1945年抗戰勝利後，國民政府從陪都重慶遷回南京即著手實施機構改革。
按照美軍顧問團的建議，在「中美國防體制一元化」的原則下，國民政府將「軍事委員會」，以及原來隸屬「行政院」的「軍政部」一並撤銷。
並以原「軍事委員會」和「行政院軍政部」下轄的各「部、委、辦、司、廳、局」為基礎，改組成為「國民政府國防部」。
1946年6月，改組完成的國防部隸屬國民政府行政院（內閣），國防部與內政部、外交部、財政部、交通部、教育部、經濟部、社會部、農林部、糧食部，構成了行政院編制下的9個部門。
國防部是國民政府的最高軍事機構，雖然名義上屬於行政院（內閣）的下轄機構，但在實質上，行政院長宋子文對國防部不管不問，任由蔣介石一手把控。
宋子文非常聰明，他與蔣介石是郎舅之親，既是親戚，也是君臣，宋子文深知蔣介石為人。
此時的宋子文不僅擔任行政院長，還兼任著國民黨最高經濟委員會委員長一職。已經手握全國經濟大權的宋子文，為免被蔣介石猜忌，豈敢再去染指軍權？
於是，行政院下轄的各個部門中，國防部一家獨大成為一個特例，越過宋子文「內閣」，直接受蔣介石節制。
而蔣介石為了制衡國防部的權力，避免主官坐大，在美軍顧問團團長、盟軍中國戰區參謀長艾伯特·魏德邁的建議下，在國防部內部又分為「國防部本部」和「參謀本部」兩大系統。
國防部長的職權偏重於政治層面。
國防部長作為政府元首的最高軍事幕僚長，不直接指揮軍隊。對內負責制定和評估軍事政策及國防預算。對外負責軍事外交和裝備購買。
參謀總長的職權則側重於軍事層面。
參謀總長作為國防部長的第一僚屬，以陸海空軍總司令部，以及聯勤總司令部為下設機構，統一指揮全國軍隊，包括戰時與非戰時的一切軍事行動。
國防部本部
國防部本部機構簡潔垂直，設部長1人、次長3人。下設部長辦公室主任1人、司長10人
國防部長 白崇禧 （陸軍一級上將）
當時國防部長的人選有二，一為何應欽，二為白崇禧。本來，若任命何應欽為國防部長的話，白崇禧則順理成章成為參謀總長。
但是，如此一來，按照艾伯特·魏德邁將軍對國防部的機構設定，整個軍隊的指揮權就將落入桂系的手中。這是蔣介石所不願意看到，更不能接受的。
於是，蔣介石寧願讓白崇禧擔任國防部長，也絕不能讓他出任參謀總長。
國防部次長 林蔚 （陸軍中將加上將銜）
國防部成立前，林蔚擔任行政院軍政部政務次長，而且是第一次長。機構改革後，軍政部撤銷，林蔚順理成章轉任國防部第一次長。
林蔚出身侍從室，近侍蔣介石多年，並於1943年隨蔣介石參加開羅會議，和侍衛長俞濟時一樣，是蔣介石身邊的「大警衛員」，是蔣介石為數不多的親信之一。
由林蔚出任國防部第一次長，把林蔚放在白崇禧身邊，白崇禧的一舉一動，蔣介石都能夠第一時間獲悉。如此安排，確屬深謀遠慮。
國防部次長 秦德純 （陸軍中將加上將銜）
秦德純出身馮玉祥的西北軍，雖非蔣介石嫡系，但資歷深厚。1933年3月率第29軍參加長城喜峰口抗戰，殲滅日軍兩個步兵聯隊、一個騎兵大隊，並繳獲日軍大炮18門，是國人皆知的抗日將軍。
1937年7月7日「盧溝橋事變」中，時任第29軍副軍長兼北平市長的秦德純，在日軍發起攻擊後，命令部隊奮起還擊，打響了宛平守軍抗擊日軍的第一槍。
軍事委員會撤銷前，秦德純擔任軍委會軍令部次長。國防部成立後，秦德純轉任國防部次長。秦德純為人老成持重，低調謙和，從不拉幫結派，蔣介石對其還算放心。
國防部次長 劉士毅 （陸軍中將加上將銜）
