春，正月初一，出現日食。
劉恭知道赤眉必敗，秘密叫弟弟劉盆子交出皇帝璽綬，並且練習辭讓的台詞。到了元旦大會，劉恭先發言說：「諸君共立我的弟弟為皇帝，恩德深厚！但是，即位一年了，天下淆亂日甚，可見我弟弟並不能成事，恐怕死而無益，希望能退位為庶人，另求賢智之人。請諸君省察！」樊崇等人謝罪說：「這都是我們的罪過！」劉恭堅決要求讓劉盆子退位。有人說：「這事跟你有什麽相幹？」劉恭惶恐，起身離去。
劉盆子於是從寶座上下來，解下璽綬，叩頭說：「如今我做了皇帝，但是大家仍然繼續做賊，四方怨恨，不再信服我們，這也是所立非人的緣故。希望給我一條生路，讓我離去，給聖賢讓路！如果一定要殺我來為此負責，我也只有一死！」於是涕泣唏噓。樊崇等參會的數百人，無不哀憐他，於是都離開座席叩頭說：「臣等無狀，有負於陛下，從今往後，再也不敢放縱！」於是一起抱著盆子，把璽綬又給他系上。盆子號呼，不得已。散會之後，各自回營自守。三輔翕然安定，稱贊天子聰明，百姓爭相回到長安，街市上又人頭湧湧了。過了二十多天，赤眉軍故態復萌，又各自出營，大肆搶掠。
力子都為其部曲所殺，余黨與諸賊會於檀鄉，號稱檀鄉賊，在魏郡、清河一帶寇掠。魏郡大吏（郡府裏級別較高的官員）李熊的弟弟李陸，密謀策反，準備開城迎接檀鄉賊。有人向魏郡太守、潁川人銚期告密。銚期召問李熊，李熊叩頭服罪，願與老母一起就死。銚期說：「做官還不如做賊快樂嗎？你可以帶著母親，一起去投奔李陸吧！」派官吏將李熊母子送出城去。李熊找到李陸，帶他一起到鄴城西門，李陸羞愧，自殺謝罪。銚期嗟嘆，禮葬李陸，並讓李熊官復原職。於是郡中都服氣他的威信。
劉秀派吳漢率領王梁等九位將軍在鄴城東漳水河畔攻打檀鄉賊，大破之，十余萬眾皆降。又派王梁與大將軍杜茂率兵平定魏郡、清河、東郡，所有地方百姓自守的營寨堡壘全部平定，三郡清凈，從洛陽到各邊郡的道路，全部暢通。
正月十七日，劉秀封所有功臣為列侯，梁侯鄧禹、廣平侯吳漢，食邑都達到四個縣。博士丁恭諫議說：「古代封諸侯，封地不過一百裏，強幹弱枝（加強樹幹，削弱枝葉，寓意加強中央集權，削弱地方勢力），所以才能天下大治，如今封四個縣，不合法制。」劉秀說：「古之亡國，都是因為無道，沒有聽說功臣地多而導致亡國的。」陰鄉侯陰識，是貴人陰麗華之兄，以軍功應當增加封地。陰識叩頭辭讓說：「天下初定，將帥有功者眾，臣是後宮親屬，如果再加爵邑，不可以示範天下，這就成了‘親戚受賞，國人計功’了（此處參照公孫龍諫勸平原君趙勝的話，意思是以親戚的身份得了封爵，又以國人的身份論功行賞，那你是兩頭都占，不太好吧）。」劉秀聽從了他的意見。
劉秀讓諸將各自談談他們願意封在哪裏，個個都想占最好的縣，唯有河南太守、潁川人丁綝，申請把他的故鄉封給他。有人問他緣故。丁綝說：「我能力不大，功勞也小，能封一個鄉亭侯，就已經很豐厚了。」劉秀從其誌，封他為新安鄉侯（漢朝法律，大縣侯位置跟三公平級，小縣侯位比上卿，鄉亭侯相當於中二千石）。
劉秀派郎中、魏郡人馮勤負責諸侯封賞之事，馮勤估量各人功勞大小，封地遠近，土壤好壞，處理得十分恰當，無人不服。劉秀認為他很有能力，讓他總管尚書之事。按照之前的慣例，尚書郎出缺，要由尚書令吏依次升遷替補，劉秀這是首次直接用地方政府推舉上來的孝廉為尚書郎。
在洛陽修建高廟，每年春夏秋冬四季，合祀高祖劉邦、太宗劉恒、世宗劉徹。在高廟右側修建社稷，在洛陽城南郊建築祭壇。
