永乐十八年九月，朱棣颁发诏书，宣布将应天府改名为南京，把顺天府定为京师。永乐十九年正月初一，大明王朝的国都正式迁往北京。
从公元1368年朱元璋在南京建立大明，到永乐十九年，也就是1421年，朱棣正式迁都北京为止，南京做了53年的明朝国都，而北京从此开始了它223年明朝国都的历史。
那么，朱棣为什么非要把国都从南京迁到北京呢？首先就是为了完成父皇朱元璋的遗愿，朱元璋发迹于南方，完成了我国历史上唯一一次由南向北的大一统，不过朱元璋非常清楚，南京并非是国都的最佳选择，因为随着全国的统一，朱元璋已经感受到了南京对北边之地的鞭长莫及。
所以朱元璋一直都有着迁都的想法，甚至曾经亲自到宋朝旧都汴梁勘察过。洪武二十四年，御史胡子祺给朱元璋分析了明朝的地形以后，提出西安自古就是汉唐故都，地理优势得天独厚，是都城的最佳选择。朱元璋对此心动不已，于当年八月就派太子朱标去陕西考察。
不过可惜的是朱标在考察完回到南京以后没多久就生了大病，第二年，刚满37岁的朱标就因病去世了。作为朱元璋最喜欢的儿子和寄予厚望的储君，朱标的英年早逝让朱元璋悲痛不已，迁都一事也就此随着朱标的去世而搁浅。朱元璋在【祀灶文】中解释了终止迁都的原因，本欲迁都，今朕年老，精力已倦，又天下初定，不欲劳民。
所以朱棣登上皇位以后的迁都，也算是完成了朱元璋的遗愿，只不过朱棣并没有选择西安，而是将国都定在了北京。而之所以选择北京作为都城，一是因为北京是朱棣的大本营，从洪武十三年就藩北平到建文四年靖难成功，朱棣在北京经营了整整22年。而且朱棣是靠着造反靖难登上皇位的，南京城中各种势力盘根错节、根深蒂固，所以从不论是从个人安全方面考虑，还是从皇位的巩固上来看，迁都北京都是朱棣最佳的选择。
其次，朱棣知道蒙古各部始终是明朝最大的威胁，但他已经将镇守边塞的宁王，谷王等藩王内迁，并将处于北京东北的大宁都指挥使司南迁至保定，山西行都司的一些卫所也迁到北京以南，因而北部边防面临着空缺，所以朱棣迁都北京，由天子守国门，一方面能够防卫边疆抵御蒙古人南下，另一方面也方便出兵讨伐蒙古各部。
再就是综合比较南京和北京的地理优势，山川作为屏障的优势要远大于河流，如果仔细看一下南京的地势，就会发现太过依靠长江的南京有一个致命的弱点，那就是一旦长江沦陷，南京则无险可守。所以作为六朝古都，十朝都会的南京，定都在此的东吴、东晋、南朝时期的宋齐梁陈、五代南唐、南宋等等，普遍都国祚不长。
而北京位于华北平原的北端，三面环山，俯瞰中原，号为形胜。同时从大局来看，北京左环沧海，右拥太行，北枕居庸，南襟河济，这不仅符合古代上佳的风水概念，而且在军事上易守难攻。
所以，基于以上的原因，朱棣刚一登基就于永乐元年下诏将北平改名为北京，随后在北京设置留守行后军都督府、北京行部、北京国子监，并将改北平府改名为顺天府。
永乐四年，朱棣以原燕王府已不能供皇帝居住为名下诏营建北京宫殿，并派工部尚书宋礼到四川督办采木，侍郎古朴到江西，师逵、金纯到湖广，副都御史刘砚到浙江，佥都御史史仲成到山西督办工程用料。
随着行宫的修缮，朱棣在永乐七年以后多次北巡，长期在北京居住，只留下太子朱高炽在南京处理政务，而所有奏章都要送到北京来审阅，可以说，此时的北京已经成为了大明朝实际的政治中心。
只不过，朱棣丝毫不提迁都一事，因为他知道明朝的大部分官吏都来自于江南的地主，如果让他们离开故土，远赴塞下，阻力会非常大。但是朱棣将长陵修建在了北京万寿山，已经反映出了朱棣迁都的决心。
永乐八年，朱棣下诏疏通大运河，打通南北漕运，到永乐十三年大运河疏浚工程完工，从此供应北京的物资可以十分经济便捷的由南方北运。
永乐十四年，朱棣终于召集群臣，正式商议迁都，而对于提出反对意见的臣工，朱棣将他们全部革职或者严惩，从而彻底敲定了迁都北京一事。永乐十五年，以南京紫禁城为模板的北平紫禁城正式动工。永乐十八年，北京皇宫终于建设完工，它比南京皇宫的规模稍大，呈规则的方形，十分符合【周礼·考工记】中理想的都城形制。
当年九月，朱棣下诏将应天府改名为南京，把顺天府定为京师，但在南京仍设六部，并以南京为留都。诏书一下，河南布政使周文褒、王文振以及参议陈祚等人，立刻上书反对，朱棣将这批反对迁都的官员通通贬到均州太和山，此后，朝中就没有人公开反对迁都了。
永乐十九年正月初一，朱棣下诏大赦天下，把宫廷和百官全部正式迁到了北京。四月初八，北京皇宫的奉天、华盖和谨身三座大殿，被天雷击中燃起大火，顷刻间烧成了残垣断壁。
三大殿被烧毁一事，立刻让反对迁都的官员们有了充足的理由，他们纷纷上书，声称上天不允许迁都，从而降灾于皇帝，朱棣一怒之下，处死了上书言辞激烈的主事萧仪，然而反对者却并没有因为萧仪的死而退却，他们改变手法，对参与密议迁都的大臣进行攻击。最后，户部尚书夏原吉见到事情难以收场，便将责任全部揽到自己一个人身上，这才逐渐平息了关于迁都的争议。
朱棣驾崩朱高炽继位以后，下诏还都南京，并将北京六部的印信收回，重新加上了行在二字，废除了北京作为京师的地位。不过，还都的实际行动尚未展开，朱高炽便因病去世，尽管朱高炽在遗诏中强烈表明了他希望还都的意愿，但继位的朱瞻基还是暂缓了还都的计划。到明英宗朱祁镇继位以后，他再次下旨确定北京为明朝京师，从此终明一朝，北京作为大明国都再也没有改变。