劉士毅素與蔣介石不睦，1930年，劉士毅的獨立第7師被蔣介石縮編為第15旅編入熊式輝第5師建制，劉士毅被降為副師長兼第15旅旅長。
劉士毅不忿，欲率第15旅出走投靠白崇禧，卻被手下團長肖致平出賣，只得孤身逃亡日本。劉士毅在日本期間的一切費用，以及國內的家人，全由白崇禧資助和照顧。
劉士毅回國後即追隨白崇禧出任廣西軍事政治學校副校長兼教育長，為桂系培養了大批軍政骨幹。其後轉任第31軍軍長，隨第5戰區司令官李宗仁參加台兒莊戰役，獲得大捷。
1939年，白崇禧出任軍事委員會軍訓部部長，向蔣介石推薦劉士毅擔任軍訓部次長。1946年國防部成立，劉士毅轉任國防部次長，這也算是蔣介石給了白崇禧的一個人情。
國防部的3個次長中，林蔚是蔣介石眼線，秦德純保持中立，只有劉士毅是白崇禧的心腹，白崇禧這個國防部長真不好當！
國防部本部下設機構——
部長辦公室主任 劉詠堯 （陸軍中將）
軍職人事司司長 劉詠堯 （兼）
劉詠堯是湖南醴陵人，黃埔一期生。從1929年擔任南京中央軍校政訓處政治總教官起，一直從事軍隊政治工作。雖在國軍黃埔系將領中並不顯山露水，仕途卻較為平順。
1949年12月與顧祝同同機逃往台灣後，出任「總統府中將戰略顧問」，1951年晉升二級上將，同年結束軍界，創辦【國防叢刊】並自任社長，並兼任台灣大學教授。
文職人事司司長 袁同疇 （陸軍中將）
袁同疇是湖南汝城縣井坡鄉古塘村人，1949年赴台後棄武從商，出任中國（台灣）漁業公司董事長、台灣糖業公司執行董事。
根據其口述整理成書的【袁同疇先生口述歷史】一經出版，洛陽紙貴，一冊難求。
民用工程司司長 華振麟 （陸軍中將）
華振麟是浙江長興人，陸軍大學將官班甲級第二期畢業。歷任通訊兵團團長，軍事委員會軍訓部通訊兵監，長期擔任軍事委員會通訊學校校長，被稱為國軍通訊兵部隊的「開山鼻祖」。
預算財務司司長 閔湘帆 （陸軍中將）
閔湘帆原籍安徽宿州，生於江蘇南匯（今屬上海市）。其一生著有很多軍需、財務方面的書籍和論文，其中【歷代軍需制度考】被【中國軍事大百科】所收錄。
法規司司長 何孝元 （陸軍中將）
何孝元是福建閩侯人，留美法學博士。1949年赴台後辭去軍職，專攻法學。歷任台灣法商學院法學教授、中興大學法學教授、台灣大學法學教授。其著作【誠實信用原則與衡平法】被全球多所大學法學院引為民法寶典。
特種計劃司司長 趙援 （陸軍中將）
趙援是四川巴縣人，黃埔軍校二期畢業。歷任國民黨第131師少將參謀長、國防部特種計劃司司長 、第124軍中將軍長等職。
人力計劃司司長 趙學淵 （陸軍中將）
趙學淵是湖北麻城人，北京大學畢業後被公費派赴日本留學。先於日本帝國大學研究國際公法，後又進入日本陸軍士官學校炮科學習，回國後被軍事委員會保送陸軍大學特別班第五期深造。
1943年任中國遠征軍駐印軍參謀處長，戰後著有【緬戰回憶錄】、【中華民國駐印軍緬北作戰概況】等書籍。
工業動員司司長 陳自強 （陸軍少將）
陳自強是湖北蘄春人，歷任國民黨魯蘇皖豫邊區總司令部中校科長、總務處上校處長、陸軍第97軍少將軍需處長。台兒莊戰役中，親赴前線督運糧彈。1949年赴台，退休前晉升中將。
征購司司長 劉逸奇 （陸軍少將）
劉逸奇是安徽桐城人，歷任黃埔軍校管理部上尉管理員、經理處少校副官、中校科長。1938年調任軍事委員會軍訓部會計主任，1946年出任國防部征購司司長，1948年升任聯合勤務總司令部陸軍軍需監。
土地及建築司司長 馬崇六 （陸軍中將）
