣先生補償他同額的黃金。陳、朱認為做不到。」
在杭立武的講述中，閻錫山逃向台灣時，隨身攜帶了兩箱黃金，但陳立夫在其回憶錄中卻是另一種說法——
「我奉命陪閻院長飛台，同行者有朱家驊等數人，晚間出發飛經大陸去台。不料飛抵四川與湖北交界處，遇到寒流，飛機兩翼結成厚冰，往下墜落七百余尺，不能前飛，仍回成都。是時飛機師將情形宣布，余見城市電燈明亮，疑為漢口，在手提箱中取出手槍準備自戕。聽報告後，始知返回成都，一場虛驚始得過去。後來方知飛機上滿載金條數十箱，為閻院長所帶行李之一部份，昨夜墜落原因，為所載超重有關。次日再飛，飛機師告我，最好飛機不超重，以免發生危險。我乃商諸閻院長，閻寧可減少衛士數人，而金條非帶不可，幸一路平安飛抵台灣。後來知道隨閻從山西出來之人不少，均靠閻接濟，故金條對閻確是十分重要，唯我等之生命，幾因此而遇險，不亦冤乎！」
白紙黑字，杭立武所說的兩箱黃金，到了陳立夫這裏就變成了十箱。但陳立夫的回憶，除了這一點，其實還是給閻錫山留了情面的，當天的具體情景，他只是寥寥數語，點到為止，但那一天同機的朱家驊等人就沒有那麽含蓄了。
在朱家驊等人的回憶裏，陳立夫聽了飛行員的報告，曾與閻錫山商量，希望他少帶些東西，比如那些金貨，此時系非常時刻，人命比金條值錢。
閻錫山聽了，很不高興地說：「我的財產在山西帶不出來，現在就剩這點積蓄，跟隨的家人、傭人，還有已到台灣的親戚，過去的老部屬，將來都要靠這些東西生活，丟不得，萬萬丟不得！」
陳立夫、朱家驊等人聽了閻錫山的「大實話」，私下裏不以為然地說，閻老西盡說假話。
原來陳立夫、朱家驊等人都知道，早在4月份，山西省駐京辦事處從南京搬到上海南京西路靜安新村4號時，閻錫山就叫內弟徐士珙從上海偷偷運了大批金銀到台北市懷寧街34號，然後由徐士珙以做生意為由轉運去了日本。
cc系分子、山西去台人員苗培成等人得知此事後，特地利用閻錫山6月8日赴台奔喪之機（閻母陳秀卿先期來台，不久病故），跑到懷寧街34號，要求閻錫山將錢財分一些給他們。
閻錫山不同意，他聲稱帶出來的這些錢系山西人民的，以後還要帶回山西，歸還山西人民，現在不能分。
苗培成等人認為閻錫山純屬胡扯，他們在台灣大罵，你是山西人，我們也同樣是山西人。你可以帶回山西，我們還不是可以帶！
為了搞閻錫山手裏的金條，之後苗培成帶著一幫人，在台北街頭散發傳單，歷數閻錫山在山西橫征暴斂、盤剝人民、中飽私囊的事實，並揚言閻錫山如不滿足他們的合理要求，他們還要在報上公開揭露。
苗培成的叛逆舉動，讓閻錫山及其親信感到頭痛，待雙方鬧到不可開交，幾至發生沖突時，閻錫山迫不得已只好拿出數十根金條，最終才將這一場風波平息下去。
因為對此事的內幕很清楚，見閻錫山大言不慚地說假話，陳立夫就有些不客氣了。他對閻錫山說，你現在是政府首腦，台灣那邊急著等我們過去。為了政府公務人員的安全，你必須舍小求大，將飛機上的物資卸下一部份。
閻錫山聽了，仍舊半天不作聲。
這時，陳立夫又說，總裁催著我們早點過去，再不能拖延。如不把東西卸一部份下來，那就減少隨行人員，二者必居其一。此事很緊急，而且今天要走，要趕緊定一下。
閻錫山無奈，最後決定將金銀及幾個重要親信都帶上，衛士和醫官、廚師等統統留下，坐另外的飛機前往台灣。
在閻錫山那裏，此時此地，此情此景，同僚指責他愛財如命，他的內心大概是不能接受的。不顧同僚、部下死活，執意要帶走那些黃金，他想到的其實不是延續昔日的榮華富貴，而是來台後能夠繼續經營自己一畝三分地的安穩。
然而，看閻錫山最後的人生歲月，你會感慨一句，再多的黃金也無法驅走他幽居菁山的落寞與孤寂。又或者說，再多的黃金，也無法讓他放下骨子裏的尊嚴與執拗。
閻錫山頂著行政院長兼國防部長的頭銜，抵達台灣後，僅僅過了幾個月，他所享有的風光就讓蔣介石收繳去了。
