在清代，西宁是甘肃的一个府治。此地有众多撒拉族，他们与回族一样皆信仰伊斯兰教，然而因教派差异，时常发生冲突。1861年2月，巴燕戎格厅的撒拉族人与西宁城内的回民因辩论教义产生争端，进而引发械斗。这本属民间斗争，但当时的陕甘总督乐斌却认定是撒拉族联合回族谋反，令甘肃提督成瑞带兵镇压。
清朝的甘肃
由于西宁的回民因官府「以穆制穆」的政策而敌视衙门，加上甘肃其他地方的回民响应陕西回民起义，在马桂源的堂叔马文义等人的煽风点火下，原本械斗的撒拉族和回族握手言和，将矛头指向官府衙门。马文义率领回民以红土坡、青沙山为基地，聚集民众武装造反。他们击败当地官军，占领从享堂峡到碾伯的大道，切断西宁到兰州的通路，周边的回民、撒拉族纷纷起事响应。
1862年10月，接任西宁办事大臣的玉通在形势逼迫下，向朝廷保举马桂源为西宁知府，其兄马本源为西宁镇标游击，代行总兵职务。自此，马桂源、马本源兄弟掌控了西宁的军政大权。名义上是官府安抚了回民，实则是回民统治了官府。西宁由此进入长达十年的「三马统治」时代。1871年，马文义病逝，在马桂源安排下，西宁回军由其堂叔马永福接管。马永福性格懦弱，完全听从马桂源安排，而马桂源则成为西宁的地方长官和回民教主，掌控着西宁回民的军事力量。
左宗棠收复河州的马占鳌后，出兵进攻马桂源所在的西宁。左宗棠此前击败实力最强的金积堡的马化龙的消息，令盘踞在西宁的回族头目胆寒。他们欺负当地百姓尚可，但对抗左宗棠无疑是以卵击石。此时盘踞西宁的回族头目，除了当地土回，还有从陕西逃来的回军首领崔伟、禹得彦、白彦虎等人。其中崔伟最想投降，他得知在金积堡投降的陈林被左宗棠安置在平凉过上安定生活，欲通过陈林向左宗棠投降，可白彦虎不同意，因其深知自己作恶多端，不会被赦免。接替马文义的马永福性格懦弱，惧怕左宗棠，也想投降却不敢言。马桂源和马本源兄弟因不愿放弃在西宁经营十年的势力，决定对抗到底。尽管他们此时处境相同，但各怀心思。
1872年8月，刘锦棠从湖南新招募三营步兵和两队骑兵补充湘军兵力，全军共四营8000人，加上辅助的客军四营2500人，总计1万多人。这支万人部队经金积堡大战休整后，战斗力和士气颇高。左宗棠命刘锦棠率18营大军进攻西宁。西宁位于湟水南岸，军队抵达需通过从碾伯到西宁湟水一带的河谷地带，两岸高山对峙，湟水从中流过，山路繁杂，地形险要。白彦虎等人带领回军在此修筑大量堡垒，并埋伏众多陕西带来的回军。马桂源和马本源也派当地土回队伍支援，当地土回自幼练习叉子枪，技艺精湛，百步外能射中飞鸟，皆是射击高手。
刘锦堂大军进入碾伯后，回军利用山谷有利地形，一方面坚守战略要点，一方面绕到清军后方截断粮道，使清军疲于应对。至10月，青海气温骤降，且此地海拔颇高，来自南方的湘军极难适应这种气候。从9月中旬至11月中旬，刘锦堂率老湘军与回军进行50多场硬仗，推进缓慢。左宗棠紧急派出刘明灯率领马步6营和杨士俊率领马步11营增援刘锦堂，这已是左宗棠所能派出的全部力量。刘锦堂得到支援后，向回军发起猛烈攻击，回军节节败退，刘锦堂终于冲出河谷地带，直逼西宁。
马桂源十分担心会被清军围城，害怕陷入金积堡那种断粮的艰难困境，所以决定把防守的关键放在西宁的外围防线。接着，他率领回军的主力出城去迎战敌人。马桂源带兵出城之后，在西宁城内的西宁道郭襄之，长期被马桂源压制，虽然不敢公开反抗，可心里对马桂源充满了怨恨。就在这个时候，他趁机策反了原本就有投降想法的回军首领马永福，还联合城里的汉人官绅安排军队，关闭城门防守，不让马桂源再进城。这样一来，马桂源和马本源兄弟就陷入了两面作战的艰难境地，很快就支撑不住了，只好放弃西宁，逃往巴燕戎格。
陕西回军的首领崔伟、禹得彦向清军投降，白彦虎带着一队人退到了大通，和马寿领导的当地回民武装一起继续抵抗清军。到了1873年2月，清军先后攻克了向阳堡和大通县城，白彦虎率领2000多人朝着肃州的方向逃走。
走投无路的马桂源找到了马占鳌，希望能通过他向左宗棠请求安抚。要知道，马桂源是老教教主，马占鳌算是他的弟子。但是，马占鳌特别不希望马桂源得到安抚，因为要是马桂源被安抚了，凭借他的影响力，朝廷肯定不会重视自己。结果，马桂源兄弟被马占鳌骗到了左宗棠的清军大营，两个人都被斩首了。
由于马占鳌出卖了教主马桂源，他特别害怕遭到报复，于是积极带兵去清理马桂源的残余势力，手段比清军还要凶狠。左宗棠作为西北代理人的策略成功了，在此之前，马桂源和马化龙既是教主又是军阀，建立了政教合一的体制，他们的合法性是来自宗教。然而如今的马占鳌，已经没有了教派的号召力，他得依靠中央政府，还成了正统教派门宦的敌人。左宗棠很有远见，马占鳌在后来确实不停地削弱门宦的力量，左宗棠成功地守护住了中国西北部，使其没有被分裂。马占鳌、马千龄、马海晏的后人，也就是后来的西北马家军，变成了称霸西北的军阀。在日本侵略的时候，日本人想要和马家军合作，承诺支持他们在西北建立伊斯兰国，但是他们始终没有背叛自己的祖国，其中一个重要的原因就是他们没办法建立起基于教派的政权。
