1936年12月12日，西安事變中，蔣介石成為階下囚。張學良和楊虎城通電全國，提出抗日救亡的八項主張，並調兵遣將，準備應付中央討伐軍的進攻。
然而就在這個關鍵時刻，馮欽哉作為楊虎城的老部下，卻投敵叛變。
其實，馮欽哉叛變，主要的原因還是透過國民黨四十六軍軍長樊松甫的拉攏。
12月13日，在西安事變發生的第二天，國民黨樊軍占領了潼關，他們在原地等待著進一步指示。
而在他們的對面就是馮欽哉，當時他們正要接手潼關，但已經被樊軍拿到。正在這個時候，樊崧甫給馮欽哉打來了一個電話。兩人曾經也很是熟悉參加過北伐，開始樊崧甫就以舊相識的身份和他寒暄。之後又想套話，詢問如果張學良和楊虎城叛變，你是什麽態度？
馮欽哉直言，如果楊虎城要他打西安，他是不會幹的。樊崧甫知道了馮欽哉的態度，感覺到能拉攏他，一時勸說馮軍靜靜地等待解決。雙方也頻繁地傳遞著訊息，沒想到面對樊崧甫的拉攏，馮欽哉竟然一口答應。
其實，也和樊崧甫拉攏人的手段有著很大的關系。私下裏，他還關照著馮欽哉的買賣。
不久之後，他還派出孔祥熙來拉攏馮欽哉，對他備施恩惠。馮欽哉自然受寵若驚，也就站到了樊崧甫這邊。兩人在和戰的問題上保持著一致的立場，不參加張楊兩人的叛亂。而當時遠在南京的何應欽，一再命令樊軍向西安進攻，也是這個原因。
馮欽哉後來徹底叛變，和樊崧甫等人發表了聯名通電，大罵張學良是千古罪人，之後把楊虎城派來的聯絡參謀殺害。徹底宣布自己脫離了楊虎城。這樣的局面，對西安來說是一個打擊。
對此，楊虎城也沒有什麽辦法。
在這之後，不管何應欽怎麽威脅樊崧甫，樊崧甫都不讓步。他之所以敢大膽拉攏馮欽哉，一方面是有孔祥熙做靠山，另一方面還是氣何應欽給他的管制太小。之後在樊崧甫的說服下，何應欽派馮欽哉為渭北剿匪司令，撥款10萬元。將軍誒是被釋放之後，馮欽哉職務上升，幾乎和樊崧甫平起平坐。
西安事變之後，馮欽哉在國民黨內部青雲直上，仕途順利，抗戰爆發後，先後擔任軍團長、司令員等等。不過，在抗日戰爭結束之後，他也曾多次受到蔣介石嫡系將領的排擠，決定在解放前退隱。
解放戰爭之後，他才終於看清楚了形勢，拒絕跟蔣介石南下去台灣。對於這個選擇，他的態度始終堅定，他知道共產黨是不殺俘虜的。
後來他還積極促成了北平的和平解放。在和談的關鍵時刻，傅作義決定找一位和共產黨關系密切的人作為自己的代表，馮欽哉和鄧寶珊關系不錯，促成了這段關系。
很快，他們順利達成了協定。
北平糊平解放之後，毛主席也曾下令給他安排合適的工作。
對此，馮欽哉態度卻很是讓人奇怪，他拒絕道：「我不能對不起蔣介石，就算槍斃也不做官，我要學傅青主……」於是，他在家養雞，過著悠閑的生活。
不過在1956年，他還是出來加入了民革，參加了工作，為社會主義的建設而建言獻策。