1950年元旦剛過，蔣介石便將閻錫山叫到辦公室，說是與他商量行政院改組人選，其實就是通知他應該換掉哪些人。閻錫山看了看蔣介石遞過來的名單，不光谷正綱、顧祝同等蔣的嫡系人馬替代了他的人，就連他本人兼任的國防部長一職，也換成了徐永昌。
這次人員變動，引起了國民黨各方人士的不滿。一天，閻錫山剛剛吃過晚飯，正在院子裏散步，一幫四川籍立法委員便傳進來，氣憤地質問，這次改組，為什麽四川這麽一個大省，八年抗戰作出了那麽大的貢獻，竟然無一人入閣？
閻錫山只有苦笑，無法多言。
他知道，政治對他而言，只剩下了識時務。
1950年3月1日，蔣介石在台北舉行「復行視事」典禮。儀式結束後，閻錫山頗為知趣地主動提出要辭去行政院長。蔣介石連假客氣都省去了，五天後，陳誠即取代了他。
離職之時，行政院的部屬們為閻錫山舉行了一個小型茶話會。有人將老子【道德經】中的兩句話「絕聖棄知，大盜乃止」送給他。
這時，閻錫山意味深長地說了這麽一段話：「無珠寶而不爭珠寶，不是不爭，是無所爭；有珠寶而不爭，是自己心上無珠寶，才足不奇。人不汙辱你，你不和人爭，不是不爭，是無爭；人汙辱你，你不和人爭，才是不爭。」
幡然醒悟，與世無爭！
從此，67歲的閻錫山決心去做有閻氏特色的「陶淵明」。
卸任之後，最初的一段時間，閻錫山領著每月五萬元的經費，住在台北農安街的一處小院子裏。這個院子，院墻低矮，房屋老舊，一派破敗之氣。與他同來的四十多名山西籍侍從、秘書、司機、夥夫都為老長官憤憤不平。
目睹此情此景，閻錫山只是哀嘆自嘲一聲：「這不奇怪！東山的土地爺，到了西山就不靈了。」
在農安街深居簡出的那段日子裏，閻錫山的身邊沒有一個親人，母親病故了，二夫人病故了，兒孫與他並不親近，都去了美國，剩下孤零零一個原配夫人也住在別處，但在淒涼的晚景中，閻錫山並不哀怨，他把自己關在屋裏，只一味地著書立說。
半年後，閻老夫子嫌台北太嘈雜喧囂，沒幾日，他幹脆帶著機要秘書原馥庭以及四十名忠心耿耿的侍從前往陽明山，找一個清凈的地方，徹底地隱居了起來。
閻錫山找的這個清凈地方，是陽明山一個幾近廢棄的小農場，農場裏只有幾棟日式平房，沒有電話，沒有電燈，也沒有自來水。
據說，住進這個小農場的第二天半夜裏，一場暴風雨就將房頂的石棉瓦刮掉了不少。侍從們見狀，只能雙手舉起毯子，為老夫子遮風擋雨。
雨過天晴之後，侍從們都勸他，還是搬回台北市區為好。
但閻錫山卻沒有這個打算，他對侍從們說，我要在這裏造幾所山西老家的窯洞。
就這樣，菁山草廬裏生出了「種能洞」。
「種能洞」這個怪名字是閻錫山親自取的，意思是他要以種能觀察宇宙，境界不是一般的玄虛，讓人費解。
蔣介石得知此等事後，曾專程前來拜訪過閻錫山，並為他裝了一部軍線電話。
蔣介石能來看一看，閻錫山還是倍感欣慰的，因為除了他，只有陳誠禮節性地來過一次，除此之外，再無一位國民黨政要上過山，看過他。
世人遺忘了這位昔日的「山西王」，但他自己始終沒有遺忘過去的榮耀。在陽明山上，他每天晚上依舊召集部屬們開會，雖然沒有軍政大事商議了，但他還有許多心得、感悟要講。這是他獨特的著書立說的方式，他從不動筆自己寫，只口述，讓機要秘書記錄潤色，然後積累成書。
除了以這樣的方式著書立說，閻錫山每天必做的還有一事，開墾荒地，養雞鴨豬牛，種橘子，種松樹。
為此，他經常勸導最後剩下的那四十名部屬：「心安茅房穩，性定菜根香。只要心安性定，一切苦難，皆能甘之如飴。」
然而，在那四十名部屬看來，隨著時間的推移，陽明山上的日子卻是一天比一天苦，更要命的是，那還是一種毫無希望的煎熬。
閻錫山最後一名侍從，也是他後來的守墓人張日明後來回憶說，那時行政院按月撥給老長官的五萬塊錢，如果單單用來供這幾十口人糊口，自然是綽綽有余，可他還必須承擔這幾十口人的薪水。在菁山占有的這片土地，也是老長官以私人名義向台北市金礦局租的，每年要付不菲的租金，修房蓋屋，開荒種地的一切花銷，也都一包在內，日久天長，老長官自然是捉襟見肘，入不敷出。
