1625年，後金大汗努爾哈赤（清太祖）將都城從遼陽遷到沈陽，從此沈陽成為了後金的都城，東北的政治經濟軍事中心也由遼陽變為沈陽。1634年，後金第二代領導人皇太極（清太宗），將沈陽更名為盛京，兩年後，皇太極在盛京正式稱帝，改國號後金為大清，即滿清（大清王朝、大清帝國），而後，皇太極開始了積極進取中原的宏圖大業。
崇禎十七年（1644年），滿清攝政王多爾袞趁中原動蕩之際，在漢人降將吳三桂的引領下率滿蒙漢八旗軍主力突入山海關，並在山海關大敗李自成，一戰終結大順政權，順利占領北京，成功入主中原。不久後，多爾袞將順治皇帝和孝莊太後以及大清帝國的政府機構從盛京遷往北京，加上此前多爾袞帶走的10余萬清軍主力，盛京實際上已經只剩下一個空殼子了。順治三年（1646年），順治皇帝正式下詔將盛京降格為留都，並以一名內大臣鎮守其地。
考慮到盛京的戰略位置以及「龍興之地」（東北）的重要性，康熙四年（1665年），康熙皇帝在盛京設定「鎮守奉天等處將軍」，即「奉天將軍」。乾隆十二年（1747年），又改稱「鎮守盛京等處將軍」，即「盛京將軍」，盛京將軍一職從此成為定例。
當時的盛京還保留了吏、戶、禮、兵、刑、工六部，儼然一個「獨立王國」。盛京將軍下轄盛京副都統、錦州副都統、熊嶽副都統、金州副都統、興京副都統以及副都統銜總管一人，分駐關外各戰略要地。其轄區大致就是現在的遼寧一帶，境內的滿蒙漢八旗軍加上家屬，近10萬人，全部歸屬盛京將軍節制，駐軍規模僅次於北京。
此外，盛京將軍還可以節制吉林將軍和黑龍江將軍，是大清帝國龍興之地的守護人。在兩次雅各薩之戰中，盛京將軍多次組織盛京、吉林、黑龍江等地的清軍馳援前線。當時，清廷出於內心深處防範漢人的狹隘意識，在山海關沿線實行封禁政策（柳條邊墻），禁止關內漢人出關到東北墾殖，盛京將軍作為此項政策的第一責任人，自然也就成為了滿清龍興之地的「守門員」。
第二次鴉片戰爭後，沙俄兵不血刃奪取了外東北60余萬平方公裏肥美的土地，這也給清廷敲響了警鐘，此後，清廷逐步放開關內漢人移民東北的限制，漢人以巨大的人口優勢抵消了沙俄的軍事優勢，這才讓東北留在了版圖內。
1904年至1905年，沙俄帝國與日本帝國在大清帝國的龍興之地爆發了一場醜陋的、狗咬狗式的戰爭，即日俄戰爭。此戰，讓大清帝國的虛弱無能暴露無遺，加速了清廷的覆滅。也是在戰爭中，清廷洞悉了日俄侵略東北的狼子野心，於是在戰後進行了力所能及的補救措施，其中最重要的就是廢除了關外的將軍管轄體制（盛京將軍、吉林將軍、黑龍江將軍） ，效仿內地建立行省，即奉天（遼寧）、吉林、黑龍江三省，每省設巡撫，三省之上設東三省總督。光緒三十三年（1907年），清廷下詔正式裁撤盛京將軍衙門，盛京將軍一詞也成為了一個歷史名詞。