長安城中糧盡，赤眉軍將搜刮來的金銀財寶裝車，大肆縱火燒宮室、市裏，恣意殺戮搶掠，長安城中都沒有行人。於是引兵向西，號稱百萬大軍，沿著南山，一路轉戰搶掠城邑，進入安定、北地。鄧禹引兵南至長安，駐軍在昆明池，拜謁祭祀高廟，收取十一位先帝的牌位，送到洛陽，又巡行先帝園陵，設定吏士守衛。
真定王劉楊偽造了一個讖記，說：「赤九之後，癭楊為主。」漢以火德，赤就是漢朝；九，劉秀是劉邦九代孫。赤九，就是劉秀。癭，是脖子上生的瘤子，劉楊脖子上長了一個瘤子，癭楊就是他。他就想用這麽一個讖言來迷惑眾人，意思是劉秀之後就是他做天子，並和綿曼縣的賊人互相勾結。劉秀派騎都尉陳副、遊擊將軍鄧隆征召他，劉楊緊閉城門，不讓他們進去。劉秀再派前將軍耿純，拿著符節，巡行幽州、冀州，沿途慰勞王、侯，秘密下令他逮捕劉楊。耿純到了真定，停留在驛站，邀劉楊前來相見。
耿純的母親，是真定宗室之女，所以劉楊沒有疑心，況且自恃兵多將強，而耿純儀態安靜，不覺得有什麽問題，於是帶著從官去見他。劉楊的兄弟們帶著輕裝士兵在門外警戒，劉楊進門，見了耿純，耿純禮敬相接，又請劉楊的兄弟們都進屋。進來之後，耿純即刻關門，將他們全部誅殺，隨即率領軍隊出來。真定震怖，沒人敢動。劉秀憐憫劉楊只是有陰謀，並沒有實際反叛行動，就被誅殺，於是仍封他的兒子為真定王。
二月十六日，劉秀車駕到達修武。
更始故將鮑永、馮衍，終於確認更始帝已經死亡的訊息，於是為更始帝發喪，釋放儲大伯等（當初劉秀派諫議大夫儲大伯持節征召鮑永，鮑永不知道更始存亡，疑慮不肯服從，把儲大伯抓起來），封上印綬，將部隊解散，用布巾包頭，穿著平民服裝來河內投降。劉秀見了鮑永，問：「你的部隊呢？」鮑永離開座席叩頭說：「臣事奉更始帝，卻不能保全他，不敢再用他的部眾來換取富貴，所以全部將部隊解散復員了。」劉秀說：「你這個話有點大。」但心裏很不高興。
後來，鮑永因為立功，得到重用。馮衍卻逐漸被廢棄了。鮑永對馮衍說：「當初高祖賞季布之罪，誅丁固之功，如今我們能遇到明主，有什麽好憂慮的呢？」
馮衍說：「有人調戲鄰居的妻妾，那年長的罵他，而年紀小的卻向他示好。後來她們的丈夫死了，他卻娶了那年紀長的。有人問他說：‘她當初不是罵你嗎？’他回答說：‘如果她是別人的妻子，我希望她跟我好；如果她是我的妻子，我就希望誰調戲她，她就罵誰！’所以啊， 天命難知，人道易守，只要守自己的道，還怕什麽生死呢 。」
大司空王梁，屢次違反詔命（之前王梁與吳漢一起出擊檀鄉，劉秀詔命軍事由吳漢負責，而王梁卻擅自征發野王兵。劉秀認為他不奉詔，下令他就地停止。而王梁又以將在外，君命有所不受為由，自行進軍，所以說他屢次違背詔命），劉秀怒，派尚書宗廣持節到軍中，要將王梁就地斬首。宗廣用檻車將王梁押送洛陽。到了之後，劉秀又赦免了他，任命為中郎將，北守箕關。
二月十九日，以太中大夫、京兆人宋弘為大司空，宋弘推薦沛國人桓譚為議郎、給事中。劉秀讓桓譚彈琴，喜歡他奏出的浮靡之音。宋弘聽說了，很不高興。等到桓譚從宮中出來的時候，身穿朝服，端坐府上，派小吏去把桓譚召來。桓譚到了，也不給他設座席，斥責他，然後問道：「是你自己改正呢，還是我正式糾舉你依法治罪呢？」桓譚叩頭謝罪，過了好長時間，才放他回去。後來群臣大會，劉秀又讓桓譚彈琴。桓譚見宋弘在場，態度失常。劉秀覺得奇怪，問他，宋弘於是離開座席，脫下冠帽，謝罪說：「臣之所以舉薦桓譚，是希望他能以忠誠正直引導君主，但是，他卻讓朝廷沈迷於鄭國的靡靡之音，這是臣的罪過！」劉秀於是動容道歉。
