明朝成立时，其建国宗旨之一便是「驱除鞑虏」，旨在结束元朝的蒙古统治。尽管如此，明朝军队中却包括了众多蒙古骑兵。这种现象的出现，其背后有着复杂的历史背景。
元朝从始至终，内部派系斗争激烈不断，这使得明军能够轻松地展开北伐，部分原因就在于元朝内部的分裂。
在1363年（元顺帝至正二十三年），朱元璋和陈友谅之间的决战决定了谁能掌控中国南部的大片领土。如果那时的元朝政府足够统一，理应利用这两股力量相互消耗之际，出兵消灭双方。然而，元朝未能抓住这一机会。
当时，元朝政府分裂为帝党和后党，后党以高丽籍的奇皇后为首，试图废黜元顺帝。因此，他们调动河南王中书左丞相王保保（扩廓帖木儿）北上至大都，与帝党的孛罗帖木儿展开了长达两年的战斗。当王保保胜利时，朱元璋已经战胜了陈友谅。
朱元璋接着对张士诚发动战争，元朝政府再次陷入了王保保与李思齐、张良弼等拥元军阀的纷争中，而朱元璋最终获得了全面胜利，赢得了与元朝决战的机会。
到了1368年（元顺帝至正二十八年，即明太祖明洪武元年），徐达、常遇春率军北上，明军攻势如破竹。这时，蒙古骑兵面临三种选择：继续追随元顺帝，投靠王保保，或是归降大明。
认识到元朝已经日暮途穷的这些败军之将，出于对自身安全和前途的考虑，选择了归顺明朝，因此明朝军队中出现了大量的蒙古骑兵。
当元顺帝放弃大都北逃时，跟随他的蒙古人仅有6万户，而剩下的大约44万户中，相当一部分选择了归顺明朝。
蒙古族并非铁板一块，尽管他们的祖先曾创造过辉煌的跨欧亚帝国，但帝国内部的政治斗争从未停歇。即使在蒙古帝国扩张期间，四大汗国与元朝之间的斗争也是断断续续的。
在明朝，蒙古骑兵同样立下了不少功勋，特别是在靖难之役中，朵颜三卫在朱棣的率领下屡次冲锋陷阵，证明了他们愿意为明朝服务。
1389年（明太祖洪武二十二年），朱元璋在大兴安岭东侧设立了具有羁縻性质的朵颜、泰宁、福余三卫指挥使司。这些部落的领袖分别是成吉思汗家族的后裔，他们在今天的黑龙江、吉林和内蒙古东北部拥有广泛的活动范围。
朵颜三卫地理位置险峻，因而被称为朵颜三卫或兀良哈三卫，其驻地远离中原，最初位于今内蒙古东部扎赉特旗北的绰尔河一带。
泰宁卫的地理位置在原元泰宁路（现在的吉林洮儿河一带），而福余卫则位于乌裕尔河（今天的黑龙江齐齐哈尔一带）。
朵颜三卫的战马众多，归属于朱元璋封的第十七子朱权的管辖。朱元璋封朱权为宁王，其封地位于大宁卫（今内蒙古赤峰宁城县），这里位于喜峰关外，东接辽左，西靠宣府，掌管八万甲士（包括蒙古骑兵）和六千革车。
1399年（明惠宗建文元年），朱元璋的孙子朱允炆继位，同年便开始了削藩政策。建文帝召唤宁王朱权进京，但朱权坐拥重兵，拒绝服从。
在「靖难之役」前，朱棣（燕王）需先解决其北方的宁王这一后顾之忧。朱棣利用朵颜三卫蒙古骑兵的支持，控制了朱权及其部众。同时，朱棣从朵颜三卫借来了三千名蒙古骑兵，成为其「靖难军」的精锐力量。
朱棣作为明成祖后，曾五次北伐鞑靼和瓦剌，期间朵颜三卫的态度时而降服，时而叛变。
明朝赋予朵颜三卫首领以都督、都指挥、指挥、千百户等职位，并根据功绩决定其晋升。明朝还颁发敕令，让三卫领袖凭借朝贡以示忠诚。规定三卫每年贡献两次，每次一百人，通过喜峰口进出，贡献的物资包括战马和骆驼等。永乐年间，还在辽东开原和广宁（今辽宁北镇）等地设立马市，与三卫进行马匹的贸易。
1422年（明成祖永乐二十年），朱棣亲自第三次北伐鞑靼，阿鲁台在战争中弃重逃逸。班师回朝途中，朱棣派兵攻击朵颜三卫，在屈裂儿河击败敌军，追击三十里，斩杀了数十名部族首领，此役后朵颜三卫显著收敛。
