清朝定都北京后，其统一中国的事业依然面临着艰难复杂的形势。李自成、张献忠的农民军还占据着陕西、河南、四川、甘肃的大片地区，长江以南的明朝残余势力还不愿服从清朝的统治，除了联合内蒙古和归附的汉族地主势力进行军事征讨外，清朝的一个重大任务就是稳住蒙古喀尔喀、卫拉特各部，保障后方的安定。因此，清朝十分重视在蒙古各部有深刻影响的藏传佛教格鲁派，努力争取格鲁派首领达赖喇嘛的支持。顺治皇帝刚刚即位，就对五世达赖喇嘛发出了进京的邀请。但是从当时清朝和甘丹颇章政权都建立不久的形势看，双方都有许多紧急事务需要办理，因此这时的邀请还只能是建立进一步的关系的良好意愿，还不能立即付诸实行。不过以后几年中双方使者来往不断，达赖喇嘛在给清朝皇帝的信中按清朝皇室旧称「满洲」的谐音「文殊」称顺治皇帝为「嘉央贡玛杰波’即文殊皇帝。
1647年五世达赖喇嘛在给顺治皇帝写信献礼的同时还给当时掌握清朝实权的睿亲王多尔衮写了信。到了1648年夏天，清军已占领长江中下游广大地区，反清势力分散于东南、西南，已不能对清朝构成根本的威胁，邀请达赖喇嘛的事情又再次提上了日程。当年5月，清朝派遣以席喇布格隆为首的使者进藏，敦请达赖喇嘛动身，在给五世达赖喇嘛的敕谕中说:「古来佛法无边，教化众生，贵于行善，安居乐业。为此敦请高僧喇嘛来京，祈祷永久幸福，指导直理之路，是为至盼。」同时还给固始汗、四世班禅各下一道敕谕，要固始汗和四世班禅劝说达赖喇嘛动身进京。11月底席喇布格隆等到了拉萨，五世达赖喇嘛和固始汗经过慎重考虑，1649年正月初三在布达拉宫会见席喇布格隆时，五世达赖喇嘛表示为了不违背皇帝的圣旨，答应进京，并说将于龙年(1652)夏天动身。还写了一封回信，说明因为汉地辽阔，人口众多，担心传染上天花和热病，所以进京后不能久留，派噶居喜饶等携带方物随清朝使者到北京奏报顺治皇帝。
1650年年底，清朝的摄政王多尔衮突然病逝，顺治皇帝亲政，由郑亲王济尔哈朗辅政，清朝加紧了邀请五世达赖喇嘛进京的事务。1651年初，清朝又派色钦温波等进藏敦请动身。7月色钦温波等到达拉萨传达圣旨后，达赖喇嘛和固始汗通过第巴索南饶丹向西藏各地僧俗通告了达赖喇嘛将到北京去的事，立即在格鲁派的僧人中引起强烈的反响。拉萨三大寺的僧众担心五世达赖喇嘛会像三世达赖喇嘛索南嘉措那样离开西藏后不再返回，因此极力劝阻。在看到五世达赖喇嘛已经决意动身，又提出要达赖喇嘛保证在三年内返回拉萨，达赖喇嘛为了说服僧众，便在保证会尽快返回的文书上签字画押。
拉萨三大寺的僧众劝阻达赖喇嘛进京，并不是反对与清朝建立关系，他们确实是对三世达赖喇嘛的事例印象非常深刻。在当时的交通条件下，从拉萨到北京来回路途的艰难和危险被人们广为传说。同时，从青藏高原人口稀少的地区到汉地人口稠密的城市，一些人由于对天花等传染病没有抵抗力而染病身亡，也使许多人谈虎色变。清朝初年，许多满族人也对天花十分恐惧，没有出过痘的人被称为「生身」，认为这样的人在汉地长期居住会有生命危险。当时汉地战争还在继续进行，饥荒和瘟疫流行的消息也不时传到西藏。因此三大寺的僧众认为五世达赖喇嘛进京是冒着巨大的危险，要对此事加以阻止，也是情理中的事。可贵的是，年轻的五世达赖喇嘛不惧怕路途的艰难和危险，力排众议，决心仿效八思巴和三世达赖喇嘛到汉地和蒙古弘传佛法，动身进京，与中央王朝建立政治和宗教关系。正是由于五世达赖喇嘛本人的坚定决心和政治远见，他对清朝初年西藏与清朝关系的发展，对中国的统一事业和民族间的友好交往做出重大的贡献。