湖陽公主（劉秀的姐姐）新寡，劉秀和她議論群臣，看看她喜歡誰，公主說：「宋公威容德器，群臣莫及。」劉秀說：「我想想辦法。」後來引見宋弘，劉秀讓公主坐在屏風後，對宋弘說：「諺語說：‘富易妻，貴易友’，是不是人之常情呢？」宋弘說：「臣聽說，貧賤之知不可忘，糟糠之妻不下堂。」劉秀回頭對著屏風說：「這事兒辦不成了。」
劉秀征討王郎的時候，彭寵（漁陽太守）發突騎兵以助軍，轉運糧食，前後不絕。到了劉秀追擊銅馬賊到薊縣，（彭寵去覲見劉秀）彭寵自認為功高，期望也很高，覺得劉秀對他的接待規格不夠，心中不平。等到劉秀即位為皇帝，吳漢、王梁都是彭寵部下，並列三公，而彭寵卻沒有得到加封，所以怏怏不得誌，嘆息說：「如果這樣，那我應該封王！難道陛下把我忘了嗎？」
當時北部州郡破敗，唯獨漁陽還算完好。漁陽有舊鐵礦，彭寵轉運鐵礦，購買糧食，蓄積珍寶，更加富強。幽州牧朱浮，年少有俊才，想要復興風俗教化，收買士人之心，就招攬州中名士，以及王莽時期的二千石官吏，都安排在自己幕府，征調各郡糧食以贍養他們的妻子兒女。彭寵認為天下未定，還在用兵之際，不應該多設官屬，耗用軍費，所以拒絕從命。朱浮的性格，一向急躁自負，彭寵呢，也是倔強狠辣之人，兩人積怨越來越深。朱浮數次進讒言構陷彭寵，密奏說彭寵多聚軍糧，意圖難以預料。
劉秀則故意將朱浮的密奏泄露給彭寵，以敲打他。這時，劉秀下詔征召彭寵，彭寵上書，願與朱浮一起對質。劉秀不許。彭寵愈加不安。彭寵的妻子一向剛烈，不堪委屈，堅決勸彭寵不要應召，說：「天下未定，四方各自為雄，漁陽大郡，兵馬最精，為什麽被人告狀就棄之而去呢？」彭寵又與所親信官吏商量，個個都怨恨朱浮，沒有一個人勸他去洛陽的。劉秀又派彭寵的堂侄子後蘭卿去勸諭他。彭寵扣留子後蘭卿，發兵造反，拜署將帥，親自率領二萬余人，攻打朱浮於薊縣。又因為耿況和他一樣有大功，而恩賞同樣微薄，數次派使者遊說耿況入夥，耿況不接受，斬了他的來使。
延岑再度造反（之前投降漢中王劉嘉的），圍攻南鄭，漢中王劉嘉兵敗逃走，延岑於是占據了漢中，進兵武都，被更始帝的柱功侯李寶擊破，延岑敗走天水。公孫述派將領侯丹攻取南鄭。劉嘉收集散卒，得數萬人，以李寶為丞相，從武都南擊侯丹，作戰不利，退守河池、下辨，再度與延岑連戰，延岑北走，入散關，至陳倉。劉嘉追擊，將他擊破。
公孫述又派將軍任滿從閬中下江州，向東攻下扞關，於是益州全境為公孫述所有。
二月辛卯日（二月無此日），劉秀回到洛陽。
三月乙未日（三月無此日），大赦。
更始帝的大將們在南方還沒有投降的，還有很多。劉秀召集諸將召開軍事會議，用竹簡敲打地面，問：「郾縣最強，宛縣其次，誰來打這一仗？」賈復輕蔑地說：「臣請擊郾！」劉秀笑道：「執金吾去打郾縣，我還擔心啥！那大司馬（吳漢）去打宛縣吧！」於是派遣賈復率軍攻破郾縣，尹尊投降，又進攻更始帝的淮陽太守暴氾，暴氾也投降了。
夏，四月，虎牙大將軍蓋延、督駙馬都尉馬武等四位將軍攻打劉永（在睢陽稱帝的），擊破劉永軍，將劉永包圍在睢陽。
前更始將領蘇茂造反，殺淮陽太守潘蹇，占據廣樂，向劉永稱臣。劉永封蘇茂為大司馬、淮陽王。
吳漢攻打宛縣，宛王劉賜帶著更始帝的妻子兒女到洛陽投降，劉秀封劉賜為慎侯。劉秀的叔父劉良、族父劉歙、族兄劉祉都從長安來。四月初二，封劉良為廣陽王，劉祉為城陽王，又封哥哥劉縯的兒子劉章為太原王，劉興為魯王。更始帝的三個兒子，劉求、劉歆、劉鯉，都封為列侯。
鄧王王常投降。劉秀見了他，非常高興，說：「我看見王廷尉，就不再擔心南方了！」（王常是更始帝的廷尉，所以劉秀稱呼他為王廷尉。王常投降，就得了南陽郡，所以不用擔心南方了。）拜王常為左曹，封山桑侯。
