1945年抗戰勝利後，國共和談簽訂雙十協定，條款中要求取消軍統特務組織。蔣介石迫於壓力，給戴笠下令，取消軍統局。
然而還沒等這一命令落實實施，戴笠就因飛機炸毀死了。軍統群龍無首，更是岌岌可危，各方面要求取消軍統的呼聲一浪高過一浪。
國民黨政府內很多和軍統有深厚友誼的高官都認為，軍統這次是真的要垮了。但毛人鳳卻不那麽悲觀，他認為蔣介石對於軍統這個特務機構是很喜歡的。盡管蔣介石面臨的外界壓力很大，但一定會想辦法讓特工工作繼續下去。
戴笠死後，軍統內部就屬毛人鳳和鄭介民勢力最大，毛人鳳揣摩出蔣介石的意圖，就開始積極為蔣介石獻言獻策。
軍統這塊招牌上染得鮮血太多了，名聲極差，想改頭換面不是個容易的事。毛人鳳絞盡腦汁也沒什麽思路，他找自己的好友唐縱商量對策。
唐縱一心想把控內政部次長和全國警察總署署長的位置，他希望把軍統這個組織拖到警察總署下面，就對毛人鳳講：「幹脆把軍統局改成‘國防警察局’」。
毛人鳳一聽就知道唐縱打得什麽算盤，但他認為，軍統的工作性質特殊，無論掛靠在什麽部隊，都是直接聽蔣介石指揮，所以同意了唐縱的意見。
1946年6月12日，毛人鳳借蔣介石為戴笠在南京舉行葬禮的機會，向蔣介石講了唐縱的意見。哪知蔣介石一聽就說：「不脫，警察的工作和軍統的工作完全是兩回事，不能弄到一起。」
毛人鳳見蔣介石反對，立即又獻上第二種建議：「原來軍統局隸屬於軍委會。軍委會現在改組為國防部了，那不如順理成章，讓軍統組織附設在國防部，改成國防部調查統計局，畢竟以前也是統計局。」
蔣介石眉頭皺了起來，不高興地說：「你怎麽老也忘不了調查統計局這塊招牌，對這塊招牌感情就這麽深？這個也不合適。」
毛人鳳兩條建議都被蔣介石毫不留情的否決，他頓時有點抹不開面子，小聲分辨說：「校長，學生提出此建議，是為了......」
毛人鳳解釋了一大段，蔣介石依舊否決：「不行，調查統計局這塊招牌絕對不能再用。無論是外部還是內部的人，用這一點做文章，我們就會落人口實。」
毛人鳳只好說：「校長明鑒，學生再去好好推敲推敲。」
蔣介石：「還推敲什麽？我已經想好了，考慮到原軍統工作的特殊性質，我擬定以後改組為——保密局。這個名稱又能體現軍統德國工作性質，又是一個新的部門，很合適嘛！還是按照以前的所屬關系，保密局掛靠在國防部下面，其他方面暫時維持原狀。」
蔣介石又囑咐毛人鳳一些工作，就讓他回去了。
1946年7月1日，保密局於南京馬台街22號正式宣告成立。但毛人鳳並沒有當上局長，還是資歷更深的鄭介民當了局長，毛人鳳、唐縱為副局長。
但保密局這三巨頭的格局並沒有保持多久，唐縱主動結束了保密局內部的爭鬥。他知道蔣介石不喜歡特工拉幫結派，而且蔣介石還給了唐縱新的任命，他如願當上了內政部次長兼全國警察總署署長。
毛人鳳為了奪取保密局的大權，設計圈套陷害鄭介民，蔣介石對鄭介民越發不滿。1948年，毛人鳳順利接過保密局局長的位置，保密局成了他一家獨大，直至他1955年病逝。
