清朝定都北京後，其統一中國的事業依然面臨著艱難復雜的形勢。李自成、張獻忠的農民軍還占據著陜西、河南、四川、甘肅的大片地區，長江以南的明朝殘余勢力還不願服從清朝的統治，除了聯合內蒙古和歸附的漢族地主勢力進行軍事征討外，清朝的一個重大任務就是穩住蒙古喀爾喀、衛拉特各部，保障後方的安定。因此，清朝十分重視在蒙古各部有深刻影響的藏傳佛教格魯派，努力爭取格魯派首領達賴喇嘛的支持。順治皇帝剛剛即位，就對五世達賴喇嘛發出了進京的邀請。但是從當時清朝和甘丹頗章政權都建立不久的形勢看，雙方都有許多緊急事務需要辦理，因此這時的邀請還只能是建立進一步的關系的良好意願，還不能立即付諸實行。不過以後幾年中雙方使者來往不斷，達賴喇嘛在給清朝皇帝的信中按清朝皇室舊稱「滿洲」的諧音「文殊」稱順治皇帝為「嘉央貢瑪傑波’即文殊皇帝。
1647年五世達賴喇嘛在給順治皇帝寫信獻禮的同時還給當時掌握清朝實權的睿親王多爾袞寫了信。到了1648年夏天，清軍已占領長江中下遊廣大地區，反清勢力分散於東南、西南，已不能對清朝構成根本的威脅，邀請達賴喇嘛的事情又再次提上了日程。當年5月，清朝派遣以席喇布格隆為首的使者進藏，敦請達賴喇嘛動身，在給五世達賴喇嘛的敕諭中說:「古來佛法無邊，教化眾生，貴於行善，安居樂業。為此敦請高僧喇嘛來京，祈禱永久幸福，指導直理之路，是為至盼。」同時還給固始汗、四世班禪各下一道敕諭，要固始汗和四世班禪勸說達賴喇嘛動身進京。11月底席喇布格隆等到了拉薩，五世達賴喇嘛和固始汗經過慎重考慮，1649年正月初三在布達拉宮會見席喇布格隆時，五世達賴喇嘛表示為了不違背皇帝的聖旨，答應進京，並說將於龍年(1652)夏天動身。還寫了一封回信，說明因為漢地遼闊，人口眾多，擔心傳染上天花和熱病，所以進京後不能久留，派噶居喜饒等攜帶方物隨清朝使者到北京奏報順治皇帝。
1650年年底，清朝的攝政王多爾袞突然病逝，順治皇帝親政，由鄭親王濟爾哈朗輔政，清朝加緊了邀請五世達賴喇嘛進京的事務。1651年初，清朝又派色欽溫波等進藏敦請動身。7月色欽溫波等到達拉薩傳達聖旨後，達賴喇嘛和固始汗透過第巴索南饒丹向西藏各地僧俗通告了達賴喇嘛將到北京去的事，立即在格魯派的僧人中引起強烈的反響。拉薩三大寺的僧眾擔心五世達賴喇嘛會像三世達賴喇嘛索南嘉措那樣離開西藏後不再返回，因此極力勸阻。在看到五世達賴喇嘛已經決意動身，又提出要達賴喇嘛保證在三年內返回拉薩，達賴喇嘛為了說服僧眾，便在保證會盡快返回的文書上簽字畫押。
拉薩三大寺的僧眾勸阻達賴喇嘛進京，並不是反對與清朝建立關系，他們確實是對三世達賴喇嘛的事例印象非常深刻。在當時的交通條件下，從拉薩到北京來回路途的艱難和危險被人們廣為傳說。同時，從青藏高原人口稀少的地區到漢地人口稠密的城市，一些人由於對天花等傳染病沒有抵抗力而染病身亡，也使許多人談虎色變。清朝初年，許多滿族人也對天花十分恐懼，沒有出過痘的人被稱為「生身」，認為這樣的人在漢地長期居住會有生命危險。當時漢地戰爭還在繼續進行，饑荒和瘟疫流行的訊息也不時傳到西藏。因此三大寺的僧眾認為五世達賴喇嘛進京是冒著巨大的危險，要對此事加以阻止，也是情理中的事。可貴的是，年輕的五世達賴喇嘛不懼怕路途的艱難和危險，力排眾議，決心仿效八思巴和三世達賴喇嘛到漢地和蒙古弘傳佛法，動身進京，與中央王朝建立政治和宗教關系。正是由於五世達賴喇嘛本人的堅定決心和政治遠見，他對清朝初年西藏與清朝關系的發展，對中國的統一事業和民族間的友好交往做出重大的貢獻。
