少阳病理阶段是伤寒在气机病位引起的病理反应。由于气机的功能特性规定着它调节失常的病势。
仲景则因势用和解法，以柴胡汤为主对兼有表证里证或其他证的俱以柴胡汤加减法治疗。在少阳阶段中也有热人血室等并发性杂病。少阳经辨证治疗系统如下页表(3)
厥阴经病证治系统
厥阴病理阶段为气机病的阴性过程。
对厥阴病仲景未出示治法，但他揭示了厥阴阶段中四个证候是气机病的阴过程，也就是在机能衰弱和体液不足状况下的气机障碍。其辨证系统如下表(6):
六经病理阶段在辨证治疗上各成系统。六经证治系统又以病因的同性连接为一个伤寒辨证治疗系统。六经病之间既以病性、病位的特殊性相区分，又以病性、病位的同一性相联系。使千姿百态的具体的伤寒证候，以类相属，而又分璧条理地编组为系统，联接为系列的东西，这不是别的，正是伤寒病理过程本身的病因、病性、病位、病势的特殊性质和同一性质。例如，同一病位依功能盛衰而分化为阴阳两性病理过程，它们义因功能进退变化而相互转化。同一病性的病理过程依据不同的病位而分化为三种过程，但又以同一的病性相联系。不同病性的过程皆以同一的病位相联系。如此地将伤寒病理发展过程中数以百计的特殊证候区分为六经，又联接为一个整体。六经病之间的传变皆取决于阴阳消长的变化:阴病转阳则病退，阳病转阴则病剧，阴病伤阳则病危。阳病伤阴由表传里，阳病伤阳则向阴性发展，阴病伤阳则二阴合并，阴病伤阴则阴竭阳脱。在治疗方面，阳病治阴，治阴在保津津有味液，阴病治阳治阳在扶正气。汗吐下清和诸法，皆祛邪法。邪气去则津液存、正气安助阳温经、助阳温里、回阳救逆诸法皆扶正法。正气胜则邪气衰。六经辨证与治疗也是一个整体。因为辨证是方法，治疗是目的;辨证是治疗的根据，治疗是辨证的结果。因势利导是根据外界致病因素引起的伤寒病，是长期的实践中的总结，它本身即是按照客观规律去解决矛盾之意阳性病以祛邪、阴性病以扶正的治疗原则，正是在因势利导思想基础上根据阴病和阳病的客观规律而产生的。例如，阳性病因功能强盛体液充足而发生功能亢进与代谢增高的抗御反应，自可根据病位的功能特性顺应其抗御趋向以祛除病理物质。如太阳病在表用汗法，阳明病在上用吐法，在下用下法，里热用清法，少阳病在气机调节失常用和法。阴性病因功能衰退和代谢减低，这自应鼓舞机体功能提高抗御能力，以改变正邪之间的矛盾地位。如少阴病为表病的阴性过程，因体温不足而恶寒身疼脉微欲寐，知为阳虚表寒之势，所以用助阳温表法以提高体表组织功能而利于抗病。太阴病为胃肠的阴性过程，胃肠因功能衰弱血循环不足而吐利腹疼，为阳虚里寒之势，所以用助阳温里法以提高胃肠功能而止其吐利疼痛。六经辨证与治疗是一个整体。虽然辨证可自成系统，而治疗方面亦自成系统。但辨证与治疗却是一个不可分割的关系，一旦分割开来，便俱失存在的意义了。
伤寒六经是一个完整的辨证治疗体系。其纵的关系表现了它的系统性，其横的关系表现了它的系列性。如太阳病是由一个桂枝汤证的证治系列和一个麻黄汤证的证治系列所组成，阳明病是由一个瓜蒂散证的证治系列和一个白虎汤证的证治系列，及一个承气汤证的证治系列所组成;少阳病是由一个柴胡汤证的证治系列组成。太阳、阳明、少阳诸证为一个伤寒阳性并证治系列。少阴病是一个附子汤证治系列，太阴病是一个四逆汤证治系列。少阴、太阴诸证是一个伤寒阴性病证治系列。阴、阳两大系列为一个伤寒病的证治系列。伤寒六经辨证治疗体系，纵成系统、横成系列、辨证与治疗，里法与方药，井然有序,浑然一体，正是伤寒病理过程本身发展规律的反映，是长期临床实践认识的结果。它是祖国医学中最完美的辨证治疗系统，是祖国医学光辉的科学成就。但【中国医学史略】却说:「【伤寒杂病论】是一部条文式临床札记性的著作……既没有系统的专门论述，每条条文也不是加以明确的说明。」是的,所谓条文札记性，是【伤寒论】的简书的文字形式，但这并不妨碍条文之间的内在联系。六经本身即是专门的系统，只是仲景作出了伤寒杂病论,没有加以「明确的说明」,这也正如史前人类发明了钻木取火而没有说明摩擦生热一样!