五月十九日，封族父劉歙為泗水王。
劉秀以陰貴人雅性寬仁，想要立她為皇後。陰貴人認為郭貴人已經有兒子，始終不肯接受。六月初七，立郭貴人為皇後，以其子劉強為皇太子，大赦。
六月十五，封泗水王劉歙的兒子劉終為淄川王。
秋，賈復南擊召陵、新息，全部平定。賈復部將在潁川殺人，潁川太守寇恂將他逮捕下獄。當時國家草創，軍人犯法，大多相互包庇，而寇恂卻在街市上把他公開處斬了。賈復引以為恥，還師的時候，經過潁川，對左右說：「我與寇恂並列將帥，卻被他陷害，這次見了寇恂，我一定叫他吃我一劍！」寇恂知道他的想法，不想和他相見。寇恂姐姐的兒子谷崇說：「我是武將，可以帶劍跟從在你身旁，如果他有什麽動作，我也足以和他相當。」
寇恂說：「不對，當初藺相如不畏秦王，卻屈於廉頗，那是為了國家。」於是下令所屬各縣盛具酒食，執金吾的軍隊入界，每人都供應雙份。寇恂到道旁迎接，然後稱病而回。賈復要起兵追他，但是將士們都喝醉了，只好過境而去。寇恂派谷崇向劉秀匯報了事情經過，劉秀於是征召寇恂。寇恂到後，劉秀接見，寇恂進去，看見賈復在座，於是起身回避。劉秀說：「天下未定，兩虎怎麽能私鬥！今天朕給你們和解。」於是並坐極歡，同車而出，結友而去。
八月，劉秀親自率領諸將，征伐五校變民集團。八月二十六日，劉秀抵達內黃縣，在羛陽大破五校軍，接受投降部眾五萬人。
劉秀派遊擊將軍鄧隆協助朱浮征討彭寵，鄧隆軍駐紮在潞南，朱浮軍駐紮在雍奴，派軍吏回來匯報情況，劉秀讀到書簡，大怒，對來使說：「兩營相距一百裏，怎麽能相互救援？等你回去，北軍已經失敗了！」彭寵果然派輕兵攻擊鄧隆，大破之。朱浮軍太遠，無法相救。
蓋延包圍睢陽數月，終於攻克。劉永逃跑到虞縣。虞縣人造反，殺了他的母親、妻子。劉永與麾下數十人又逃到譙縣。蘇茂、佼強、周建合軍三萬余人救援劉永。蓋延與之戰於沛西，大破之。劉永、佼強、周建逃跑占據湖陵，蘇茂逃回廣樂。蓋延於是平定沛郡、楚郡、臨淮。
劉秀派太中大夫伏隆持節出使青州、徐州，招降郡國。青、徐群賊聽說劉永破敗，都惶怖請降。張步（劉永所封的輔漢大將軍）派他的掾（副官）孫昱跟著伏隆到宮門上書，獻上鰒魚（鰒魚，就是鮑魚。王莽最後束手無策，就每天在宮裏喝酒吃鮑魚。現在張步投降，也給劉秀獻上鮑魚，看來鮑魚在漢朝是最高級的食物了）。伏隆，是伏湛的兒子。
堵鄉人董䜣在宛縣造反，俘虜南陽太守劉驎。揚化將軍堅鐔攻陷宛縣。董䜣逃回堵鄉。
吳漢經略南陽諸縣，所過之處，多有侵暴行為。破虜將軍鄧奉正好請假回到新野，對吳漢擄掠他的家鄉非常憤怒，於是起兵造反，擊破吳漢軍，在淯陽屯據，和其他賊軍聯合。
九月初二，劉秀從內黃回到洛陽。
陜州賊軍將領蘇況攻破弘農。劉秀派景丹出征。不巧景丹薨逝，於是派征虜將軍祭遵攻打弘農、柏華、蠻中賊軍，將他們全部平定。
赤眉軍引兵欲西上隴縣，隗囂派將軍楊廣迎擊，破之，又乘勝追擊，在烏氏、涇陽再次打敗赤眉。赤眉抵達陽城、番須一帶，天降大雪，坑谷都被雪填平了，士卒凍死很多，於是轉回，向東撤退，發掘諸皇帝皇後陵墓，取其寶貨。凡是以玉匣入殮的，屍體還都保存完好，賊軍於是侮辱呂後的屍體。鄧禹派兵在郁夷攻打赤眉，反而被赤眉擊敗，鄧禹於是撤退到雲陽，赤眉再度進入長安。延岑（此時延岑歸屬漢中王劉嘉）屯駐在杜陵。赤眉將領逢安攻打延岑。鄧禹認為逢安精兵在外，就引兵攻打長安，正趕上赤眉將領謝祿來救援。鄧禹敗走。延岑迎擊逢安，逢安大敗，死者十余萬人。
