刘备占领四川前后曾长期使用朝廷授予他的「左将军」称号，其最高军政中枢机构亦名为「左将军府」,平时的庶务由诸葛亮与助手董和代为署理。胡三省注：「署府事者，总录军府事也。」
建安二十四年(219)秋，刘备表请立为汉中王，其左将军府改称为大司马府，并在两年后他称帝时予以撤销。
刘备的大司马府与以前的左将军府相比，其情况发生了以下变化。其一，由先主自己主持治事，不再委托别人。
在此前的五年内，刘备有很长时间不在成都，他先在建安二十年(215)领兵东下，与孙权争夺荆州的江南三郡，后又坐镇江州指挥张飞等反击入侵巴西的张郃所部。
建安二十二年(217)冬，刘备率诸将北赴汉中作战，至二十四年(219)七月战役胜利结束。 在他领兵外出期间，成都的左将军府由诸葛亮代理署事，全权处置，包括州郡重要职务的任免，例如使杨洪取代法正的蜀郡太守。
而刘备称汉中王后， 「于是还治成都」 。表明此后的大司马府是由诸葛亮、董和等办理日常庶务，而军国要事则由刘备自己处治，直到在他称帝后撤销该府之时。其二，建立尚书台，分割了大司马府的部分权力，并最终将其取代。
建安二十四年(219)秋，刘备的左将军府改称大司马府之后，又成立了尚书台，任用法正为长官。「先主立为汉中王，以正为尚书令、护军将军。明年卒，时年四十五。 」法正担任此职仅仅一年，随即由谋士刘巴继任。
东汉中央政府的尚书台设置于宫内，收纳公卿百官的章奏，转交皇帝批复后下发给各部门执行，其地位与作用非常重要。如李固所称：「尚书出纳王命，赋政四海，权尊势重，责之所归。」这个部门总理全国事务 ，以尚书令为主官，副职为尚书仆射，下设五曹。
如安作璋、熊铁基所言： 「从中央到地方，从官府到民间，从国内到国外(从内地到边境)所有的事都管到了，可见其职权范围是很广的。」
刘备在成都仿效汉朝制度，建立这样的机构，势必会将大司马府，即原来的左将军府的许多业务与职能转移到尚书台。刘备为什么要在大司马府之外建立尚书机构呢?笔者分析应有以下两个主要原因。
首先，要为蜀汉建国、正式称帝预做准备。当时曹操已经自称魏王，在邺城设立公卿百官，其篡夺汉朝的野心路人皆知，献帝被废只是时间早晚的问题。
在这样的政治形势下，胸怀大志的刘备亦步亦趋，也企图在不远的将来建立王朝，登极称尊。封建国家机器是一个庞大繁杂的组织，尚书台是它运转所必需的中枢机构，它和公卿百官的建立和运作需要一个过程，不可能一蹴而就。
为此刘备需要抓紧时间筹建若干政府机构，以免临时仓促，尚书台是其中最重要的部门。此外，刘备还建立了许多官僚组织。例如任许靖为太傅， 「用荆楚宿士零陵赖恭为太常，南阳黄柱为光禄勋，(王)谋为少府」。
这些都是刘备在大司马府之外另设的公卿官员。由此可见，刘备称汉中王，建立公卿百官机构和尚书台，是从军府这种临时性地方政权转型为封建国家的必要步骤。后来刘备称帝，基本上沿用汉中王时期设立起来的官僚系统进行统治。
其次，另建一个脱离公卿等外朝官员的中枢机构。东汉自开国皇帝刘秀始，设在宫内的尚书台就成为君主削夺三公九卿权力，实行独裁统治的御用工具。
仲长统曾说： 「光武皇帝愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下，虽置三公，事归台阁。自此以来，三公之职，备员而已。」
李贤注：「台阁谓尚书也。」尚书台控制着公卿百官的章奏上传与皇帝诏书诰命下达的渠道，不仅了解国家机密，而且还能利用接近皇帝的便利条件发表意见，参与并影响天子的裁决。
