在混沌初始之际，上古大神盘古以惊世骇俗的开天辟地之力，造就了浩渺无垠的洪荒世界。就在这神秘莫测的天地之间，通天教主开启了灵智。此后，他幸运地被大道化身的鸿钧老祖收为三弟子，与太上、元始两位师兄一道踏上了学道习法的漫长征程。悠悠万载过去，通天教主修成不灭金仙之体，成就斐然。
通天教主
然而，通天教主与太上、元始两位师兄在传道理念上分歧巨大。太上和元始认定只有人族才有资格传承道法，而通天教主却坚信大道之下、苍生平等，无论是皮毛麟角之辈，还是湿生卵化之徒，只要一心向道，都应得到相同的教导与指引。正因如此，三人分道扬镳。太上于八景宫创立人道教，元始在玉虚宫创立阐教，通天教主则在仙域真境设立道场碧游宫，创立截教。
碧游宫
万载之后，昊天上帝开辟天宫，着手构建三界秩序。他责令元始座下的十二金仙俯首称臣，并要求三百六十五位正神掌管三界。为使门人摆脱天庭之困，元始召集通天教主、太上、大地之母女娲等洪荒大圣一同商议对策。最终，三教在碧游宫共同签押封神榜，由大师兄统领三教，在人界掀起兴周灭商之战，以顺应天数。
通天教主起初无意参与封神之事，将碧游宫与尘世隔绝，还写下对联告诫门下弟子切勿涉足。但诸多门人在申公豹的蛊惑下，纷纷出山参与封神之战。先是圣人陆压咒杀了赵公明，接着太上和元始亲自出手灭掉三霄。玉虚宫门人广成子打死徒孙火灵后，竟跑到碧游宫羞辱截教。愤怒的通天教主摆下诛仙、万仙二阵，欲与众人一决雌雄。可太上、元始自知难以抗衡，便联合西方二圣准提和接引道人合力破阵。更令人痛心疾首的是，通天教主座下弟子长耳定光仙叛变，带着阵眼法宝六魂幡投靠了阐教一方。最终，通天教主无奈败北。
通天教主本欲毁去此界，再立地水火风重塑混沌，幸被师尊及时阻拦，并告知此乃天道，不可违背。后来，师尊命师兄弟三人服下混沌之气所化之药丸，严令若谁再有祸害三界的念头，便会神魂俱灭、灰飞烟灭。
封神大战落幕，通天教主门下应劫之人被封为各路正神，还有百名弟子被西方二圣引至西方教。其众多出色的徒弟，如上四代弟子中的多宝道人被老子捉拿带往西方，金灵圣母、无当圣母、龟灵圣母在万仙阵大战中命运各异；随侍七仙除金箍仙下落不明，其余六仙均被西方教收服；三霄仙子摆下「九曲黄河阵」，却被老子和元始天尊联手击杀；赵公明受闻仲邀请下山助商伐周，后被散仙陆压用钉头七箭书暗害身亡；十天君摆下十绝阵，先后死于阐教弟子以及陆压等人之手；石矶娘娘因座下弟子被哪吒打死，欲找哪吒报仇不成，被太乙真人所杀。此外，还有九曜星官、二十八宿等徒子徒孙，随通天教主下山，尽丧于万仙阵内。而通天教主最终与二位师兄一起被奉为三清祖师，道号上清圣地通天教祖灵宝天尊。
