新疆在1943年之前一直處於各方角力的情況。今天說盛世才背叛中國共產黨，背信棄義，並殺害了毛澤民、陳潭秋等中國共產黨成員。不過另一方面，某種程度上也可以說正是因為盛世才的背叛，才阻止了蘇聯對新疆的進一步滲透，大大了降低了未來蘇聯在新疆復制外蒙故事的可能性。
概括起來就是，盛世才最初未來在新疆爭霸，主動把蘇軍引入新疆幫助他擊垮其他軍閥以及彈壓反對盛世才的反抗勢力，並直接出兵幫助盛世才阻止蔣介石勢力入疆，維持自己的獨立王國狀態。盛世才保持獨立王國當新疆的土皇帝，蘇聯則趁機在新疆滲透，在一段時間內實作了雙方的互利互贏。
簡單梳理一下時間線：1933年8月，國民黨中央任命劉文龍、盛世才、張培元為新疆省政府委員，劉任主席，盛世才任督辦，張任伊犁屯墾使兼新編第八師師長。1933年十二月，張培元打著盛世才裏通蘇聯名義，截留盛世才從蘇聯購回的大批軍事物資，自伊犁進兵迪化進攻盛世才。盛世才便請求蘇聯出兵助戰。蘇軍自霍爾果斯出兵背刺，將張培元擊敗，張培元留下「河山破碎，地方糜爛，奉職無能，再無面目見地方父老⋯⋯」的遺書後自殺。1934年1月，代表國府的馬仲英統率主力七千余人圍攻迪化，盛世才的形勢再度危急，以允許蘇聯在新疆修建鐵路、出賣部份礦山開采權給蘇聯、允許新疆傳播康米主義等條件再次請蘇聯紅軍相助。蘇軍分兩路入疆，很快擊敗馬仲英部。馬仲英於２月中旬撤圍南逃。至此，盛世才的優勢地位正式確立，在新疆再無敵手，成為了新疆的主人。投桃報李，盛世才在1936年正式頒布實行「反帝、親蘇、民平、清廉、和平、建設」六大政策。
1938年一月，蘇聯紅軍派遣一個機械化加強團——第八團進駐哈密， 守護著新疆東部大門，這使得國民黨軍隊不敢輕易西進，對新疆的脫離於中央之外的情況進行維持。1940年11月26日，盛世才和蘇聯簽訂為期50年的【新蘇租界條約】，之後蘇聯在新疆享有不受當地政府幹預的特權，新疆事實上成為了蘇聯的「保護國」。
那麽是什麽打破了蘇聯的新疆持續滲透的過程呢？答：這得感謝巴巴羅薩行動。蘇德戰爭初期，德軍勢如破竹，蘇聯也只好把精力放在西線而不是遠東。導致盛世才認為，蘇德戰爭結果難以預測，就算蘇聯獲勝，他們也不能如過去那樣援助自己，那麽，還不如投靠蔣介石。
所以他便在1943年背棄了親蘇六大政策。同時為了給蔣介石納投名狀，於是便將中國共產黨在新疆的工作人員全部殺害，並把蘇聯勢力逐出新疆。
轉到國民政府視角：1942年日軍占領緬甸並遠犯雲南後， 中國的西南國際交通線被切斷，新疆成為僅剩的一條西北國際通道，戰略地位驟然上升，愈加迫使蔣介石把解決新疆問題擺上了議事日程。
而且。蔣介石看不上盛世才的人品。盛世才這個貨一直想當土皇帝，雖然投向蔣介石，但是還是註意維持自己的獨立地位。蔣介石無法容忍新疆在盛世才的統治下漸漸變為獨立王國的事實，尤其是是盛世才雖然背刺了中國共產黨，放棄六大政策，然而他對蘇聯還沒有徹底恩斷義絕，而是繼續私下勾搭。尤其是史太林格勒戰役後，眼看著蘇德戰場形勢開始逆轉，盛世才這個貨又去主動修復和蘇聯的關系。還開始清洗國民黨在新疆的系統。是的，今天大家都知道盛世才背刺中國共產黨，殺害清洗中國共產黨在新疆的工作人員的故事，但是對盛世才同樣在清洗國民黨在新疆的人的事卻知之甚少。
據說盛世才還向史太林承諾將新疆作為蘇聯的加盟共和國，只不過由於考慮到當時國際局勢的影響，再加上對反復無常的盛世才無法信任，蘇聯對於盛世才的投誠並沒有接受，還將盛世才的這一舉動告訴了蔣介石。
是的，蘇聯就像之前賣楊虎城一樣，又把盛世才賣給蔣介石了。
為此，1944年，蔣介石開始了針對新疆的行動，政治軍事雙管齊下。政治方面，蔣一方面透過收買、誘逼等方式分化瓦解統治集團；另一方面，他又密囑西北的胡宗南暗暗將軍隊往新疆推進，一舉奪得控制新疆與內地聯結的關隘——星星峽 。
