张居正在军事方面的能力，朱翊钧、李太后以及整个朝臣都一清二楚。可以说，张居正是那种「数万甲兵藏于胸中」的文臣。
多年来，张居正一直醉心于帝国军事，终于把自己锻造成洞若观火的战略家与预言家。
张居正用兵，只有两个字：知彼。
在北方，他要边臣做的第一件事就是成立间谍组织，深入敌后，时时注意敌情。他对戚继光说：「一个出色的将军或者战略家，必知彼己，精审虚实，然后就可以打败敌人了。」
他执政初期，有段时间，草原人没有进犯，北境防范很松懈。张居正得知情况后，立即提出警告：「敌人狡狯多端，万一这是欲擒故纵，突然对我们发动进攻，我们会手忙脚乱，所以一定要提高警惕。我不会以敌人不犯为喜，而会以你们不防范为忧虑。」
正是这种时刻「谨小慎微」，使他对敌人的动向一清二楚，算无遗策。1574年，北方边境报告说，土蛮即将进犯。张居正立刻发出指示：主力部队屯聚要害，将百姓全部迁到城中，并派出几支机动部队直奔来犯敌人，引诱他们进入预先设置的埋伏圈。他们如果胆小不来，那最好。如果来了，最好全歼。
倘若不能全歼，也不要紧，他们终会记下这个教训，以后不会再侵犯我们。
果然，土蛮不久后倾巢来犯，按张居正的计划，几支部队把土蛮引入包围圈，虽然因各路指挥官不能协同作战而歼敌无功，但事实证明了张居正的通盘考虑和预见的正确性。
不久后，北方边境又有报告，仍然是土蛮即将进犯。张居正又发出指示：不要小题大做，土蛮不会在这种季节（酷夏）采取军事行动。不久后，果然被证实为虚惊一场。
无数的事实都证明，张居正虽坐在京城，但完全可以指挥和预测万里之外的一场战役。所以当他说两年之内必能解决罗旁瑶时，李太后和朱翊钧都深信不疑。
但乌龟派们却不信，即使相信张居正的能力，也要装作不相信。反对凌云翼的奏章如雪片般飞到朱翊钧的办公桌上，又飞到内阁。张居正开始还解释消灭罗旁瑶的重要性，又解释凌云翼完全有这个能力。可雪片越来越多，张居正咆哮起来：「这群废物真是话多，谁再扯着罗旁瑶一事不放，当心廷杖！」
朝堂之上安静了，凌云翼开始忙碌起来，训练军队，侦察敌情，制造专业的攻寨器械。一年多后的1577年，凌云翼准备完成，十万大军向罗旁瑶发起了全面进攻。这次军事行动是惨烈的，按张居正的指示，凌云翼的剿匪部队所过之处，鸡犬不留。
张居正在京城密切关注着罗旁瑶战事，凌云翼的信一到，不出一个时辰，张居正就会回信。
当 凌云翼将罗旁瑶的大本营紧紧包围，准备发动最后一击时，张居正去信说：「罗旁瑶之战，死伤太大，沿途尽成废墟。既然胜负已分，我看还是网开一面，现在投降者可既往不咎。这非是妇人之仁，而是将他们留下来做日后的重建工作。但倘若敌人投降时心不甘情不愿，或稍有迟疑，尽可屠之，这种人留下恐怕是将来的祸害。」
1577年五月，凌云翼对罗旁瑶进行致命一击，罗旁瑶覆灭，整个战争持续了近两年，罗旁瑶被杀两万余人，活捉一万余人。
朝廷放肆地庆祝这场胜利，在人声鼎沸中，张居正已开始冷静地思考下面的事：战后重建。
凌云翼在捷报书飞来几天后就送来请求开辟州、县，招徕农垦的奏疏。张居正思虑许久，才心事重重地给凌云翼回信说：「当初你提出的战后重建计划，我很赞赏，不过此一时彼一时。
那时，罗旁还在，人们看到有这样一个地方，所以开辟州、县没有问题；但现在罗旁已亡，那地方成了空地，在那里建州设县，百姓主体自然是那些投降的罗旁瑶。另外，既然是州，就该 人口多一些，所以要从周围州县迁民。可罗旁之地百年来是土匪窝，良民谁愿意去？
愿意去的都是些来历不明、流浪无根的人。要辟州、县也不是不行，我希望你能深思。倘若坚持这样做，那就该在政策和法律上特殊一些，赋役要从轻，法律要从严。我希望你能把罗旁瑶作为一个特别行政区来看待，而不要和帝国其他州县相同。如果处理得当，几年甚至几十年后再将它和帝国其他州县看齐，也是可以的。」
凌云翼又深思熟虑许久，确定了开辟州县的计划，这就是广东罗定州的来历。罗定州新开二县，东为东安，西为西宁。
罗旁瑶事件的处理体现了张居正的高度政治智慧。从罗旁瑶事件的处理，我们就可以联想张居正在其他政治事件上的处理手腕之精明和果敢。