當年8月，又有清朝所派的以喜饒喇嘛、多蔔臧古西等為首的二百多人到達拉薩。他們帶來催請達賴喇嘛動身的詔書，還有皇帝給班禪大師、固始汗、第巴索南饒丹的敕諭，要求他們協助五世達賴喇嘛盡快啟程，還帶來兩萬兩白銀，要第巴索南饒丹召集僧眾為清朝皇室誦經祈福。五世達賴喇嘛一方面組織工匠趕造進京所需的各種物品;一方面和固始汗一起前往山南的桑耶寺、昌珠寺、曲科傑寺朝聖，祈禱神靈的護佑，同時還精心挑選隨同進京的蒙藏僧俗人員。他的隨從人員中有從哲蚌寺、色拉寺、甘丹寺和曲科傑寺挑選的僧人組成的紮倉，有經常為他看病的醫生，還有後來相繼擔任第巴的他的親信仲麥巴·赤列嘉措和羅桑圖多等人。出發時隊伍就很龐大，到內蒙古時總數達到三千人之多。特別是五世達賴喇嘛還依據薩迦派的記載，仿照八思巴制定的制度，設立了隨從人員的職司制度，對隨行隊伍進行管理，這說明他把自己的進京看成是對八思巴等前往漢地的先輩的事業的延續。
1652年3月15日，五世達賴喇嘛從哲蚌寺出發，但是當天只到拉薩附近的丹吉林卡紮帳住宿，會見各大寺院和拉薩的大批送行者，為他們做了加持法事。許多僧俗首領要求按元代八思巴進京時西藏各地首領到藏北當雄送行的舊例，把達賴喇嘛送到當雄。
17日，達賴喇嘛在固始汗和大批送行者的簇擁下向堆龍德慶進發。23日，當時已經年過八十的四世班禪大師從日喀則到達當雄的噶摩為達賴喇嘛送行，他們在那裏停留了六天，就政教事務進行了詳細的交談。四世班禪和大多數送行者從當雄返回，而固始汗和第巴索南饒丹則送行到念青唐古拉山附近，才返回拉薩。這以後五世達賴喇嘛沿途受到蒙藏各部僧俗百姓和首領頭人的迎送，並舉行盛大的集會，誦經傳法，還有許多從遠處專程趕來獻禮磕頭的人參加。五世達賴喇嘛在途中多次派遣使者到北京去通報自己的行程，清朝也派出以理藩院侍郎沙濟達喇為首的官員趕往青海迎接。當達賴喇嘛行至青海湖邊時，與沙濟達喇相會，沙濟達喇向達賴喇嘛遞交了皇帝的敕諭和禮品，包括賞賜五世達賴喇嘛袍服、珍珠、念珠、靴帽、雕金鞍轡、8匹黃驃馬、馬鞭等物，足見清政府對五世達賴喇嘛進京覲見的重視。在青海湖邊舉行了有蒙、藏、漢、土、回等民族數千人參加的大會，歡迎五世達賴喇嘛。這以後五世達賴喇嘛就由清朝官員陪同，一路上還受到清朝地方官員的接送。8月17日，五世達賴喇嘛一行到達塔爾寺,駐錫在該寺西北角山腰上的「吉祥新宮」內。在塔爾寺期間，五世達賴喇嘛在三世達賴喇嘛索南嘉措曾經登台說法的台座上給漢、藏、土、蒙古等族的5000多名信徒宣講了宗喀巴的【菩提道次第廣論】。
1652年9月，五世達賴喇嘛經西寧等地抵達中衛，隨後在寧夏銀川附近乘坐清朝準備的兩層官船渡過黃河。黃河的寬闊雄偉給他留下了深刻的印象，他稱黃河河水三倍於雅魯藏布江，泛著赤紅的顏色，好像要融入藍天。此時達賴喇嘛和固始汗都曾經先後致書順治皇帝，希望順治皇帝在長城以北的代噶地方會見達賴喇嘛。順治皇帝開始同意這一意見，並為在代噶會見達賴喇嘛做了一些準備。但是後來在征詢群臣的意見時，滿族諸臣認為皇帝到代噶迎接對爭取喀爾喀等部有益，不妨前往;漢族諸臣認為皇帝為天下國家之主，不應當去迎接達賴喇嘛，可從諸王大臣中派一人代迎，就可以表示對達賴喇嘛的敬重。經過權衡，順治皇帝決定派承澤親王碩塞到代噶迎接。11月2日，五世達賴喇嘛在代噶附近遇見承澤親王一行，一起到達代噶(岱噶，也稱岱海，清代稱為岱哈泊，在今內蒙古烏蘭察布盟涼城縣東北)，住進專為達賴喇嘛進京建造的行宮。承澤親王向達賴喇嘛傳達了要達賴喇嘛把大隊隨從留在代噶，只帶少數隨從進京的敕諭，因此達賴喇嘛在代噶停留了半個月，會見了從內蒙古、喀爾喀前來的僧俗大眾，並為進京做準備。12月1日，達賴喇嘛在承澤親王的陪同下從代噶動身，經過張家口、宣化、沙河，12日到達北京近郊的清河時，又受到輔政親王鄭親王濟爾哈朗帶領的大隊人馬的盛大歡迎。13日在清河停留，隨即在輔政親王的陪同下住進一座被稱為禪林的寺院，此寺院即是普靜禪林，後來又被稱為東黃寺。