馬崇六是雲南大理人，先後於雲南講武堂、日本陸軍士官學校第十三期工科、陸軍大學特別班畢業。
歷任第6軍工兵指揮官、第74軍工兵指揮官、國軍工兵總指揮等職。1946年兼任國防部土地及建築司司長，1948年轉入政界，出任交通部政務次長。
國防部參謀本部
參謀本部則機構龐大，設參謀總長1人、次長3人、辦公室主任1人、軍種司令部陸海空軍總司令及聯勤總司令共4人、廳長6人、局長12人。
國防部參謀總長 陳誠 （陸軍一級上將）
陳誠是浙江青田人，保定軍校畢業，早在1924年黃埔軍校初創時期就追隨蔣介石，是蔣介石發跡早期為數不多的幾個心腹之一。
陳誠此番從行政院軍政部長任上轉任國防部參謀總長，就是被蔣介石派來架空國防部長白崇禧的。此後，陳誠以國防部長與參謀總長權責不明為由，公開與白崇禧爭奪權力。
每每由參謀本部擬定的公文，陳誠從不呈報白崇禧，而是直接報送蔣介石。而一旦這些公文被蔣介石批準後，陳誠便以國防部參謀總長的印鑒直接下發部隊。
久而久之便成為慣例，下級單位，無論是軍兵種司令部、還是「剿總」或「綏靖區」，但凡接到國防部發來的檔或是命令，若是姓名標示為國防部，而非國防部參謀本部，下面便拖延不辦，與白崇禧虛與委蛇。
國防部參謀次長 劉斐 （陸軍中將）
劉斐雖是湖南醴陵人，卻是桂系將領，與李宗仁和白崇禧的關系都很好。
劉斐轉任國防部參謀次長之前，任軍事委員會軍令部次長。此番以桂系出身擔任參謀次長，也算是蔣介石的一種權力平衡。
為避免桂系抱團紮堆，把劉斐放在陳誠身邊，總比放在白崇禧身邊要好。但蔣介石不知道的是，早在抗戰時期，劉斐就與中共建立了秘密聯系。
1949年8月，劉斐與黃紹竑等44人在香港聯名通電起義，毅然脫離國民黨反動集團。
國防部參謀次長 範漢傑 （陸軍中將）
範漢傑是廣東大埔人，黃埔軍校一期畢業。1927年寧漢分裂時，範漢傑毅然決然地拋棄汪精衛，從武漢奔赴南京投奔蔣介石。
就從此刻開始，蔣介石將範漢傑視為嫡系培養，將其先後送往德國、歐美學習和考察軍事。
歸國後的範漢傑官運亨通，歷任第27軍軍長、第34集團軍副總司令兼參謀長、第38集團軍總司令、第一戰區副司令長官兼參謀長、國防部參謀次長。
直至1948年10月在遼沈戰役中，時任東北「剿總」副總司令兼錦州指揮所主任的範漢傑被東北野戰軍俘獲。
國防部參謀次長 郭懺 （陸軍中將）
郭懺是浙江諸暨人，保定軍校第六期炮兵科畢業，是參謀總長陳誠的鐵桿，歷任第18軍少將參議、第5軍參謀長、第46軍副軍長、第94軍軍長、第33集團軍副總司令、第六戰區副司令長官、國防部參謀次長等職。
參謀本部辦公室主任 錢卓倫 （陸軍中將）
錢卓倫是江蘇宜興人，保定軍校第六期畢業，一直幹的都是參謀專業，歷任軍事委員會少將高參、鄂豫皖三省「剿匪」總司令部參謀處處長、南京警備司令部參謀長、保定行營副參謀長、後方勤務總司令部參謀長、國防部參謀總長辦公室主任。
陳誠出身保定軍校，之後又在黃埔軍校任職，尤其喜歡用保定軍校的校友做下屬。國防部參謀本部3位參謀次長和一位辦公室主任，除劉斐外，其他3位都與陳誠頗有淵源。
這樣一來，陳誠參謀總長的位子就穩當了，遠比國防部長白崇禧的日子好過多了。
國防部參謀本部下設機構
陸軍總司令 顧祝同 （陸軍二級上將）
顧祝同是江蘇漣水人，資歷與陳誠旗鼓相當。早在1924年初，顧祝同參加籌建黃埔軍校時期便與蔣介石結緣。1924年6月16日，黃埔軍校正式開學，蔣介石任軍校校長，顧祝同任軍校教授部中校戰術教官，一生追隨蔣介石，1954年晉升一級上將。
