在清代，西寧是甘肅的一個府治。此地有眾多撒拉族，他們與回族一樣皆信仰伊斯蘭教，然而因教派差異，時常發生沖突。1861年2月，巴燕戎格廳的撒拉族人與西寧城內的回民因辯論教義產生爭端，進而引發械鬥。這本屬民間鬥爭，但當時的陜甘總督樂斌卻認定是撒拉族聯合回族謀反，令甘肅提督成瑞帶兵鎮壓。
清朝的甘肅
由於西寧的回民因官府「以穆制穆」的政策而敵視衙門，加上甘肅其他地方的回民響應陜西回民起義，在馬桂源的堂叔馬文義等人的煽風點火下，原本械鬥的撒拉族和回族握手言和，將矛頭指向官府衙門。馬文義率領回民以紅土坡、青沙山為基地，聚集民眾武裝造反。他們擊敗當地官軍，占領從享堂峽到碾伯的大道，切斷西寧到蘭州的通路，周邊的回民、撒拉族紛紛起事響應。
1862年10月，接任西寧辦事大臣的玉通在形勢逼迫下，向朝廷保舉馬桂源為西寧知府，其兄馬本源為西寧鎮標遊擊，代行總兵職務。自此，馬桂源、馬本源兄弟掌控了西寧的軍政大權。名義上是官府安撫了回民，實則是回民統治了官府。西寧由此進入長達十年的「三馬統治」時代。1871年，馬文義病逝，在馬桂源安排下，西寧回軍由其堂叔馬永福接管。馬永福性格懦弱，完全聽從馬桂源安排，而馬桂源則成為西寧的地方長官和回民教主，掌控著西寧回民的軍事力量。
左宗棠收復河州的馬占鰲後，出兵進攻馬桂源所在的西寧。左宗棠此前擊敗實力最強的金積堡的馬化龍的訊息，令盤踞在西寧的回族頭目膽寒。他們欺負當地百姓尚可，但對抗左宗棠無疑是以卵擊石。此時盤踞西寧的回族頭目，除了當地土回，還有從陜西逃來的回軍首領崔偉、禹得彥、白彥虎等人。其中崔偉最想投降，他得知在金積堡投降的陳林被左宗棠安置在平涼過上安定生活，欲透過陳林向左宗棠投降，可白彥虎不同意，因其深知自己作惡多端，不會被赦免。接替馬文義的馬永福性格懦弱，懼怕左宗棠，也想投降卻不敢言。馬桂源和馬本源兄弟因不願放棄在西寧經營十年的勢力，決定對抗到底。盡管他們此時處境相同，但各懷心思。
1872年8月，劉錦棠從湖南新招募三營步兵和兩隊騎兵補充湘軍兵力，全軍共四營8000人，加上輔助的客軍四營2500人，總計1萬多人。這支萬人部隊經金積堡大戰休整後，戰鬥力和士氣頗高。左宗棠命劉錦棠率18營大軍進攻西寧。西寧位於湟水南岸，軍隊抵達需透過從碾伯到西寧湟水一帶的河谷地帶，兩岸高山對峙，湟水從中流過，山路繁雜，地形險要。白彥虎等人帶領回軍在此修築大量堡壘，並埋伏眾多陜西帶來的回軍。馬桂源和馬本源也派當地土回隊伍支援，當地土回自幼練習叉子槍，技藝精湛，百步外能射中飛鳥，皆是射擊高手。
劉錦堂大軍進入碾伯後，回軍利用山谷有利地形，一方面堅守戰略要點，一方面繞到清軍後方截斷糧道，使清軍疲於應對。至10月，青海氣溫驟降，且此地海拔頗高，來自南方的湘軍極難適應這種氣候。從9月中旬至11月中旬，劉錦堂率老湘軍與回軍進行50多場硬仗，推進緩慢。左宗棠緊急派出劉明燈率領馬步6營和楊士俊率領馬步11營增援劉錦堂，這已是左宗棠所能派出的全部力量。劉錦堂得到支援後，向回軍發起猛烈攻擊，回軍節節敗退，劉錦堂終於沖出河谷地帶，直逼西寧。
馬桂源十分擔心會被清軍圍城，害怕陷入金積堡那種斷糧的艱難困境，所以決定把防守的關鍵放在西寧的外圍防線。接著，他率領回軍的主力出城去迎戰敵人。馬桂源帶兵出城之後，在西寧城內的西寧道郭襄之，長期被馬桂源壓制，雖然不敢公開反抗，可心裏對馬桂源充滿了怨恨。就在這個時候，他趁機策反了原本就有投降想法的回軍首領馬永福，還聯合城裏的漢人官紳安排軍隊，關閉城門防守，不讓馬桂源再進城。這樣一來，馬桂源和馬本源兄弟就陷入了兩面作戰的艱難境地，很快就支撐不住了，只好放棄西寧，逃往巴燕戎格。
陜西回軍的首領崔偉、禹得彥向清軍投降，白彥虎帶著一隊人退到了大通，和馬壽領導的當地回民武裝一起繼續抵抗清軍。到了1873年2月，清軍先後攻克了向陽堡和大通縣城，白彥虎率領2000多人朝著肅州的方向逃走。
走投無路的馬桂源找到了馬占鰲，希望能透過他向左宗棠請求安撫。要知道，馬桂源是老教教主，馬占鰲算是他的弟子。但是，馬占鰲特別不希望馬桂源得到安撫，因為要是馬桂源被安撫了，憑借他的影響力，朝廷肯定不會重視自己。結果，馬桂源兄弟被馬占鰲騙到了左宗棠的清軍大營，兩個人都被斬首了。
由於馬占鰲出賣了教主馬桂源，他特別害怕遭到報復，於是積極帶兵去清理馬桂源的殘余勢力，手段比清軍還要兇狠。左宗棠作為西北代理人的策略成功了，在此之前，馬桂源和馬化龍既是教主又是軍閥，建立了政教合一的體制，他們的合法性是來自宗教。然而如今的馬占鰲，已經沒有了教派的號召力，他得依靠中央政府，還成了正統教派門宦的敵人。左宗棠很有遠見，馬占鰲在後來確實不停地削弱門宦的力量，左宗棠成功地守護住了中國西北部，使其沒有被分裂。馬占鰲、馬千齡、馬海晏的後人，也就是後來的西北馬家軍，變成了稱霸西北的軍閥。在日本侵略的時候，日本人想要和馬家軍合作，承諾支持他們在西北建立伊斯蘭國，但是他們始終沒有背叛自己的祖國，其中一個重要的原因就是他們沒辦法建立起基於教派的政權。
