1955年2月11日，经过深思熟虑后，党中央决定将当时的全国六个大军区（东北、华北、西北、华东、中南、西南）增加至十二个大军区，即沈阳军区、北京军区、济南军区、南京军区、广州军区、武汉军区、成都军区、昆明军区、兰州军区、新疆军区、内蒙古军区、西藏军区。
不久后，王新亭将军也接到了上级通知，他将担任济南军区的代理司令员兼政治委员。原来担任这个职务的杨得志将军被调到了南京军事学院学习，所以军区的政治委员由山东省委书记舒同同志兼任。
王新亭将军接获调令后，立即着手处理手头工作，并于6月29日抵达济南军区上任。在任职期间，他主抓军事方面的工作，特别是在强化海防问题上投入了大量精力。
为了完成这项艰巨任务，他多次带领军区领导班子四处进行实地考察，特别是对山东半岛进行深入研究。 在此次考察中，王新亭将军重点关注了山东半岛的沿海防御重点，并简要察看了纵深内的地形。
他还积极与各地守备部队的首长交流，了解情况。经过一段时间的调研后，他对济南军区的情况有了基本了解。因此，他决定以守备区为单位开会，进行全面而系统的研究。
在解决了这个问题后，王新亭将军认识到，加强部队自身建设，使部队指战员能够迅速适应现代海防作战的需求至关重要。
因此，他将狠抓军事训练作为工作重点。根据国防部和训练总监部的指示，他多次组织军事演习，查缺补漏，不断提升部队战斗力。
经过一段时间的艰苦训练，军区部队取得了显著成果，尤其是技术训练方面更是成绩斐然，成功改变了之前落后的情况。
王新亭在济南军区的工作成果备受中央军委领导的高度赞誉。在1956年9月的党的第八次全国代表大会上，王新亭将军作为军队代表团的成员受邀参加。
在会议过程中，让他最印象深刻的便是讨论中央委员候选人名单的环节。当时，王新亭将军也被军队代表团提名为八大中央委员候选人。
然而，在第一次预选后，党中央提出要将军队让出两个名额支援地方，让地方上的老同志多选上两名。这就意味着这两个名额需要从军队代表团的候选人名单中去掉。
这无疑让军队代表团的领导们感到头疼。然而，王新亭将军在得知这个消息后，主动找到负责人并表示：「去掉我的名字，让其他老同志当选！
」听到王新亭将军的决定，负责人再次确认道：「你想好了？不后悔？」王新亭将军坚定地回答：「不后悔！」
「不要只听理论，还要行动起来，否则这些敌人就无法被消灭了……」
收到毛主席的这番话后，大家全都笑得前俯后仰。1958年2月，王新亭将军收到了组织上的通知，决定调到北京高等军事学院速成系进行学习。
听到这个消息后，王新亭将军内心无比喜悦，他也想借此机会好好学习一段时间。王新亭将军所在的速成系，学院的学员都是少将以上的高级指挥员，大家对这次学习机会都非常重视，把它当作掌握现代军事、政治理论和先进军事技术的钥匙。
在这种背景下，王新亭将军等人学习非常刻苦，对教员也非常尊重。尽管王新亭在学校中只学习了10个月左右的时间，但对他来说却受益匪浅。
1958年年底，王新亭将军接到了组织上的调令，前往刚刚组建的军事科学院担任新的职务。来到新的工作岗位，王新亭依旧保持着谦虚低调的性格，经过一段时间的了解后，便能够将各项工作处理得井井有条。
在这个工作岗位上，也磨炼了王新亭将军的工作能力，他多次表示：「在叶剑英元帅的领导下，我学习到了很多……」
王新亭将军的出色表现引起了党中央领导人的关注，经过反复讨论后，他们决定将他调到总参谋部工作。王新亭将军在副总参谋长的职位上工作了九年，期间经历了很多挑战，但他始终坚持自己的原则，保持本心，得到了很多老同志的赞赏。
1972年11月，经过中央领导的批准，王新亭将军回到了军事科学院工作。当他见到叶帅时，他说：「我在总参工作了九年，虽然有错误和缺点，但我的思想没有改变。
」叶帅听后点了点头，笑着说：「王新亭同志，我们都知道每个人都有缺点和错误，你的表现我们也都看到了。」
王新亭在听完叶剑英元帅的话后，深深地点了点头，之后他全身心地投入到工作中，直到退休。