海軍總司令 桂永清 （海軍二級上將）
桂永清是江西貴溪人，黃埔一期畢業。在國民黨「黃埔系」將領中，桂永清以愛吹牛皮、好大喜功著稱，但真正把他官銜撐大的原因，是因其對陳誠俯首貼耳，亦步亦趨。
原海軍總司令陳紹寬辭職後，陳誠在軍政部長任上兼任海軍總司令，委任桂永清為副總司令代行總司令職權，從無海軍經歷的桂永清靠著陳誠，最終坐上了海軍總司令的寶座。
空軍總司令 周至柔 （空軍二級上將）
周至柔是浙江臨海人，保定軍校第八期步兵科畢業。早在1931年，便先後歷任第18軍第14師副師長、師長、第18軍副軍長等職。是陳誠的心腹愛將，「土木系」的主要將領，1951年晉升一級上將。
海陸空軍聯勤總司令 黃鎮球 （陸軍中將）
黃鎮球是廣東梅縣人，保定軍校第六期步科畢業。1946年6月，在後方勤務總司令任上調任剛成立的國防部海陸空軍聯勤總司令。1951年晉升陸軍二級上將，1962年晉升陸軍一級上將。
國防部參謀本部下設6廳12局——
第一廳廳長 於達 （陸軍中將）
因為第一廳掌管人事行政，對軍隊師以上軍官的職務任免和軍銜銓敘，有著考察權和建議權。一時間成為了香餑餑，各方勢力趨之若鶩。
但是，這樣的肥缺又豈容外人所獲。於是，保定軍校第三期步兵科畢業的於達中將出任廳長。
於達是浙江黃巖人，原先的職務是行政院軍政部第24軍官總隊總隊長，而軍政部部長正是陳誠。
既是保定軍校畢業，又是自己的老部下，且長年擔任軍官總隊總隊長，非常熟悉軍隊中的少壯派軍官。這樣的人，陳誠豈能不用。
第二廳廳長 鄭介民 （陸軍中將）
第二廳負責軍事情報工作，這樣一個專業性很強，油水又少，而一般人根本不可能勝任的部門，自然沒人去爭。於是，就由軍統出身的特務頭子鄭介民出任廳長了。
1956年，鄭介民晉升陸軍二級上將。
第三廳廳長 張秉鈞 （陸軍中將）
第三廳是作戰廳，負責制定作戰計劃，這個部門純屬吃力不討好。尤其分配作戰任務的時候，各部隊怎麽編組，誰前誰後，誰主攻，誰掩護，很容易得罪人。
仗打勝了，是領袖的功勞，是軍長師長們的功勞。而若是打敗了，則由負責制定作戰計劃的第三廳擔責。
所以，這個位置根本無人願去，陳誠只好委屈原來軍政部作戰部長張秉鈞轉任該職。但張秉鈞誌不在此，不久即另謀高就，由郭汝瑰中將接任第三廳廳長。
第四廳廳長 趙一肩 （陸軍中將）
第四廳負責後勤補給，雖有一些小油水，但吃的都是聯勤總司令部吃剩的殘羹剩飯，沒多大搞頭。
陳誠便讓自己的老部下，原軍政部接洽美軍物資援助的中將特派員，坐慣了冷板凳的趙一肩出任該職。
第五廳廳長 方天 （陸軍中將）
第五廳負責部隊編制訓練，由原軍政部軍務署原班人馬集體轉任，原軍務署長方天出任廳長，這也是一個吃力不討好的崗位。
第六廳廳長 錢昌祚 （陸軍中將）
第六廳是國防科學研究發展廳，純屬冷門，誰都不願意去。最後，這個職務自然就落到了畢業於美國麻省理工學院機械工程系的錢昌祚中將頭上了。
國防部副官局局長 陳春霖 （陸軍少將）
陳春霖是四川資陽人，黃埔軍校第五期政治科畢業。歷任第44軍149師師長、國防部副官局局長兼副官學校校長、第44軍軍長。1949年12月隨鄧錫侯、羅廣文在川東起義。
1951年11月9日，陳春霖在「鎮反」中被錯殺。1983年9月，成都軍區為陳春霖平反並恢復名譽。
國防部預算局局長 趙誌堯 （陸軍少將）
1938年2月，由趙誌堯捐資創辦的青田縣東源學校開學，眾多浙江籍社會知名人士為東源學校題詞。其中，周恩來的題詞為「中華民族新希望」。