赤眉將領廖湛率領十八萬大軍攻打漢中王劉嘉，在谷口會戰，廖湛大敗，劉嘉親手斬殺廖湛，於是挺進到雲陽，奪取糧秣。劉嘉的妻兄，新野人來歙，正好是劉秀姑媽的兒子。劉秀令鄧禹招降劉嘉。劉嘉於是跟著來歙到鄧禹處投降。劉嘉的丞相李寶，態度倨傲，鄧禹將他斬殺。
冬，十一月，以廷尉岑彭為征南大將軍。劉秀在大會上指著王常對群臣說：「這位下江兵的將領，輔翼漢室，心如金石，真忠臣也！」即日，拜王常為漢忠將軍，讓他與岑彭一起率領建義大將軍朱祜等七位將軍，征討鄧奉、董䜣。岑彭等先攻打堵鄉，鄧奉救援。朱祜軍敗，被鄧奉生擒。
銅馬、青犢、尤來等賊軍殘部共同擁立孫登為天子。孫登的部將樂玄殺了孫登，率領他的部眾五萬余人投降。
鄧禹自從馮愔叛變之後，威名稍稍受損，又缺乏糧食，屢戰屢敗，歸附者日益離散。赤眉、延岑暴亂三輔，郡縣大姓各擁兵眾，鄧禹無法平定。劉秀於是派偏將軍馮異去替換鄧禹。劉秀親自送馮異到河南縣，囑咐馮異說：「三輔地區遭遇王莽、更始之禍亂，又遇赤眉、延岑之暴行，生靈塗炭，無所依訴，將軍如今奉旨討賊，註意保護降者，把他們的首領送來京師，小民就地解散，讓他們回鄉務農。摧毀他們的營壘，不要讓他們再聚集起來。征伐不一定非要奪地屠城，關鍵在於瓦解和安撫。諸將不是不會打仗，只是太熱衷於搶掠。你本來就善於駕馭吏士，希望你節制自己，不要再讓郡縣百姓受苦！」馮異磕頭受命，引兵向西，所到之處，展示軍威，建立信譽，群盜多降。
司馬光說：當初周朝人歌頌武王說：「鋪時繹思，我徂惟求定。」（出自【詩經】，是歌頌文王的，司馬光誤記。鋪作敷，同音通用。敷，布也。繹，演繹的繹，陳述。思，語末助詞，無義。徂，往，去。這句詩說周文王既有此德，我接受之，布陳此德，我之往伐紂，惟求安定而已。鋪與繹都是陳述的意思，一再言之，是反復強調）這是說，王者之師誌在布陳威德而安民而已。觀光武帝之取關中，也是此道。豈不美哉！
劉秀下詔，召鄧禹回來，說：「不要和窮寇爭鋒！赤眉沒有糧食，他自然會向東退卻，我們以飽待饑，以逸待勞，只須折下一根樹枝，就可以鞭打他們，這不用你們擔心，不要再妄自進兵！」
劉秀又任命伏隆為光祿大夫，出使張步，拜張步為東萊太守，一批新任命的青州牧、守、都尉，都一起和伏隆東行上任。又授權伏隆，可以直接任命縣令以下官員。
十二月三十日，劉秀下詔，凡是被王莽撤銷封國的宗室列侯，全部恢復原來的封國。
三輔地區發生了極其嚴重的饑荒，人相食，城郭皆空，白骨蔽野，遺民往往聚為營堡，各自堅壁清野。赤眉軍擄掠也搶不到東西，於是引而東歸，部眾還有二十余萬，沿途散亂逃亡。劉秀派破奸將軍侯進等人屯駐新安，建威大將軍耿弇等人屯駐宜陽，以阻其歸路，下令諸將說：「賊軍如果向東逃跑，宜陽兵團可以往新安會師。賊軍如果向南逃竄，新安兵團可以往宜陽會師。」馮異與赤眉在華陰遭遇，互相對抗六十余日，戰數十合，赤眉官兵投降五千余人。
春，正月，甲子朔，日有食之。
劉恭知赤眉必敗，密教弟盆子歸璽綬，習為辭讓之言。及正旦大會，恭先曰：「諸君共立恭弟為帝，德誠深厚。立且一年，淆亂日甚，誠不足以相成。恐死而無益，願得退為庶人，更求賢知，唯諸君省察。」樊崇等謝曰：「此皆崇等罪也。」恭復固請，或曰：「此寧式侯事邪？」恭惶恐起去。盆子乃下床解璽綬，叩頭曰：「今設定縣官而為賊如故，四方怨恨，不復信向，此皆立非其人所致。願乞骸骨，避賢聖路。必欲殺盆子以塞責者，無所離死。」因涕泣噓唏。崇（第）〔等〕及會者數百人，莫不哀憐之，乃皆避席頓首曰：「臣無狀，負陛下，請自今已後，不敢復放縱。」因共抱持盆子，帶以璽綬。盆子號呼，不得已。既罷出，各閉營自守。三輔翕然，稱天子聰明，百姓爭還長安，市裏且滿。後二十余日，復出，大掠如故。
