1937年全面抗戰爆發後，國共開始了第二次合作，在陜北的紅軍被改編為八路軍，而南方遊擊隊則被改編為新四軍。
八路軍的各級將領都由原紅軍將領擔任，但是在新四軍將領的任命上，國共雙方卻出現了分歧。
在南方三年遊擊戰爭中，主要領導人是項英和陳毅，按理說應該由這兩人擔任新四軍軍長、政委，但是，蔣介石不同意，單方面宣布了由葉挺擔任新四軍軍長。
毛主席、朱老總等人在權衡利弊後，決定接受這個任命，由葉挺擔任軍長，項英擔任副軍長，實際上擔任政委的職務。
一個是北伐名將，一個是紅軍元老，這對組合在當時還是被很多人看好的，陳毅陳老總就說過：「項副軍長以其歷史地位，在全黨的威信，使南方八省遊擊隊變成鐵的力量，以後和葉軍長合作，使改編成功，這是本軍成立的關鍵。」
然而，現實卻很讓人失望，項英與葉挺的合作很不愉快，葉挺將軍甚至幾次負氣出走，中央不得不派周恩來幾次來到新四軍軍部，協調兩人的關系。
至於原因，一方面，葉挺將軍出身很高，早在孫中山時期，就擔任大元帥府警衛營長，在北伐戰爭中，更是率領獨立團百戰百勝，少年得誌之下，葉將軍難免有些軍官的做派，平時喜歡穿著洋裝、拿著文明棍，這讓項英看起來很不習慣，心理上產生了隔閡。
另一方面，在項英看來，葉挺將軍雖然是我軍的創始人之一，但畢竟已離開十年之久，現在更像是一個蔣介石在新四軍的代理人，而非同甘苦共患難的革命同誌。
舉個例子，早在新四軍建立後，葉挺將軍就曾命令張雲逸等人帶兵東進，擴充套件新四軍的勢力範圍，以便發展壯大，但項英一直對其掣肘。當時按照分工，葉挺負責軍事，項英負責政治，但項英經常以「非單純的軍事問題為由」，總攬其權，電報更是先行截取閱覽，這讓身為軍長的葉挺很是難堪。
在這些事情上，項英確實做得有點過了，這也是他備受爭議的地方。
當然，項英作為新四軍的政委，其實他還是做出了非常大的貢獻的。
第一，在組建新四軍中，項英起到了動員帶頭作用。
1938年2月，項英在南昌召開新四軍軍部會議，在會議中，項英首先說明了新四軍改編工作已取得重大進展，並指出：「我們新四軍的指戰員來自八省，軍機關的人員有的來自延安，有的來自地方，都是為著抗日這個目標走到一起來了。大家的閱歷不同，特點不同，但抗日的目標相同，要互相學習，團結共事，很好地履行自己的職責。當前最重要的是嚴密組織分散在各地的部隊的開拔工作，應註視各地的動向，使部隊盡快而又安全地開赴集結地區。」
應該說，項英的這一番講話，對當時凝聚機關幹部的人心，起到了非常大的作用。
第二，遊擊隊數月即能完成集結整編，項英功不可沒。
新四軍軍部成立後，項英隨即派人釋出長篇工作指示——【鞏固部隊，提高戰鬥力，準備勝利的戰鬥】。在指示中，項英強調：「要百倍加強黨內和部隊中的政治教育和馬列主義的教育，提高全軍指揮員更高的政治覺悟，了解自身的責任，保持和發揚優良傳統，不受任何影響而減弱自己的精神。」
同時，項英還主張要保持和發揚我們的優良傳統，「這是堅強部隊提高戰鬥力的基礎，誰不堅持這一點，無疑是降低了我們的戰鬥力。」
應該說，項英提出的這些指示，對於當時尚未整編的紅軍遊擊隊來說，無論從思想上還是行動上都起到了巨大的促進作用。在項英的指示下，僅僅不到三個月的時間，南方八省遊擊隊就順利完成了集結和整編工作，一個嶄新的新四軍誕生了。