当年8月，又有清朝所派的以喜饶喇嘛、多卜臧古西等为首的二百多人到达拉萨。他们带来催请达赖喇嘛动身的诏书，还有皇帝给班禅大师、固始汗、第巴索南饶丹的敕谕，要求他们协助五世达赖喇嘛尽快启程，还带来两万两白银，要第巴索南饶丹召集僧众为清朝皇室诵经祈福。五世达赖喇嘛一方面组织工匠赶造进京所需的各种物品;一方面和固始汗一起前往山南的桑耶寺、昌珠寺、曲科杰寺朝圣，祈祷神灵的护佑，同时还精心挑选随同进京的蒙藏僧俗人员。他的随从人员中有从哲蚌寺、色拉寺、甘丹寺和曲科杰寺挑选的僧人组成的扎仓，有经常为他看病的医生，还有后来相继担任第巴的他的亲信仲麦巴·赤列嘉措和罗桑图多等人。出发时队伍就很庞大，到内蒙古时总数达到三千人之多。特别是五世达赖喇嘛还依据萨迦派的记载，仿照八思巴制定的制度，设立了随从人员的职司制度，对随行队伍进行管理，这说明他把自己的进京看成是对八思巴等前往汉地的先辈的事业的延续。
1652年3月15日，五世达赖喇嘛从哲蚌寺出发，但是当天只到拉萨附近的丹吉林卡扎帐住宿，会见各大寺院和拉萨的大批送行者，为他们做了加持法事。许多僧俗首领要求按元代八思巴进京时西藏各地首领到藏北当雄送行的旧例，把达赖喇嘛送到当雄。
17日，达赖喇嘛在固始汗和大批送行者的簇拥下向堆龙德庆进发。23日，当时已经年过八十的四世班禅大师从日喀则到达当雄的噶摩为达赖喇嘛送行，他们在那里停留了六天，就政教事务进行了详细的交谈。四世班禅和大多数送行者从当雄返回，而固始汗和第巴索南饶丹则送行到念青唐古拉山附近，才返回拉萨。这以后五世达赖喇嘛沿途受到蒙藏各部僧俗百姓和首领头人的迎送，并举行盛大的集会，诵经传法，还有许多从远处专程赶来献礼磕头的人参加。五世达赖喇嘛在途中多次派遣使者到北京去通报自己的行程，清朝也派出以理藩院侍郎沙济达喇为首的官员赶往青海迎接。当达赖喇嘛行至青海湖边时，与沙济达喇相会，沙济达喇向达赖喇嘛递交了皇帝的敕谕和礼品，包括赏赐五世达赖喇嘛袍服、珍珠、念珠、靴帽、雕金鞍辔、8匹黄骠马、马鞭等物，足见清政府对五世达赖喇嘛进京觐见的重视。在青海湖边举行了有蒙、藏、汉、土、回等民族数千人参加的大会，欢迎五世达赖喇嘛。这以后五世达赖喇嘛就由清朝官员陪同，一路上还受到清朝地方官员的接送。8月17日，五世达赖喇嘛一行到达塔尔寺,驻锡在该寺西北角山腰上的「吉祥新宫」内。在塔尔寺期间，五世达赖喇嘛在三世达赖喇嘛索南嘉措曾经登台说法的台座上给汉、藏、土、蒙古等族的5000多名信徒宣讲了宗喀巴的【菩提道次第广论】。
1652年9月，五世达赖喇嘛经西宁等地抵达中卫，随后在宁夏银川附近乘坐清朝准备的两层官船渡过黄河。黄河的宽阔雄伟给他留下了深刻的印象，他称黄河河水三倍于雅鲁藏布江，泛着赤红的颜色，好像要融入蓝天。此时达赖喇嘛和固始汗都曾经先后致书顺治皇帝，希望顺治皇帝在长城以北的代噶地方会见达赖喇嘛。顺治皇帝开始同意这一意见，并为在代噶会见达赖喇嘛做了一些准备。但是后来在征询群臣的意见时，满族诸臣认为皇帝到代噶迎接对争取喀尔喀等部有益，不妨前往;汉族诸臣认为皇帝为天下国家之主，不应当去迎接达赖喇嘛，可从诸王大臣中派一人代迎，就可以表示对达赖喇嘛的敬重。经过权衡，顺治皇帝决定派承泽亲王硕塞到代噶迎接。11月2日，五世达赖喇嘛在代噶附近遇见承泽亲王一行，一起到达代噶(岱噶，也称岱海，清代称为岱哈泊，在今内蒙古乌兰察布盟凉城县东北)，住进专为达赖喇嘛进京建造的行宫。承泽亲王向达赖喇嘛传达了要达赖喇嘛把大队随从留在代噶，只带少数随从进京的敕谕，因此达赖喇嘛在代噶停留了半个月，会见了从内蒙古、喀尔喀前来的僧俗大众，并为进京做准备。12月1日，达赖喇嘛在承泽亲王的陪同下从代噶动身，经过张家口、宣化、沙河，12日到达北京近郊的清河时，又受到辅政亲王郑亲王济尔哈朗带领的大队人马的盛大欢迎。13日在清河停留，随即在辅政亲王的陪同下住进一座被称为禅林的寺院，此寺院即是普静禅林，后来又被称为东黄寺。