（力）〔刁〕子都為其部曲所殺，余黨與諸賊會檀鄉，號檀鄉賊，寇魏郡、清河。魏郡大吏李熊弟陸謀反城迎檀鄉，或以告魏郡太守潁川銚期，期召問熊，熊叩頭首服，願與老母俱就死。期曰：「為吏儻不若為賊樂者，可歸與老母往就陸也。」使吏送出城。熊行，求得陸，將詣鄴城西門，陸不勝愧感，自殺以謝期。欺嗟嘆，以禮葬之，而還熊故職。於是郡中服其威信。
帝遣吳漢率王梁等九將軍擊檀鄉於鄴東漳水上，大破之，十余萬眾皆降。又使梁與大將軍杜茂將兵安輯魏郡、清河、東郡，悉平諸營保，三郡清靜，邊路流通。
庚辰，悉封諸功臣為列侯，梁侯鄧禹、廣平侯吳漢皆食四縣。博士丁恭議曰：「古者封諸侯不過百裏，強幹弱枝，所以為治也。今封四縣，不合法制。」帝曰：「古之亡國皆以無道，未嘗聞功臣地多而滅亡者也。」陰鄉侯陰識，貴人之兄也，以軍功當增封，識叩頭讓曰：「天下初定，將帥有功者眾，臣托屬掖廷，仍加爵邑，不可以示天下。此為親戚受賞，國人計功也。」帝從之。帝令諸將各言所樂，皆占美縣，河南太守潁川丁獨求封本鄉。或問其故，曰：「能薄功微，得鄉亭厚矣。」帝從其誌，封新安鄉侯。帝使郎中魏郡馮勤典諸侯封事，勤差量功次輕重，國土遠近，地勢豐薄，不相逾越，莫不厭服焉。帝以為能，尚書眾事皆令總錄之。故事，尚書郎以令史久次補之，帝始用孝廉為尚書郎。
起高廟於洛陽，四時合祀高祖、太宗、世宗，建社稷於宗廟之右，立郊兆於城南。
長安城中糧盡，赤眉收載珍寶，大縱火燒宮室、市裏，恣行殺掠，長安城中無復人行。乃引兵而西，眾號百萬，自南山轉掠城邑，遂入安定、北地。鄧禹引兵南至長安，軍昆明池，謁祠高廟，收十一帝神主，送詣洛陽，因巡行園陵，為置吏士奉守焉。
真定王楊造讖記曰：「赤九之後，癭楊為主。」楊病癭，欲以惑眾，與綿曼賊交通。帝遣騎都尉陳副、遊擊將軍鄧隆征之，楊閉城門不內。帝復遣前將軍耿純持節行幽、冀，所過勞慰王侯，密敕收楊。純至真定，止傳舍，遨楊相見。純，真定宗室之出也，故楊不以為疑，且自恃眾強，而純意安靜，即從官屬詣之，楊兄弟並將輕兵在門外。楊入見純，純接以禮敬，因延請其兄弟，皆入，乃閉閣，悉誅之，因勒兵而出。真定震怖，無敢動者。帝憐楊謀未發而誅，復封其子為真定王。
二月，己酉，車駕幸脩武。
鮑永、馮衍審知更始已亡，乃發喪，出儲大伯等，封上印綬，悉罷兵，幅巾詣河內。帝見永，問曰：「卿眾安在？」永離席叩頭曰：「臣事更始，不能令全，誠慚以其眾幸富貴，故悉罷之。」帝曰：「卿言大。」而意不悅。既而永以立功見用，衍遂廢棄。永謂衍曰：「昔高祖賞季布之罪，誅丁固之功。今遭明主，亦何憂哉！」衍曰：「人有挑其鄰人之妻者，其長者罵而少者報之。後其夫死，取其長者。或謂之曰：‘夫非罵爾者邪？’曰：‘在人欲其報我，在我欲其罵人也。’夫天命難知，人道易守，守道之臣，何患死亡？」
大司空王梁屢違詔命，帝怒，遣尚書宗廣持節即軍中斬梁，廣檻車送京師。既至，赦之，以為中郎將，北守箕關。
壬子，以太中大夫京兆宋弘為大司空。弘薦沛國桓譚，為議郎、給事中。帝令譚鼓琴，愛其繁聲。弘聞之，不悅，伺譚內出，正朝服坐府上，遣吏召之。譚至，不與席而讓之，且曰：「能自改邪？將令相舉以法乎？」譚頓首辭謝，良久乃遣之。後大會群臣，帝使譚鼓琴。譚見弘，失其常度。帝怪而問之，弘乃離席免冠謝曰：「臣所以薦桓譚者，望能以忠正導主，而令朝廷耽悅鄭聲，臣之罪也。」帝改容謝之。
