少陽病理階段是傷寒在氣機病位引起的病理反應。由於氣機的功能特性規定著它調節失常的病勢。
仲景則因勢用和解法，以柴胡湯為主對兼有表證裏證或其他證的俱以柴胡湯加減法治療。在少陽階段中也有熱人血室等並行性雜病。少陽經辨證治療系統如下頁表(3)
厥陰經病證治系統
厥陰病理階段為氣機病的陰性過程。
對厥陰病仲景未出示治法，但他揭示了厥陰階段中四個證候是氣機病的陰過程，也就是在機能衰弱和體液不足狀況下的氣機障礙。其辨證系統如下表(6):
六經病理階段在辨證治療上各成系統。六經證治系統又以病因的同性連線為一個傷寒辨證治療系統。六經病之間既以病性、病位的特殊性相區分，又以病性、病位的同一性相聯系。使千姿百態的具體的傷寒證候，以類相屬，而又分璧條理地編組為系統，聯接為系列的東西，這不是別的，正是傷寒病理過程本身的病因、病性、病位、病勢的特殊性質和同一性質。例如，同一病位依功能盛衰而分化為陰陽兩性病理過程，它們義因功能進退變化而相互轉化。同一病性的病理過程依據不同的病位而分化為三種過程，但又以同一的病性相聯系。不同病性的過程皆以同一的病位相聯系。如此地將傷寒病理發展過程中數以百計的特殊證候區分為六經，又聯接為一個整體。六經病之間的傳變皆取決於陰陽消長的變化:陰病轉陽則病退，陽病轉陰則病劇，陰病傷陽則病危。陽病傷陰由表傳裏，陽病傷陽則向陰性發展，陰病傷陽則二陰合並，陰病傷陰則陰竭陽脫。在治療方面，陽病治陰，治陰在保津津有味液，陰病治陽治陽在扶正氣。汗吐下清和諸法，皆祛邪法。邪氣去則津液存、正氣安助陽溫經、助陽溫裏、回陽救逆諸法皆扶正法。正氣勝則邪氣衰。六經辨證與治療也是一個整體。因為辨證是方法，治療是目的;辨證是治療的根據，治療是辨證的結果。因勢利導是根據外界致病因素引起的傷寒病，是長期的實踐中的總結，它本身即是按照客觀規律去解決矛盾之意陽性病以祛邪、陰性病以扶正的治療原則，正是在因勢利導思想基礎上根據陰病和陽病的客觀規律而產生的。例如，陽性病因功能強盛體液充足而發生功能亢進與代謝增高的抗禦反應，自可根據病位的功能特性順應其抗禦趨向以祛除病理物質。如太陽病在表用汗法，陽明病在上用吐法，在下用下法，裏熱用清法，少陽病在氣機調節失常用和法。陰性病因功能衰退和代謝減低，這自應鼓舞機體功能提高抗禦能力，以改變正邪之間的矛盾地位。如少陰病為表病的陰性過程，因體溫不足而惡寒身疼脈微欲寐，知為陽虛表寒之勢，所以用助陽溫表法以提高體表組織功能而利於抗病。太陰病為胃腸的陰性過程，胃腸因功能衰弱血迴圈不足而吐利腹疼，為陽虛裏寒之勢，所以用助陽溫裏法以提高胃腸功能而止其吐利疼痛。六經辨證與治療是一個整體。雖然辨證可自成系統，而治療方面亦自成系統。但辨證與治療卻是一個不可分割的關系，一旦分割開來，便俱失存在的意義了。
傷寒六經是一個完整的辨證治療體系。其縱的關系表現了它的系統性，其橫的關系表現了它的系列性。如太陽病是由一個桂枝湯證的證治系列和一個麻黃湯證的證治系列所組成，陽明病是由一個瓜蒂散證的證治系列和一個白虎湯證的證治系列，及一個承氣湯證的證治系列所組成;少陽病是由一個柴胡湯證的證治系列組成。太陽、陽明、少陽諸證為一個傷寒陽性並證治系列。少陰病是一個附子湯證治系列，太陰病是一個四逆湯證治系列。少陰、太陰諸證是一個傷寒陰性病證治系列。陰、陽兩大系列為一個傷寒病的證治系列。傷寒六經辨證治療體系，縱成系統、橫成系列、辨證與治療，裏法與方藥，井然有序,渾然一體，正是傷寒病理過程本身發展規律的反映，是長期臨床實踐認識的結果。它是祖國醫學中最完美的辨證治療系統，是祖國醫學光輝的科學成就。但【中國醫學史略】卻說:「【傷寒雜病論】是一部條文式臨床劄記性的著作……既沒有系統的專門論述，每條條文也不是加以明確的說明。」是的,所謂條文劄記性，是【傷寒論】的簡書的文字形式，但這並不妨礙條文之間的內在聯系。六經本身即是專門的系統，只是仲景作出了傷寒雜病論,沒有加以「明確的說明」,這也正如史前人類發明了鉆木取火而沒有說明摩擦生熱一樣!