第三，項英著力加強黨對軍隊的絕對領導。
新四軍改編完成後，項英帶領政治部，自編教材，先後整編印發了【中國共產黨在抗日時期的任務】【為爭取千百萬群眾進入抗日民族統一戰線而鬥爭】【反對日本進攻的方針、辦法和前途】等，作為政治教材印發給幹部戰士學習。
在當時，紅軍戰士普遍存在仇視國民黨、敵視整編的行為，項英就透過與戰士談心、上政治課、作形勢任務報告等方式，讓戰士們認識到了民族矛盾已上升為主要矛盾和抗日民族統一戰線的重要性。
同時，項英還註重在部隊中發展黨員，針對當時黨支部未深入到基層的情況，項英還多次召開了軍級黨委會，在各營連組建了黨支部，從而加強了黨對軍隊的領導。
第四，項英很好地進行了抗日宣傳工作。
在雲嶺軍部，項英大力支持群眾組織婦抗會、農抗會、工抗會、青抗會等社會團體，透過自編自演的文藝形式向廣大士兵、群眾宣傳黨的抗日政策。項英還創辦了兩所農民夜校，對農民進行文化教育，宣傳黨的相關政策。
漸漸的，在雲嶺，群眾與新四軍的矛盾越來越少了，後來蔣介石停發軍餉，新四軍處境艱難時，皖南的老百姓節衣縮食，貢獻出了大批糧食，這與項英進行的宣傳是分不開的。
因此，項英作為新四軍的政委，對新四軍的建立和發展是功不可沒的。
但是，項英同樣存在著一些不可忽視的缺點，也讓新四軍在後來遭遇了重重困難。
首先，三年遊擊戰爭養成了項英艱苦樸素的性格，但也使得他過於謹慎，不敢大膽用兵。
新四軍創立後，項英下令抽調6個團，專門來保衛軍部。但實際上，這樣做不僅沒有很好地保衛軍部，反而使其錯失了發展良機，且時刻處於國民黨第三戰區的監視和包圍中。
其次，就是缺乏大局觀。
在1940年，陳毅多次在江北發出電報，建議新四軍離開雲嶺，葉挺也竭力主張東進，讓軍部撤離皖南，但項英卻始終下不了決心。
項英十分迷戀雲嶺的山川地勢，在項英看來，這是一個打遊擊戰的絕佳之地，甚至項英一度提出，要將雲嶺建設成為華中抗日中心的想法。但是項英卻忽略了，遊擊戰並非遊而不擊，且友軍也並非永遠是友軍，當同袍兄弟揮起屠刀時，更應該有提前預防的能力和考量。
這一點，在皖南事變時體現得淋漓盡致！
第三，是缺乏魄力。
作為事實上的「新四軍之父」，項英實際上掌控全域，但是他做事卻缺乏魄力。
1939年，葉挺曾提出擴編新四軍第六支隊，項英卻擔憂軍餉供應不足，使得新四軍發展明顯滯後。
皖南事變前，項英顧慮重重，難下決斷，對於突圍路線遲遲沒有下決定。事變發生時，項英更是顧慮部隊損失，從而錯過了從茂林突圍的最佳時間。其後，項英又想要帶小股部隊上山打遊擊，而忽略了對軍隊的總體部署。
最終，在項英的猶豫與失策中，新四軍不斷地錯失突圍良機，最終損失慘重，連項英自己也不幸犧牲，年僅43歲。
從此，項英在我軍的歷史上被長期忽略。
直到上世紀80年代，項英才重新被人正視起來，1998年，項英誕辰100周年時，時任中央軍委副主席的遲浩田親自參加座談會，公開評價道：「項英同誌是傑出的無產階級革命家，工人運動的著名活動家，黨和紅軍早期的領導人之一，新四軍的建立人和主要領導人之一，抗日戰爭的名將之一……」