湖陽公主新寡，帝與共論朝臣，微觀其意。主曰：「宋公威容德器，群臣莫及。」帝曰：「方且圖之。」後弘被引見，帝令主坐屏風後，因謂弘曰：「諺言‘貴易交，富易妻’，人情乎？」弘曰：「臣聞貧賤之知不可忘，糟糠之妻不下堂。」帝顧謂主曰：「事不諧矣。」
帝之討王郎也，彭寵發突騎以助軍，轉糧食，前後不絕。及帝追銅馬至薊，寵自負其功，意望甚高，帝接之不能滿，以此懷不平。及即位，吳漢、王梁，寵之所遣，並為三公，而寵獨無所加，愈怏怏不得誌，嘆曰：「如此，我當為王。但爾者，陛下忘我邪？」
是時北州破散，而漁陽差完，有舊鐵官，寵轉以貿谷，積珍寶，益富強。幽州牧朱浮，年少有俊才，欲厲風跡，收士心，辟召州中名宿及王莽時故吏二千石，皆引置幕府，多發諸郡倉谷稟贍其妻子。寵以為天下未定，師旅方起，不宜多置官屬以損軍實，不從其令。浮性矜急自多，寵亦佷強，嫌怨轉積。浮數譖構之，密奏寵多聚兵谷，意計難量。上輒漏泄令寵聞，以脅恐之。至是，有詔征寵，寵上疏，願與浮俱征。帝不許，寵益以自疑。其妻素剛，不堪抑屈，固勸無受征，曰：「天下未定，四方各自為雄，漁陽大郡，兵馬最精，何故為人所奏而棄此去乎！」寵又與所親信吏計議，皆懷怨於浮，莫有勸行者。帝遣寵從弟子後蘭卿喻之，寵因留子後蘭卿，遂發兵反，拜署將帥，自將二萬余人，攻朱浮於薊。又以與耿況俱有重功，而恩賞並薄，數遣使要誘況。況不受，斬其使。
延岑復反，圍南鄭，漢中王嘉兵敗走。岑遂據漢中，進兵武都，為更始柱功侯李寶所破。岑走天水，公孫述遣將侯丹取南鄭。嘉收散卒得數萬人，以李寶為相，從武都南擊侯丹，不利，還軍河池、下辨。復與延岑連戰，岑引北入散關，至陳倉，嘉追擊，破之。公孫述又遣將軍任滿從閬中下江州，東據扞關，於是盡有益州之地。
辛卯，上還洛陽。
三月，乙未，大赦。
更始諸大將在南方未降者尚多，帝召諸將議兵事，以檄叩地曰：「郾最強，宛為次，誰當擊之？」賈復率然對曰：「臣請擊郾。」帝笑曰：「執金吾擊郾，吾復何憂！大司馬當擊宛。」遂遣復擊郾，破之，尹尊降。又東擊更始淮陽太守暴氾，氾降。
夏，四月，虎牙大將軍蓋延督駙馬都尉馬武等四將軍擊劉永，破之，遂圍永於睢陽。
故更始將蘇茂反，殺淮陽太守潘蹇，據廣樂而臣於永，永以茂為大司馬、淮陽王。
吳漢擊宛，宛王賜奉更始妻子詣洛陽降，帝封賜為慎侯。叔父良、族父歙、族兄祉皆自長安來。甲午，封良為廣陽王，祉為城陽王。又封兄子章為太原王，興為魯王，更始三子求、歆、鯉皆為列侯。
鄧王王常降，帝見之甚歡，曰：「吾見王廷尉，不憂南方矣。」拜為左曹，封山桑侯。
五月，庚辰，封族父歙為泗水王。
帝以陰貴人雅性寬仁，欲立以為後。貴人以郭貴人有子，終不肯當。六月，戊戌，立貴人郭氏為皇後，以其子彊為皇太子，大赦。
丙午，封泗水王子終為淄川王。
秋，賈復南擊召陵、新息，平之。後部將殺人於潁川，潁川太守寇恂捕得，系獄。時尚草創，軍營犯法，率多相容，恂戮之於市。復以為恥，還過潁川，謂左右曰：「吾與寇恂並列將帥，而為其所陷，今見恂，必手劍之！」恂知其謀，不欲與相見。姊子谷崇曰：「崇，將也，得帶劍侍側。卒有變，足以相當。」恂曰：「不然，昔藺相如不畏秦王而屈於廉頗者，為國也。」乃敕屬縣盛供具，儲酒醪，執金吾軍入界，一人皆兼二人之饌。恂出迎於道，稱疾而還。復勒兵欲追之，而吏士皆醉，遂過去。恂遣谷崇以狀聞，帝乃征恂。恂至引見，時賈復先在坐，欲起相避。帝曰：「天下未定，兩虎安得私鬥？今日朕分之。」於是並坐極歡，遂共車同出，結友而去。
