中医药学在长期的临床实践中对中药不良反应的规律已有一定的认识，这些不良反应的产生与各类中药的药物性质有必然的联系，例如补气药的壅塞、滞，苦寒药易于伤阳，温热药易于伤阴等。但经过特殊炮制，加上合理配伍和服用得当，这些不良反应是完全可以避免的。
下面简单总结一下中药饮片发生药物不良反应常见的原因。
1.药物本身因素
药力峻猛的中药引起不良反应的机会较多，如附子、大黄、麝香、大戟、商陆、闹羊花、蟾酥、川乌、草乌、细辛、甘遂、芫花、雄黄等。六神丸因方中含药力峻猛的麝香、蟾酥、雄黄的比例较高，出现不良反应的病例报道就较多，可引起药疹、急性咽喉炎、先兆流产、药物性肝炎、心律失常、心脏损害、过敏性紫癜，甚至引起中毒性休克。由于中药往往具有多种效应，在治疗某种特定病证时，其他效应便成为副作用。例如当归有养血活血润肠的功用，若用其养血活血的功用时，润肠的功能便成为副作用，可引起腹泻或使慢性腹泻加重，即可视为不良反应。
2.误食误服
很多中药来源于天然植物，采摘、栽培地区易于获得鲜品，但通常鲜品未经炮制，其毒性更加峻烈。例如半夏，很多病例报道属于误食鲜品造成急性中毒。另外，中国自古就有制作服用药膳，强身健体的习俗。但是，这类自我治疗的家庭用药多不能在专业医师的指导下正确使用，在剂量、加工方式、辨证等方面都可能出现问题。例如煮食泻、甚至死亡。还有一些民间验方，用单味药来治疗某种疾病，同样由于没有专业医师指导，通常使用剂量偏大。例如用附子泡酒、抓食蜈蚣、炒蝎子，导致的急性中毒。
3.药证不符
中医临床首重辨证论治，当「有是证，用是方」，也就是方证对应。若不论阴阳，不辨虚实，不分寒热，纯以症状给药，犯下虚虚实实的错误，就会适得其反。例如，人参是补气药，适用于气虚证候，若用于阴虚阳亢内有虚热者，就会出现头晕、心悸、失眠、鼻衄、口舌生疮、咽喉疼痛、便干、食欲减退等所谓人参滥用综合征。Sicgel曾对133例长期服用人参的慢性虚弱者进行分析，这些人平均每人每天服人参3克，连续一个月，结果全部出现了中枢神经兴奋和刺激症状，还有26人咽喉刺激、9人性欲亢进、6人抑郁、14人浮肿、7人食欲降低、5人血压下降、4人闭经。
4.用量过大
中医辨证用药，既要对证，每味药的用量又要适当。剂量的大小应根据阴阳偏盛偏衰的程度，因证而定、因方而别、因人而异，而且因地因时制宜。若用量过大或用药时间过长，就会出现不良反应。例如川芎为活血化瘀的常用药，一般常用量为3～9克。
曾报道1例一次服用川芎21克，约20分钟后出现剧烈的头痛、呕吐等不良反应，经卧床休息后渐止，后减至3克，续服1剂，未再发生头痛现象。
有些中药含有毒性成分，如附子中含有乌头碱，小剂量使用具有治疗作中毒；
有些中药不含有毒成分，过量服用也会引起中毒，如过量服用肉桂就会引起血尿。
「甘草」，长期服用或剂量过大，可引起低血钾，脘腹痞满或水肿。补益剂也不可随意服用，例如超量服用人参，可出现口鼻出血，烦躁不安甚至死亡。可见，中药的毒副作用是相对的，即使药性平和的药物，超大剂量、久服也会对人体产生危害。
5.服用时间过长
中药的「有毒」与「无毒」是相对概念，纵使毒药，用之得当，亦可起顽疴、救人于水火；无毒「上品」，若不加节制滥用也可陷人于危难。
例如甲亢患者服用黄药子12～15克，连续45天后，毒素蓄积，肝昏迷后死亡。炙甘草长期服用可引起低血钾，但只要定期进行监测，及时发现损伤征兆，停药进行对症处理后均可恢复。还有一些患者服了中药之后，症状明显减轻，自我感觉良好，不少人选择继续服用，期望达到根治的目的。这种做法也有可能产生不良反应。张仲景的【伤寒论】中经常提到「药后病瘥，停后服，不必尽剂」，就是为了强调「中病即止」，避免因为服药时间过长造成患者健康受损。
6.炮制不当
炮制的目的，就是要「减毒增效」。例如柏子仁需要去除挥发油，以消除致泻、发挥养心安神的作用。半夏所含强烈刺激黏膜的化学物质可以造成剧烈呕吐，用生姜、白矾、甘草等辅料炮制，可降低或夏炮制不到位造成不良事件，临床也很少用生品直接入药。
7.配伍不合理
中药的临床使用大多为复方应用，最常见的不合理配伍就是「十八反」、「十九畏」。值得注意的是中药与一些西药联合使用过程中出现的不良事件。如朱砂或含朱砂的中成药，与溴化物、碘化物、亚硝酸盐同时使用，朱砂中的二价汞被还原后，成为有毒的溴化汞、碘化汞等，导致药源性肠炎。鹿茸、甘草等若与阿司匹林等水杨酸类合用，可加剧或诱发消化道溃疡，因为前者具有类糖皮质激素样成分，可促使胃酸分泌加强，并减少胃黏膜分泌。
8.个体差异
人体作为复杂个体，个体与个体之间既存在一致性，也存在差异性。这种个体差异性体现在以下几个方面。
（1）种族差别。在中药急性毒性试验时，可因动物种属不同而出现显著的差异，在不同种族的人群中同样会出现不同的反应。
（2）体质差异。不同个体存在着正常的生物学差异。由于基因多态性个体差异，有的人对于某些药物耐受性较差或「超敏」，易出现过敏反应。此外，所有的药物均以异物形式进入机体，过敏体质者出现过敏反应的概率也偏高。
（3）性别、年龄因素。有文献报道，女性发生药物不良反应比男性多，如妇女哺乳期会对许多药物反应敏感。老年人、婴儿和青壮年对于药物的反应也各有差异，一发生不良反应，这与药物代谢速度、肾脏排泄功能有关。
根据上述常见中药不良反应发生的原因可以看出，中药饮片的不良反应大多不属于「正常的用法用量」，因此真正属于不良反应的病例并不多。但是，中药在人们心中固有的概念需要时间去纠正，因此仍然有必要提出中药合理应用的概念，加强临床医生的安全应用意识，从而减少患者痛苦，更好的为国人提供医疗服务。