為了負擔這幫部屬與他們家眷的生計，後來老長官掏出老底，讓侍從們創辦了台興印刷廠和興中百貨行。可這些玩槍使刀之人會辦什麽廠，經什麽商？結果辦一家垮一家，全都虧得血本無歸。
有人問，閻錫山從成都飛往台北的時候，往「美齡」號上裝了十幾口沈甸甸的大木箱，裏面全是金子，這些錢呢？
張日明聽了，很是不以為然。他說，這種說法多了，台灣也有，說閻錫山過世前立下遺囑，死後把他保存的黃金全部份給來台的山西人，成人一兩，兒童五錢。說得有鼻子有眼。不過，我敢保證，這些都是十八扯。你想想，他會讓我們這些多年跟隨他出生入死的老部下苦著，把黃金送給他認都不認識的山西老鄉？後來為啥人都快跑光了？哎，就是連薪水都發不起了嘛！
張日明說，上菁山不到三年，上山時的四十人，只剩下不到十人。連當初從太原死人堆裏爬出來，輾轉數千裏重新回到老長官身邊的王延華，也終於有一天離開了他。就連機要秘書原馥庭，也差一點走掉了。那時候，他是老長官唯一的精神依靠，我記得老先生知道他要走，就把他叫來，過了很久，老先生雙手捂膝，身子往前一傾，用一種很蒼老的聲音緩緩地說，他們誰都可以走，你——不要離開我。聽到這話，原馥庭感到鼻子發酸，就這麽一句話，徹底打消了他離開的念頭。
那時候，我就想，老長官哪裏有什麽金子，他有的只是滄桑、可憐。在菁山十年，他沒有看過一場電影，也沒有到台北去看過一場戲劇。他每天都在寫書，那垂垂老矣的倔強樣子，想起來就想流淚。
原馥庭也曾回憶說，老先生是曾經滄海難為水，他這一生什麽沒經歷過？什麽沒見過？可到了暮年，心裏沒有風景，見山不是山，見水不是水，只有以寫書為唯一的精神寄托，日久天長，走火入魔，就變得食而不知其味了。
講到食而不知其味，原馥庭說有件事他始終記得，每次想起，都感到難過——
有一天傍晚，他看見張副官將他的晚餐端上來放在桌子上，然後站起身準備走掉。
老先生說，你不忙走，我還有話要對你講。
他一邊吃飯，一邊和我說話，筷子挾起來往嘴裏塞的時候，突然他驚奇地對張日明說，你怎麽給我兩根面啊？
我笑著告訴他，會長，面條在下面，你挾的是上面的豆芽。
你們想想，食而不知其味，就到了這樣的地步。
1960年5月20日這一天，蔣介石在中山堂舉行慶祝他就任「總統」12周年紀念大會。已經78歲的閻錫山接到了邀請，他自知和蔣介石見面的機會不會太多了，於是決定下山。可是因為重感冒加上氣喘，他雙腿無力，臥床不起，無法前往，一著急，第二天病情就加重了。
張日明說，榮總醫院的救護車開來時，老長官已經挪不動步了，我和原秘書一人架一只手，把他攙扶到平時曬太陽的竹椅上，四個人八只手，連椅子帶人把他擡上車。
救護車出了山溝以後，老長官的臉色已經烏了，再往前走了不到五分鐘，老長官大睜著眼，長長地吐了一口氣，就過去了。
張日明說，走得快，走得突然。這樣其實最好，大壽善終，算得完滿的結局。
閻錫山有個怪癖，從五十歲起，他每年元旦早晨就要口述遺囑。他的最後一份口授遺囑，是這樣講的——
1、一切宜簡不宜奢；
2、收挽聯不收挽幛；
3、靈前供無花之花木；
4、出殯以早為好；
5、不要放聲而哭；
6、墓碑刻他的思想日記第一百段及第一百二十八段；
7、七日之內，每日早晚各讀他選作之【補心錄】一遍。
閻錫山還自作了挽聯數副，囑咐部屬在他死後，貼在指定位置。
貼在靈前的是：「避避避，斷斷斷，化化化，是三步功夫；勉勉勉，續續續，通通通，為一等事功。」橫批：「朽瞋化欲」。
閻錫山病逝後，他的墓地就選在他生前居住的菁山草廬後面。下葬時， 原馥庭、張日明等幾位最忠誠的部屬挑了兩樣東西隨老長官下葬：一支是他平時記東西用的鋼筆，非常普通；另一件是一把剪刀，那是他生前一個人閑著想事情的時候，拿來剪胡子用的。
對於閻錫山的評價，蔣介石最後送了一塊 "耆勛"的匾額。
李敖後來也評價過閻錫山，他說在現代社會裏，我們再也看不到閻錫山這麽有特色的人了，不管他是好人還是壞人······
