南京花神庙拥有悠久而迷人的历史故事，其起源可以追溯到明代。
1.据传，在明朝初期，当朱元璋定都南京后，为了满足皇宫对鲜花的需求，希望一年四季都有鲜花装扮皇宫，他下令寻找一个适合培育各种花卉的地方。最终，城南中华门外约两公里多的丘陵地带因其得天独厚的土质、气候和地势条件被选中，成为专门为皇室培植名贵花卉的基地。这个地方逐渐发展成为一个繁荣的花卉培育中心，为皇室供应各种珍稀花卉，极尽一时之盛。
2.随着时间的推移，这个区域逐渐形成村落，并在清代乾隆年间正式建成了花神庙。花神庙不仅是村民祭祀花神，祈求花木繁茂、收成良好的场所，也成为了当地花卉文化和传统的重要象征。庙内供奉着数尊花神塑像，反映了古代中国人对自然界的崇拜和对农业生产的重视。
花神庙的旧址如今已不可寻，有说花神庙旧址在花神庙小学旁边，具体不得而知。
3.花神庙村的名字由此而来，它不仅仅是对一个宗教建筑的称呼，也是对整个地区的泛称，代表了这一带悠久的花卉种植历史和深厚的文化底蕴。到了现代，花神庙及其周边地区如紫荆花路、郁金香路等，依然保留着与花卉相关的地名，成为南京著名的文化地标和旅游景点。
4.每年春季，花神庙地区会举办各类花卉展览和庆祝活动，如「桃花会」，这样的传统活动不仅展示了花神庙丰富的花卉资源，也让人们能够体验到传统文化的魅力，感受与自然和谐共存的美好愿景。