八月，帝自率諸將征五校。丙辰，幸內黃，大破五校於羛陽，降其眾五萬人。
帝遣遊擊將軍鄧隆助朱浮討彭寵。隆軍潞南，浮軍雍奴。遣吏奏狀。帝讀檄，怒，謂使吏曰：「營相去百裏，其勢豈可得相及？比若還，北軍必敗矣。」彭寵果遣輕兵擊隆軍，大破之。浮遠，遂不能救。
蓋延圍睢陽數月，克之，劉永走至虞。虞人反，殺其母、妻，永與麾下數十人奔譙。蘇茂、佼彊、周建合軍三萬余人救永，延與戰於沛西，大破之。永、彊、建走保湖陵，茂奔還廣樂。延遂定沛、楚、臨淮。
帝使太中大夫伏隆持節使青、徐二州，招降郡國。青、徐群盜聞劉永破敗，皆惶怖請降。張步遣其掾孫昱隨隆詣闕上書，獻鰒魚。隆，湛之子也。
堵鄉人董反宛城，執南陽太守劉。揚化將軍堅鐔攻宛，拔之，走還堵鄉。
吳漢徇南陽諸縣，所過多侵暴。破虜將軍鄧奉謁歸新野，怒漢掠其鄉裏，遂反，擊破漢軍，屯據淯陽，與諸賊合從。
九月，壬戌，帝自內黃還。
陜賊蘇況攻破弘農，帝使景丹討之。會丹薨，征虜將軍祭遵擊弘農、柏華、蠻中賊，皆平之。
赤眉引兵欲西上隴，隗囂遣將軍楊廣迎擊，破之，又追敗之於烏氏、涇陽間。赤眉至陽城番須中，逢大雪，坑谷皆滿，士多凍死。乃復還，發掘諸陵，取其寶貨。凡有玉匣殮者，率皆如生，賊遂汙辱呂後屍。鄧禹遣兵擊之於郁夷，反為所敗，禹乃出之雲陽。赤眉復入長安。延岑屯杜陵，赤眉將逢安擊之。鄧禹以安精兵在外，引兵襲長安。會謝祿救至，禹兵敗走。延岑擊逢安，大破之，死者十余萬人。
廖湛將赤眉十八萬攻漢中王嘉，嘉與戰於谷口，大破之，嘉手殺湛，遂到雲陽就谷。嘉妻兄新野來歙，帝之姑子也。帝令鄧禹招嘉，嘉因歙詣禹降。李寶倨慢，禹斬之。
冬，十一月，以廷尉岑彭為征南大將軍。帝於大會中指王常謂群臣曰：「此家率下江諸將輔翼漢室，心如金石，真忠臣也。」即日，拜常為漢忠將軍，使與岑彭率建義大將軍朱祜等七將軍討鄧奉、董。彭等先擊堵鄉，鄧奉救之。朱祜軍敗，為奉所獲。
銅馬、青犢、尤來余賊共立孫登為天子。登將樂玄殺登，以其眾五萬余人降。
鄧禹自馮愔叛後，威名稍損，又乏糧食，戰數不利，歸附者日益離散。赤眉、延岑暴亂三輔，郡縣大姓各擁兵眾，禹不能定，帝乃遣偏將軍馮異代禹討之。車駕送至河南，敕異曰：「三輔遭王莽、更始之亂，重以赤眉、延岑之醜，元元塗炭，無所依訴。將軍今奉辭討諸不軌，營堡降者，遣其渠帥詣京師；散其小民，令就農桑；壞其營壁，無使復聚。征伐非必略地屠城，要在平定安集之耳。諸將非不健鬥，然好虜掠。卿本能禦吏士，念自修敕，無為郡縣所苦。」異頓首受命，引而西，所至布威信，群盜多降。
臣光曰：昔周人頌武王之德曰：「鋪時繹思，我徂惟求定。」言王者之兵誌在布陳威德安民而已。觀光武之所以取關中，用是道也。豈不美哉！
又詔征鄧禹還，曰：「慎毋與窮寇爭鋒。赤眉無谷，自當來東。吾以飽待饑，以逸待勞，折棰笞之，非諸將憂也。無得復妄進兵。」
帝以伏隆為光祿大夫，復使於張步，拜步東萊太守，並與新除青州牧、守、都尉俱東。詔隆輒拜令、長以下。
十二月，戊午，詔宗室列侯為王莽所絕者，皆復故國。
三輔大饑，人相食，城郭皆空，白骨蔽野，遺民往往聚為營保，各堅壁清野。赤眉虜掠無所得，乃引而東歸，眾尚二十余萬，隨道復散。帝遣破奸將軍侯進等屯新安，建威大將軍耿弇等屯宜陽，以要其還路，敕諸將曰：「賊若東走，可引宜陽兵會新安；賊若南走，可引新安兵會宜陽。」馮異與赤眉遇於華陰，相拒六十余日，戰數十合，降其將卒五千余人。