為了順治皇帝和五世達賴喇嘛第一次如何見面，清朝君臣費了很多心思，最後是讓達賴喇嘛在黃寺休息兩天以後在12月16日(漢歷15日)前往北京南苑，而順治皇帝則以到南苑狩獵的名義前往，以「不期然而遇」的形式與五世達賴喇嘛相見。據五世達賴喇嘛自己的記載，他們一行在可以望見順治皇帝臨幸的南苑衙門行宮時，眾人下馬步行，五世達賴喇嘛則騎馬到距皇帝四箭之地下馬，皇帝從座位上起身，相迎十步，與達賴喇嘛握手，透過轉譯相互問候。在落座時，達賴喇嘛的座位在皇帝禦座旁邊，稍低於皇帝的禦座。達賴喇嘛向皇帝獻了珊瑚念珠、氆氌、藏香以及馬匹、羔皮等西藏方物。順治皇帝向達賴喇嘛詢問了西藏的情況，雙方很高興地進行交談。這次會見中達賴喇嘛對年輕的順治皇帝留下了很好的印象。會見後達賴喇嘛即返回普靜禪林居住，第二天也即是藏歷十二月十七日(1653年1月15日)移住清朝專門為他修建的住所黃寺(現在只留存西黃寺部份)。當時藏歷和漢歷都已接近新年，25日順治皇帝派兩位內大臣到黃寺，給達賴喇嘛贈送了銀質曼遮、瓷器、金盤、長號、嗩吶、香爐、傘蓋、經幡等，留在代噶的侍從也派人送來新年禮品。五世達賴喇嘛像在拉薩一樣度過藏歷水蛇年新年。從正月初三開始，在北京的滿蒙王公紛紛前來黃寺拜見達賴喇嘛並奉送大量禮品，達賴喇嘛給許多人做了護佑法事。
正月十一，順治皇帝傳旨請五世達賴喇嘛到皇宮太和殿，舉行盛大的宴會款待達賴喇嘛一行，還給隨達賴喇嘛進京的第穆活佛、白居寺堪布、仲麥巴·赤列嘉措、羅桑圖多等十三人頒給了賞賜。以後由輔政親王濟爾哈朗為首的在北京的滿蒙王公輪流宴請達賴喇嘛。北京的漢傳佛教的僧人也向達賴喇嘛獻禮，達賴喇嘛給北京的漢僧發放了一萬五千多兩白銀的布施，還按照順治皇帝的諭令，為內蒙古的格魯派高僧內濟托因和強林諾門罕的爭執做出評判，五世達賴喇嘛將做出的裁定報告了皇帝，得到順治皇帝的同意。達賴喇嘛到京後僅僅十幾天，就有固始汗的使者到達，向清朝進貢，並請達賴喇嘛回藏。正月初八，隨從來京的達賴喇嘛的醫生強俄巴在黃寺患了被懷疑為瘟熱的病，很快就病故了，他是多年為達賴喇嘛治病的醫生，達賴喇嘛與他感情很深，這使眾人對漢地的傳染病感到恐懼，所以到正月中旬,達賴喇嘛也向皇帝奏稱，在北京不服水土，侍從中有生病的，要求動身返藏。經一再挽留，達賴喇嘛停留到二月中旬，順治皇帝同意達賴喇嘛離京。
二月十八日，皇帝在太和殿再次舉行盛大宴會，為達賴喇嘛餞行，賞賜重五十兩的金茶筒一對、金盤一對、黃金五百兩、銀茶筒八個、銀盤八個、白銀一萬兩、重一千兩的銀罐一個、大緞一千匹、金鞍十副、茶葉一百包作為送別禮品。順治皇帝的母親孝莊皇太後賞賜黃金一百兩、白銀一千兩、大緞一百匹。在皇帝和皇太後的帶頭下，輔政親王濟爾哈朗贈送黃金一百兩、金茶筒、金盤、大緞一百匹，承澤親王贈送黃金一百兩、大緞一百五十匹，其他滿蒙王公也贈送了大致相當的禮品。二月二十日五世達賴喇嘛從黃寺啟程時，順治皇帝又派內大臣送來大瑪瑙珍珠一串，並傳旨把賞賜給達賴喇嘛的傘蓋、幡幢、旗幟等儀仗擺列隊伍前面，以壯行色，還派輔政親王濟爾哈朗率百官三千人送達賴喇嘛到清河，在清河住宿一夜，次日輔政親王以皇帝的名義再次餞別達賴喇嘛，並把自己的坐騎也贈給達賴喇嘛。然後由承澤親王等率兵護送達賴喇嘛等人直到代噶。
