1625年，后金大汗努尔哈赤（清太祖）将都城从辽阳迁到沈阳，从此沈阳成为了后金的都城，东北的政治经济军事中心也由辽阳变为沈阳。1634年，后金第二代领导人皇太极（清太宗），将沈阳更名为盛京，两年后，皇太极在盛京正式称帝，改国号后金为大清，即满清（大清王朝、大清帝国），而后，皇太极开始了积极进取中原的宏图大业。
崇祯十七年（1644年），满清摄政王多尔衮趁中原动荡之际，在汉人降将吴三桂的引领下率满蒙汉八旗军主力突入山海关，并在山海关大败李自成，一战终结大顺政权，顺利占领北京，成功入主中原。不久后，多尔衮将顺治皇帝和孝庄太后以及大清帝国的政府机构从盛京迁往北京，加上此前多尔衮带走的10余万清军主力，盛京实际上已经只剩下一个空壳子了。顺治三年（1646年），顺治皇帝正式下诏将盛京降格为留都，并以一名内大臣镇守其地。
考虑到盛京的战略位置以及「龙兴之地」（东北）的重要性，康熙四年（1665年），康熙皇帝在盛京设置「镇守奉天等处将军」，即「奉天将军」。乾隆十二年（1747年），又改称「镇守盛京等处将军」，即「盛京将军」，盛京将军一职从此成为定例。
当时的盛京还保留了吏、户、礼、兵、刑、工六部，俨然一个「独立王国」。盛京将军下辖盛京副都统、锦州副都统、熊岳副都统、金州副都统、兴京副都统以及副都统衔总管一人，分驻关外各战略要地。其辖区大致就是现在的辽宁一带，境内的满蒙汉八旗军加上家属，近10万人，全部归属盛京将军节制，驻军规模仅次于北京。
此外，盛京将军还可以节制吉林将军和黑龙江将军，是大清帝国龙兴之地的守护人。在两次雅克萨之战中，盛京将军多次组织盛京、吉林、黑龙江等地的清军驰援前线。当时，清廷出于内心深处防范汉人的狭隘意识，在山海关沿线实行封禁政策（柳条边墙），禁止关内汉人出关到东北垦殖，盛京将军作为此项政策的第一责任人，自然也就成为了满清龙兴之地的「守门员」。
第二次鸦片战争后，沙俄兵不血刃夺取了外东北60余万平方公里肥美的土地，这也给清廷敲响了警钟，此后，清廷逐步放开关内汉人移民东北的限制，汉人以巨大的人口优势抵消了沙俄的军事优势，这才让东北留在了版图内。
1904年至1905年，沙俄帝国与日本帝国在大清帝国的龙兴之地爆发了一场丑陋的、狗咬狗式的战争，即日俄战争。此战，让大清帝国的虚弱无能暴露无遗，加速了清廷的覆灭。也是在战争中，清廷洞悉了日俄侵略东北的狼子野心，于是在战后进行了力所能及的补救措施，其中最重要的就是废除了关外的将军管辖体制（盛京将军、吉林将军、黑龙江将军） ，效仿内地建立行省，即奉天（辽宁）、吉林、黑龙江三省，每省设巡抚，三省之上设东三省总督。光绪三十三年（1907年），清廷下诏正式裁撤盛京将军衙门，盛京将军一词也成为了一个历史名词。