如陈忠所言： 「今之三公，虽当其名而无其实，选举诛赏，一由尚书，尚书见任重于三公。陵迟以来，其渐久矣。」
刘备在称汉中王后建立的尚书台，其长官尚书令由法正担任，他在刘备夺取四川的战争中屡献计谋，立有大功，故深受信任。
后来他又策划并参与指挥进攻汉中、上庸获得成功，致使刘备对其言听计从，这方面连诸葛亮都自叹不如。继任法正为尚书令的刘巴(字子初),也是蜀汉少有的智谋之士。
诸葛亮曾说：「运筹策于帷幄之中，吾不如子初远矣!若提枹鼓，会军门，使百姓喜勇，当与人议之耳。」尚书台的官员还有杨仪，他原来是关羽府内功曹，「遣奉使西诣先主。
先主与语论军国计策，政治得失，大悦之，因辟为左将军兵曹掾。及先主为汉中王，拔仪为尚书」。再如任尚书郎的蒋琬，诸葛亮称他为 「社稷之器，非百里之才也」 。综上所述，刘备选用的尚书台官员都是极为精明强干之人，由此可见这一机构的重要性。
那么，刘备建立尚书台的目的是否也和光武帝一样，是为了削夺公卿的权力呢?答案应是肯定的。曹丕篡汉称帝之后，刘备也在群臣劝进下登极。 「章武元年夏四月，大赦，改年。以诸葛亮为丞相，许靖为司徒。置百官，立宗庙，祫祭高皇帝以下。」
这里需要强调的是，蜀汉虽然建立了公卿百官，但是与汉朝制度有所不同。西汉丞相「金印紫绶，掌丞天子助理万机」。府内属下有长史、司直与诸曹吏员共三百余人。
东汉不设丞相，立太尉、司徒、司空为三公，亦有公府，各设长史一人，掾史属与令史及御属数十人。而蜀汉建国后的诸葛亮虽出任丞相，却没有开府治事，手下并无掾吏幕僚。
这一情况引起了史家的关注，单敏捷即指出：「刘备时期诸葛亮一直没有自己的属官，无论是军师中郎将、军师将军，还是丞相，我们都看不到有关军师僚属或是丞相掾属的记载。」据历史记载，诸葛亮是在担任丞相的第三年，即刘禅继位当年(223)才有了自己的相府。「建兴元年，封亮武乡侯，开府治事。」
刘备称帝之前，诸葛亮先后以军师将军署左将军府事、署大司马府事，刘备称帝后大司马府撤销， 「(诸葛)亮以丞相录尚书事，假节」。
即在尚书台与尚书令刘巴共同处理政务。由此可见，刘备立尚书台的最终目的是取代原来的左将军府与大司马府，并且把处理军政要务的中枢机构迁至宫内，设在自己身边以便操纵。
就某种程度来说，他在加强君主集权方面超过了东汉的诸位皇帝，因为自光武帝以来虽然 「事归台阁」 ,但东汉三公还有自己办公的府署。刘备却只设立丞相、司徒二公，且不建公府，诸葛亮必须到尚书台去办公，可见刘备削夺丞相及外朝权力已经达到登峰造极的地步。
诸葛亮虽是刘备的股肱之臣，但从刘备占领成都到后来东征孙权的活动来看，他与诸葛亮的关系有疏远的倾向，而且怀有某种程度上的戒心。诸葛亮刚入先主幕下时，两人非常亲近，刘备自称： 「孤之有孔明，犹鱼之有水也。」
刘备调诸葛亮、张飞、赵云入川后，他外出用兵时留诸葛亮镇守成都，主持后勤供给与根据地之安全保障，这是非常重要的工作，体现出他作为股肱之臣的地位与信任。
但是另一方面，刘备又对诸葛亮有所疑虑，很少让他参与军事与外交方面的决策事务，致使诸葛亮的聪明才智未能完全发挥。王夫之因此批评刘备「且信武侯而终无能用也」。
何兹全曾指出： 「后来的两次大战，争汉中和争荆州，刘备都是自己负责，没有带诸葛亮做参谋，更足以说明诸葛亮的地位。
争汉中，是刘备和曹操之间的一次大战，刘备没有带诸葛亮，去的是法正。关羽死后，刘备倾全力去和孙权争荆州，这是刘备生死存亡的大关，也是刘备独往，没有带诸葛亮。」