對新疆開始軍事壓力之後，蔣介石命令第八戰區司令長官朱紹良由蘭州飛到烏魯木齊，當面傳達國民黨中央命令：內調盛世才去重慶任農林部長，遺缺新疆省政府主席和新疆警備司令，由吳忠信和陶峙嶽分別接替。朱紹良見到盛世才後，開門見山地告訴他，現在胡宗南兵控星星峽，陶峙嶽又帶領大批軍隊在赴疆途中，如果再做抗拒，只會招致覆巢之災。聽了朱紹良一番話後，盛世才接連幾天召開心腹會議，反復權衡利害關系，最終決定投降，同意接受蔣的任命。
因為判定打不過，盛世才雖然擁有6個師的兵力，但是無論是裝備、人數還是訓練程度，都難以與中央軍媲美，他面對的是陶峙嶽兵團正在向烏魯木齊挺近的三個師的中央軍。此時蘇聯也不願意幫忙，投降是唯一的選擇。於是1944年9月11日，盛世才乘坐飛機到達重慶，結束了在新疆12年的統治。當然這些年在新疆民脂民膏沒少搜刮，據說他在新疆掠奪的財富三架飛機都裝不完。
以上差不多就是抗戰時期新疆的大體故事，盛世才前期裏通蘇聯，中期蘇德戰爭後對蘇聯前途感到悲觀開始向蔣介石搖擺，後期他又想和蘇聯勾搭，蔣介石果斷采取行動進兵新疆，將盛世才推翻下台，終於實作了內地中央對新疆的實際控制，保證了新疆最終屬於中國的一部份。站在蘇聯立場上，沒有及時援助盛世才是個很大的戰略失誤。因為盛世才倒台，國民黨控制新疆後，蘇聯這才開始行動。
1944年夏天，在距伏龍芝（比什凱克）78公裏處的益西可阿塔村，蘇聯訓練了兩支特種部隊，分別名為「布依屈」和「巴特爾」，並將他們送入西域開展「遊擊戰」，和國軍對抗。10月份，國民黨省政府決定從當地征收1萬只牛以用於軍事需要，由此在牧區造成了嚴重不滿，除此之外，在征收的馬匹不能交付的情況下，被征收戶需要繳納700元的抵扣，激發當地嚴重不滿。蘇聯趁機在當地煽動抗議活動和武裝起義。11月叛亂蔓延整個伊犁河谷，叛亂的中心在霍爾果斯和阿爾馬阿塔，而協調排程（指揮）中心在固爾紮的蘇聯領事館。蘇聯領事館邀請當地的白俄，任命白俄分子充當叛亂的指揮者。11月7日，蘇聯支持叛亂者成立偽政權。一周之後，伊犁方面宣布了他們成立的所謂臨時共和國偽政權。蘇聯向該政權提供了不少的技術人員和其他設施。11月16日，阿裏汗.拖雷.沙希爾罕霍賈耶夫被所謂的革命軍事指揮部宣布為政府首腦。
挺諷刺的，正是二十七年前的同一天，在彼得格勒發生了反對白俄的十月革命。時隔二十七年，在十月革命紀念日這一天，布爾什維克居然勾結在新疆的白俄分子煽動叛亂，就是為了分裂我們的新疆。
這件事的完結是二戰後期中蘇談判。國民政府以蘇聯停止支持新疆的少數民族起義在內的三個條件（另外兩個是承認外蒙獨立和租借旅大給蘇聯）換取了蘇聯壓迫中國共產黨結束東北鐵路沿線各城市，以及不在中國內戰中支持中國共產黨的承諾，才是給新疆的亂局大概畫上了一個句號，雖然之後蘇聯在新疆的小動作不斷。
至於西藏，在抗戰時期相對積極一些。抗戰期間，藏區人民也積極為抗戰捐款捐物。比如說，西藏僧侶大眾在1944年一次捐贈500萬元給國民政府買飛機，甘肅拉撲楞藏區所捐獻財物可以購買三十架飛機，青海藏區一次為抗戰捐獻了羊皮衣十萬件等等。
藏區另一個貢獻是，抗戰全面爆發後，日軍切斷中國的海路運輸，後方物資非常匱乏。川康地區的藏族愛國人士策劃並開辟了印度經西藏直通川、滇完全依靠騾馬運輸的陸路國際交通線。從印度購進大批商品運至抗戰大後方。具體是，組織馬幫從麗江、中甸、德欽及四川的康定、巴塘，途徑西藏連線印度的噶倫堡（這裏是英、印對四川、雲南的進出口商品的集散地）。這對1940至1942年，滇緬公路和滇越鐵路運輸線中斷期間，對大後方的物資供應起到了很重要的作用。這個馬幫在運輸期間也順手救助了不少駝峰航線上的盟軍飛行員。為抗戰做出了特殊的貢獻。
