竇軌是早期響應李淵起兵的幾個親戚之一，唐軍剛過黃河，竇軌集召了千余人在黃河以西迎接李淵，李淵得知小舅子來「捧場」後非常高興，還來了個「降席握手」高規格禮儀，並命令竇軌「掠地渭南」。竇軌也不負所望率先攻下隋朝著名大糧倉「永豐倉」作為見面禮，這讓李淵從此無糧草之憂。
嶄露頭角
李淵占領長安後，竇軌被封贊皇縣公，但此時的竇軌有些居功自傲，在配合李世民西征薛舉的途中輕敵冒進被叛軍擊敗；失敗後的竇軌沒有失去信心，在接下來的一戰徹底暴露出他帶兵殘酷的一面。義寧二年，五萬匈奴兵進犯宜春，李淵再次起用竇軌；兩軍在黃欽山相遇，初戰不利，竇軌大怒連殺十四名部將，並下令「聞鼓聲有不進者，自後斬之」，這次匈奴人無法阻擋唐軍的進攻，竇軌一戰殲敵千余，虜獲男女二萬多口。這一戰給剛剛占領長安的大唐軍隊吃了一顆定心丸。
征拜大行台
李淵稱帝後，竇軌跟隨李世民西平薛舉有功，官拜酂國公；此時的大唐雖然占領隋朝首都，但唐軍勢力僅限於黃河以西、南至秦嶺一帶，大唐的東部有王世充、竇建德，南有蕭冼，北邊突厥、吐谷渾；為了鞏固中央集權，李淵在各地設立行台制度，作為戰時指揮中心，其中最著名的主要有兩個，分別陜東道大行台和益州道大行台，從全國地理位置上來看，兩大行台恰似兩只手臂，拱衛首都長安。
陜東道大行台主要負責經營黃河以東，以李世民為主，集合大唐主要兵力，東征王世充和竇建德，從而達到統一中原的戰略目標；而益州道大行台目標也很明確，那就是鞏固長安大後方，給唐軍提供充足的兵馬錢糧，戰略上向北抵禦突厥、吐谷渾，向南穩定巴蜀、剿滅獠人等。
從武德三年開始，竇軌就任益州道大行台尚書左仆射，當時大唐主要精力放在東征上，竇軌被賦以便宜從事的特權，全權處理益州大行台軍政事宜，可以說大唐的後背全部由竇軌負責。
四處征戰
從竇軌開始執政益州，一直到貞觀初，他實作了李淵的戰略目標，其主要戰功如下：
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武德四年，隨李世民平定王世充、竇建德；
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武德五年，吐谷渾進犯岷州(今甘肅岷縣)，竇軌奉命救援；
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武德七年，始州(今四川劍閣)獠人叛亂，竇軌再次奉命討伐。
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武德七年，黨項人聯合吐谷渾進犯松州(今四川松潘)，竇軌奉命聯合扶州刺史蔣善合分兩路擊退敵人。
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武德七年，竇軌轉戰陜西，擊敗方山反叛的獠人，俘虜二萬多人；
從地圖上可以看到，竇軌的作戰半徑非常之廣，向南震懾四川少數民族、北上甘肅抵禦突厥等遊牧敵人、東擊陜西獠人，真正實作了拱衛首都的戰略目標；可以說在李世民父子精心經略天下時，竇軌的默默守護讓他們免除了後顧之憂。
治軍殘酷
從竇軌職業生涯來看，他是大唐早期不可多得的能獨擋一面的將領，與秦王府諸將相比竇軌可謂文武兼備，秦王府諸將包括後來榮登淩煙閣的，他們只不過是沖鋒陷陣圍繞在李世民身邊爭些「匹夫之勇」，相反竇軌的大行台左仆射的職務不僅要負責軍事還要兼顧地方行政管理，一面鎮壓反獠一面穩定剛剛建立的政權，雖然史書沒有詳細記錄，但從武德三年到九年，竇軌任務絕非僅僅是帶兵打仗這麽簡單。
竇軌鎮守四川其間，殺伐頗重，據【舊唐書】記載，整個四川的土匪都被他殺光了；對於部下他無貴賤親疏之分，不管是誰違背他的命令，動輒就要砍頭；有一次竇軌回京被李淵臭罵：「公之入蜀，車騎、驃騎從者二十人，為公所斬略盡，我隴種車騎，未足給公」。很明顯對於竇軌的嚴酷，李淵也非常氣憤，跟隨他入蜀的二十多隴右驍將基本都被他殺光了，李淵能不心疼嗎。但即便這樣李淵也只是形式上的關了竇軌幾天，不久又回行台復職。
俗話說「治亂世當用重典」，竇軌雖然殺伐過重，但不得不說治理地方非常有效；貞觀二年，鎮守東都洛陽的大將屈突通病逝，李世民為穩定局勢，調時任四川大都督竇軌赴洛陽就任，據史書記載，洛陽因連年戰爭，多數百姓不務農業，竇軌上任後仍采取以往的手段治理，下令凡是各縣有遊手好閑的人一律抓起來，沒過多久洛陽人民都怕了這個新任大都督，一個個下地幹活去了，洛陽風化由此改觀。
有人說竇軌因為好殺錯失淩煙閣，試想淩煙閣裏有幾人不是雙手沾滿鮮血的，屈突通還築過京觀、侯君集征高昌時還縱兵搶掠，他們哪一個不是殺人如麻，論對大唐的功勞竇軌絕不輸淩煙閣裏的幾位將領。了解隋唐英雄的都知道，像秦瓊、程知節等人他們不過是秦王帳下的幾員大將，沖鋒陷陣可以，獨當一面、鎮守一方的卻沒幾個；像竇軌這樣的人才，幾員大將都換不來的，因此沒有必要用淩煙閣來評價能力的大小，況且淩煙閣本身也帶有一定的政治色彩。