为了顺治皇帝和五世达赖喇嘛第一次如何见面，清朝君臣费了很多心思，最后是让达赖喇嘛在黄寺休息两天以后在12月16日(汉历15日)前往北京南苑，而顺治皇帝则以到南苑狩猎的名义前往，以「不期然而遇」的形式与五世达赖喇嘛相见。据五世达赖喇嘛自己的记载，他们一行在可以望见顺治皇帝临幸的南苑衙门行宫时，众人下马步行，五世达赖喇嘛则骑马到距皇帝四箭之地下马，皇帝从座位上起身，相迎十步，与达赖喇嘛握手，通过翻译相互问候。在落座时，达赖喇嘛的座位在皇帝御座旁边，稍低于皇帝的御座。达赖喇嘛向皇帝献了珊瑚念珠、氆氇、藏香以及马匹、羔皮等西藏方物。顺治皇帝向达赖喇嘛询问了西藏的情况，双方很高兴地进行交谈。这次会见中达赖喇嘛对年轻的顺治皇帝留下了很好的印象。会见后达赖喇嘛即返回普静禅林居住，第二天也即是藏历十二月十七日(1653年1月15日)移住清朝专门为他修建的住所黄寺(现在只留存西黄寺部分)。当时藏历和汉历都已接近新年，25日顺治皇帝派两位内大臣到黄寺，给达赖喇嘛赠送了银质曼遮、瓷器、金盘、长号、唢呐、香炉、伞盖、经幡等，留在代噶的侍从也派人送来新年礼品。五世达赖喇嘛像在拉萨一样度过藏历水蛇年新年。从正月初三开始，在北京的满蒙王公纷纷前来黄寺拜见达赖喇嘛并奉送大量礼品，达赖喇嘛给许多人做了护佑法事。
正月十一，顺治皇帝传旨请五世达赖喇嘛到皇宫太和殿，举行盛大的宴会款待达赖喇嘛一行，还给随达赖喇嘛进京的第穆活佛、白居寺堪布、仲麦巴·赤列嘉措、罗桑图多等十三人颁给了赏赐。以后由辅政亲王济尔哈朗为首的在北京的满蒙王公轮流宴请达赖喇嘛。北京的汉传佛教的僧人也向达赖喇嘛献礼，达赖喇嘛给北京的汉僧发放了一万五千多两白银的布施，还按照顺治皇帝的谕令，为内蒙古的格鲁派高僧内济托因和强林诺门罕的争执做出评判，五世达赖喇嘛将做出的裁定报告了皇帝，得到顺治皇帝的同意。达赖喇嘛到京后仅仅十几天，就有固始汗的使者到达，向清朝进贡，并请达赖喇嘛回藏。正月初八，随从来京的达赖喇嘛的医生强俄巴在黄寺患了被怀疑为瘟热的病，很快就病故了，他是多年为达赖喇嘛治病的医生，达赖喇嘛与他感情很深，这使众人对汉地的传染病感到恐惧，所以到正月中旬,达赖喇嘛也向皇帝奏称，在北京不服水土，侍从中有生病的，要求动身返藏。经一再挽留，达赖喇嘛停留到二月中旬，顺治皇帝同意达赖喇嘛离京。
二月十八日，皇帝在太和殿再次举行盛大宴会，为达赖喇嘛饯行，赏赐重五十两的金茶筒一对、金盘一对、黄金五百两、银茶筒八个、银盘八个、白银一万两、重一千两的银罐一个、大缎一千匹、金鞍十副、茶叶一百包作为送别礼品。顺治皇帝的母亲孝庄皇太后赏赐黄金一百两、白银一千两、大缎一百匹。在皇帝和皇太后的带头下，辅政亲王济尔哈朗赠送黄金一百两、金茶筒、金盘、大缎一百匹，承泽亲王赠送黄金一百两、大缎一百五十匹，其他满蒙王公也赠送了大致相当的礼品。二月二十日五世达赖喇嘛从黄寺启程时，顺治皇帝又派内大臣送来大玛瑙珍珠一串，并传旨把赏赐给达赖喇嘛的伞盖、幡幢、旗帜等仪仗摆列队伍前面，以壮行色，还派辅政亲王济尔哈朗率百官三千人送达赖喇嘛到清河，在清河住宿一夜，次日辅政亲王以皇帝的名义再次饯别达赖喇嘛，并把自己的坐骑也赠给达赖喇嘛。然后由承泽亲王等率兵护送达赖喇嘛等人直到代噶。