趙誌堯是浙江青田人，保定軍校第八期畢業，與陳誠還是同鄉。自1934年任第18軍駐南京代表之後，一直追隨陳誠。1949年赴台後辭去軍職，出任台灣交通銀行董事長。
國防部新聞局局長 鄧文儀 （陸軍中將）
鄧文儀是湖南醴陵人，黃埔一期畢業。曾任厲行社、復興社書記長，是國民黨早期特務組織的骨幹成員，在「復興社十三太保」中位列第二。
國防部測量局長 晏勛甫 （陸軍中將）
晏勛甫是湖北漢川人，保定軍校第一期炮科畢業。1946年受陳誠相邀，出任國防部測量局局長，主管全國測量事宜。
1949年2月，晏勛甫轉任漢口市市長，在武漢解放前夕，拒絕執行白崇禧下達的，對漢口實施全面破壞的計劃，為保全漢口大型工礦企業及民用設施作出了貢獻。
國防部民事局局長 王開化 （陸軍中將）
王開化是湖北鄖縣人，曾任黃埔軍校政治教官。歷任湖北省第八區行政督察專員兼保安司令、湖北省政府委員兼民政廳長。 1949年赴台，1976年2月15日在台北病逝。
國防部保安局局長 杜心如 （陸軍中將）
杜心如是湖南湘鄉人，黃埔一期畢業。國民黨早期特務組織骨幹成員，在「復興社十三太保」中位列第九。
國防部監察局局長 彭位仁 （陸軍中將）
彭位仁是湖南湘鄉人，保定軍校第六期步科畢業。歷任第73軍軍長、第29集團軍副總司令、第三方面軍副司令官、國防部監察局局長等職。
國防部史政局局長 吳石 （陸軍中將）
吳石是福建福州人，保定軍校第三期畢業。曾任行政院軍政部辦公室主任，與軍政部部長陳誠的辦公室一墻之隔。
1947年，吳石出任國防部史政局局長，同年秘密與中國共產黨建立聯系，1948年秘密加入黨組織。為解放軍在淮海戰役、渡江戰役中提供了大量絕密情報，立下卓越功勛。
1949年6月赴台，之後出任國防部參謀次長。1950年，因叛徒出賣而被捕，同年6月10日在台北英勇就義。
國防部軍法局局長 劉千俊 （陸軍少將）
1941年，正值抗戰進入最艱難的時刻，一部鼓舞全國軍民抵禦外侮，抗擊日寇的書籍【歷代名賢禦侮語錄】由國民政府軍事委員會政治部出版，作者是劉千俊。
劉千俊是湖南湘潭人，早年在家鄉當教員，之後棄文從武，投入陳誠麾下擔任第一集團軍第18軍第11師司令部秘書主任。
1946年5月，劉千俊在陳誠的推薦下出任國防部軍法局局長 。1947年轉任湖南省民政廳廳長，次年在任上病逝，葬於長沙嶽麓山。
國防部兵役局局長 徐恩平 （陸軍少將）
1947年，國防部年度征兵計劃為200萬人。國防部兵役局局長徐恩平絞盡腦汁，親臨各省督辦，嚴令各師管區必須如期完成征兵任務。
結果，兵役局不僅未能完成征兵計劃，所征到的兵員移交給國防部第五廳編練時，還被第五廳拒收。因所征兵員多為老弱病殘，第五廳將情況上報陳誠後，徐恩平受到處分，不久即被免職。
國防部保密局局長 鄭介民 （陸軍中將）
該局主管特務工作，故由國防部第二廳廳長鄭介民兼任。不久後，即由毛人鳳接任局長一職。
1956年，鄭介民晉升陸軍二級上將。同年10月14日毛人鳳病逝，被追贈陸軍二級上將。
國防部預備幹部管理局局長 蔣經國
該局掌管青年軍復員官兵的管理、教育、培訓與分配事務。由蔣經國出任局長，是蔣經國執掌下的「太子系」較為重要的權力部門。
抗戰後期，國民黨號召知識青年參軍，發出「一寸山河一寸血，十萬青年十萬軍」的號召，入伍的青年主要補充遠征軍和各特種兵如汽車兵、通訊兵、炮兵、飛行員等，這就是激進且少壯派之青年軍的來歷。
—— 全文完