由此认为， 「在刘备生前，诸葛亮只是受命而行的行政能臣，并不是协助刘备决策的人；特别在军事方面，还不是赞助刘备决策的人」 。法正死后，刘备执意东征孙吴为关羽复仇，拒绝了群臣的苦谏，诸葛亮却对此未加劝阻。
后来兵败猇亭的消息传到成都，诸葛亮感叹道：「法孝直若在，则能制主上，令不东行；就复东行，必不倾危矣。」胡三省评论道：「观孔明此言，不以汉主伐吴为可，然而不谏者，以汉主怒盛而不可阻。」这也表明他们的关系已不像起初那样如鱼得水。
刘备对诸葛亮的担心，集中体现在他临终前的嘱托里。 「君才十倍曹丕，必能安国，终定大事。若嗣子可辅，辅之；如其不才，君可自取。」 后人对此解释不一，如陈寿认为是相得之言，「诚君臣之至公，古今之盛轨也」。
康熙皇帝说是「猜疑语」,孙盛则斥为「备之命亮，乱孰甚焉!」指出这是权术中的「诡伪之辞」,很容易产生误解和动乱。
王夫之则认为这不是孤立的事件，联系此前有关种种情况，说明刘备尽管对诸葛亮委以重任，但确实有防范之意，又不理解他一贯主张的联吴抗曹方针，因而限制了诸葛亮才干的发挥。「先主之信武侯也，不如其信(关)羽，明矣。
诸葛子瑜奉使而不敢尽兄弟之私，临崩而有‘君自取之’之言，是有武侯而不能用。」 由此看来，刘备称汉中王后立尚书台，称帝后撤销大司马府，致使诸葛亮名为丞相，却连自己的公府和僚属都不能拥有。
由此可见，蜀汉尚书台的建立，具有削夺公卿(主要是诸葛亮)权力的作用。不过这种限制，只是在刘备驻跸成都时才会发生作用。
由于蜀汉人才匮乏，找不到能与诸葛亮比肩的俊杰，一旦刘备领兵外出征战，尚书台只能派出少数人跟随前往，即建立随军的「行台」。镇守益州与主持成都尚书台的工作，还是要交给诸葛亮来负责，使其成为刘备在后方的全权代理人。
章武二年(222)闰六月，先主在猇亭兵败后退守永安(今重庆市奉节县),并未撤回成都。他在当地大建宫城，调兵遣将加强峡口的防务，还想伺机收复荆州的失地。
洪武雄认为「刘备初似有长驻永安之意」可以信从。另外，刘备又将尚书令刘巴召至永安。谭良啸据此指出： 「刘备驻白帝城后既建行宫，同时将尚书台移来，作为自己身边处理朝政事务的机构。」
也就是说，设在永安的已经不是过去临时性质的随军行(尚书)台，而是正式的尚书机构。后来刘巴去世，刘备又召李严来继任此职。「章武二年，先主征严诣永安宫，拜尚书令。」
罗开玉对此评论道：「刘备是要在身边重新建立一个处理全国军政事务的‘尚书’机构，这机构就由李严总负责。
诸葛亮在成都对军政事务的处理意见，要通过李严的机构后才能到达刘备那里；刘备的旨意要先通过李严的机构才能到达诸葛亮的机构里!这对诸葛亮及其在成都的‘尚书’班子都是重大威胁!
刘备的这一举动，不仅含有要培植李严力量，要他与诸葛亮分权之味，也是当时蜀汉朝廷中重大人事变动的信号……东汉尚书令取代丞相之事，方离去不远，完全可能在蜀汉重演。」
如果说刘备出征时让诸葛亮在后方主持尚书台工作是形势所迫，不得不这样做；那么先主回国后即调尚书令到永安的用意很明显，就是要将最高军政中枢机构留在自己身边，以便就近控制，不受他人操纵，而诸葛亮「录尚书事」的职权遭到了削弱。
但是，刘备回到永安后不久便病情加重，至章武三年(223)四月病逝。他在临终托孤于诸葛亮，任命其为首辅大臣。
而刘禅继位后，诸葛亮独揽大权，蜀汉全国的军政要务均由丞相府处置 ，尚书台随即成为有名无实的机构，由此改变了此前的政体结构与刘备削夺外朝官员权力的初衷。
