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利用土壤细菌帮助加速新抗生素的发现

2024-06-22健康

该项目旨在加快抗生素的发现和解决抗生素耐药性问题

东北大学的研究人员金·刘易斯(Kim Lewis)正在带头加快新抗生素的发现,这是一个多机构项目的一部分,旨在解决日益严重的抗生素耐药性问题。

「这是一个大问题,因为大约50年前我们基本上停止了引入新型抗生素,」刘易斯说,他是东北大学抗菌药物发现中心的杰出生物学教授和主任。

刘易斯说:「细菌继续获得和传播耐药性,这导致了抗菌素耐药性危机,世界卫生组织称之为缓慢移动的流行病」,每年造成近500万人死亡。

加速技术的目标是使用高通量方法和微流体来加速新抗生素的发现。

来自9个州和英国的25个研究小组的科学家将开发新的工具,包括单细胞测定和机器学习,以诊断和治疗被证明对当前疗法有抗药性的细菌感染。

「现有的抗生素来自不到1%的物种,」刘易斯说。这意味着绝大多数细菌物种的抗菌能力还没有经过测试。

他和他的团队开发了一种从土壤细菌中发现抗生素的新方法,这种方法将单个细胞封装成微滴,可以以每天1000万个物种的速度进行测试,而不是在10年的时间里以10万个物种的速度进行测试。

刘易斯的研究是由哈佛医学院的约翰·保尔森领导的一项联邦合同的一部分。由Paulsson开发的一种微流体方法将每个细胞置于微流体装置的通道中,使其可视化,这将进一步促进新抗生素的发现,Lewis说。

「到目前为止,筛查使用的是20世纪初的技术,」他说。「采用这种先进的筛选平台将提高发现新型抗生素的机会。」

「传统的方法是拿一个培养皿,均匀地散布测试病原体。然后把潜在的生产者放在培养皿上。如果它在制造抗生素,你会看到一个抑制区,将你的生产者的菌落与你的测试病原体的草坪分开。这是标准技术。」

刘易斯说:「我们正在利用微流体技术和快速扫描激光显微镜将这一技术带入21世纪,这些技术可以同时观察1000万个细胞,并确定它们发生了什么。」

依靠在世界各地收集的土壤样本,但主要是在美国,「我们从环境中制造细胞悬浮液。然后悬浮的细胞进入微流控芯片,微流控芯片有点像河流,有侧通道。」

「大约有1000万个这样的副频道。悬浮液被稀释,使每个通道大约有一个细胞进入通道。现在这个细胞可以开始生长,产生子细胞,产生任何它想要产生的东西。」

连接微小通道的链接——只有千分之一毫米——被打开以允许抗生素扩散以检测病原体。

接下来,扫描激光显微镜「可以告诉我们测试病原体是否正在分裂,」刘易斯说。「如果细胞停止生长,我们就知道它受到了抗生素的攻击。」

目前临床上使用的大多数抗生素都是从放线菌中分离出来的,刘易斯说,很久以前放线菌被「过度开采」,导致了抗菌素耐药性危机。

他说,他在东北大学的团队已经开始在放线菌细菌外挖掘,并发现了「非常有趣的新化合物,目前正在开发对抗多药耐药病原体的化合物。」

刘易斯说,他的实验室有发现新抗生素的记录,「现在我们要做得更好、更快。」