中醫藥學在長期的臨床實踐中對中藥不良反應的規律已有一定的認識，這些不良反應的產生與各類中藥的藥物性質有必然的聯系，例如補氣藥的壅塞、滯，苦寒藥易於傷陽，溫熱藥易於傷陰等。但經過特殊炮製，加上合理配伍和服用得當，這些不良反應是完全可以避免的。
下面簡單總結一下中藥飲片發生藥物不良反應常見的原因。
1.藥物本身因素
藥力峻猛的中藥引起不良反應的機會較多，如附子、大黃、麝香、大戟、商陸、鬧羊花、蟾酥、川烏、草烏、細辛、甘遂、芫花、雄黃等。六神丸因方中含藥力峻猛的麝香、蟾酥、雄黃的比例較高，出現不良反應的病例報道就較多，可引起藥疹、急性咽喉炎、先兆流產、藥物性肝炎、心律不整、心臟損害、過敏性紫癜，甚至引起中毒性休克。由於中藥往往具有多種效應，在治療某種特定病證時，其他效應便成為副作用。例如當歸有養血活血潤腸的功用，若用其養血活血的功用時，潤腸的功能便成為副作用，可引起腹瀉或使慢性腹瀉加重，即可視為不良反應。
2.誤食誤服
很多中藥來源於天然植物，采摘、栽培地區易於獲得鮮品，但通常鮮品未經炮製，其毒性更加峻烈。例如半夏，很多病例報道屬於誤食鮮品造成急性中毒。另外，中國自古就有制作服用藥膳，強身健體的習俗。但是，這類自我治療的家庭用藥多不能在專業醫師的指導下正確使用，在劑量、加工方式、辨證等方面都可能出現問題。例如煮食瀉、甚至死亡。還有一些民間驗方，用單味藥來治療某種疾病，同樣由於沒有專業醫師指導，通常使用劑量偏大。例如用附子泡酒、抓食蜈蚣、炒蠍子，導致的急性中毒。
3.藥證不符
中醫臨床首重辨證論治，當「有是證，用是方」，也就是方證對應。若不論陰陽，不辨虛實，不分寒熱，純以癥狀給藥，犯下虛虛實實的錯誤，就會適得其反。例如，人參是補氣藥，適用於氣虛證候，若用於陰虛陽亢內有虛熱者，就會出現頭暈、心悸、失眠、鼻衄、口舌生瘡、咽喉疼痛、便幹、食欲減退等所謂人參濫用症候群。Sicgel曾對133例長期服用人參的慢性虛弱者進行分析，這些人平均每人每天服人參3克，連續一個月，結果全部出現了中樞神經興奮和刺激癥狀，還有26人咽喉刺激、9人性欲亢進、6人抑郁、14人浮腫、7人食欲降低、5人血壓下降、4人閉經。
4.用量過大
中醫辨證用藥，既要對證，每味藥的用量又要適當。劑量的大小應根據陰陽偏盛偏衰的程度，因證而定、因方而別、因人而異，而且因地因時制宜。若用量過大或用藥時間過長，就會出現不良反應。例如川芎為活血化瘀的常用藥，一般常用量為3～9克。
曾報道1例一次服用川芎21克，約20分鐘後出現劇烈的頭痛、嘔吐等不良反應，經臥床休息後漸止，後減至3克，續服1劑，未再發生頭痛現象。
有些中藥含有毒性成分，如附子中含有烏頭堿，小劑量使用具有治療作中毒；
有些中藥不含有毒成分，過量服用也會引起中毒，如過量服用肉桂就會引起血尿。
「甘草」，長期服用或劑量過大，可引起低血鉀，脘腹痞滿或水腫。補益劑也不可隨意服用，例如超量服用人參，可出現口鼻出血，煩躁不安甚至死亡。可見，中藥的毒副作用是相對的，即使藥性平糊的藥物，超大劑量、久服也會對人體產生危害。
5.服用時間過長
中藥的「有毒」與「無毒」是相對概念，縱使毒藥，用之得當，亦可起頑屙、救人於水火；無毒「上品」，若不加節制濫用也可陷人於危難。
例如甲亢患者服用黃藥子12～15克，連續45天後，毒素蓄積，肝昏迷後死亡。炙甘草長期服用可引起低血鉀，但只要定期進行監測，及時發現損傷征兆，停藥進行對癥處理後均可恢復。還有一些患者服了中藥之後，癥狀明顯減輕，自我感覺良好，不少人選擇繼續服用，期望達到根治的目的。這種做法也有可能產生不良反應。張仲景的【傷寒論】中經常提到「藥後病瘥，停後服，不必盡劑」，就是為了強調「中病即止」，避免因為服藥時間過長造成患者健康受損。
6.炮製不當
炮製的目的，就是要「減毒增效」。例如柏子仁需要去除揮發油，以消除致瀉、發揮養心安神的作用。半夏所含強烈刺激黏膜的化學物質可以造成劇烈嘔吐，用生姜、白礬、甘草等輔料炮製，可降低或夏炮製不到位造成不良事件，臨床也很少用生品直接入藥。
7.配伍不合理
中藥的臨床使用大多為復方套用，最常見的不合理配伍就是「十八反」、「十九畏」。值得註意的是中藥與一些西藥聯合使用過程中出現的不良事件。如朱砂或含朱砂的中成藥，與溴化物、碘化物、亞硝酸鹽同時使用，朱砂中的二價汞被還原後，成為有毒的溴化汞、碘化汞等，導致藥源性腸炎。鹿茸、甘草等若與阿司匹林等水楊酸類合用，可加劇或誘發消化道潰瘍，因為前者具有類糖皮質激素樣成分，可促使胃酸分泌加強，並減少胃黏膜分泌。
8.個體差異
人體作為復雜個體，個體與個體之間既存在一致性，也存在差異性。這種個體差異性體現在以下幾個方面。
（1）種族差別。在中藥急性毒性試驗時，可因動物種屬不同而出現顯著的差異，在不同種族的人群中同樣會出現不同的反應。
（2）體質差異。不同個體存在著正常的生物學差異。由於基因多型性個體差異，有的人對於某些藥物耐受性較差或「超敏」，易出現過敏反應。此外，所有的藥物均以異物形式進入機體，過敏體質者出現過敏反應的概率也偏高。
（3）性別、年齡因素。有文獻報道，女性發生藥物不良反應比男性多，如婦女哺乳期會對許多藥物反應敏感。老年人、嬰兒和青壯年對於藥物的反應也各有差異，一發生不良反應，這與藥物代謝速度、腎臟排泄功能有關。
根據上述常見中藥不良反應發生的原因可以看出，中藥飲片的不良反應大多不屬於「正常的用法用量」，因此真正屬於不良反應的病例並不多。但是，中藥在人們心中固有的概念需要時間去糾正，因此仍然有必要提出中藥合理套用的概念，加強臨床醫生的安全套用意識，從而減少患者痛苦，更好的為國人提供醫療服務。
