新疆在1943年之前一直处于各方角力的情况。今天说盛世才背叛我党，背信弃义，并杀害了毛泽民、陈潭秋等我党成员。不过另一方面，某种程度上也可以说正是因为盛世才的背叛，才阻止了苏联对新疆的进一步渗透，大大了降低了未来苏联在新疆复制外蒙故事的可能性。
概括起来就是，盛世才最初未来在新疆争霸，主动把苏军引入新疆帮助他击垮其他军阀以及弹压反对盛世才的反抗势力，并直接出兵帮助盛世才阻止蒋介石势力入疆，维持自己的独立王国状态。盛世才保持独立王国当新疆的土皇帝，苏联则趁机在新疆渗透，在一段时间内实现了双方的互利互赢。
简单梳理一下时间线：1933年8月，国民党中央任命刘文龙、盛世才、张培元为新疆省政府委员，刘任主席，盛世才任督办，张任伊犁屯垦使兼新编第八师师长。1933年十二月，张培元打着盛世才里通苏联名义，截留盛世才从苏联购回的大批军事物资，自伊犁进兵迪化进攻盛世才。盛世才便请求苏联出兵助战。苏军自霍尔果斯出兵背刺，将张培元击败，张培元留下「河山破碎，地方糜烂，奉职无能，再无面目见地方父老⋯⋯」的遗书后自杀。1934年1月，代表国府的马仲英统率主力七千余人围攻迪化，盛世才的形势再度危急，以允许苏联在新疆修建铁路、出卖部分矿山开采权给苏联、允许新疆传播康米主义等条件再次请苏联红军相助。苏军分两路入疆，很快击败马仲英部。马仲英于２月中旬撤围南逃。至此，盛世才的优势地位正式确立，在新疆再无敌手，成为了新疆的主人。投桃报李，盛世才在1936年正式颁布实行「反帝、亲苏、民平、清廉、和平、建设」六大政策。
1938年一月，苏联红军派遣一个机械化加强团——第八团进驻哈密， 守护着新疆东部大门，这使得国民党军队不敢轻易西进，对新疆的脱离于中央之外的情况进行维持。1940年11月26日，盛世才和苏联签订为期50年的【新苏租界条约】，之后苏联在新疆享有不受当地政府干预的特权，新疆事实上成为了苏联的「保护国」。
那么是什么打破了苏联的新疆持续渗透的过程呢？答：这得感谢巴巴罗萨行动。苏德战争初期，德军势如破竹，苏联也只好把精力放在西线而不是远东。导致盛世才认为，苏德战争结果难以预测，就算苏联获胜，他们也不能如过去那样援助自己，那么，还不如投靠蒋介石。
所以他便在1943年背弃了亲苏六大政策。同时为了给蒋介石纳投名状，于是便将我党在新疆的工作人员全部杀害，并把苏联势力逐出新疆。
转到国民政府视角：1942年日军占领缅甸并远犯云南后， 中国的西南国际交通线被切断，新疆成为仅剩的一条西北国际通道，战略地位骤然上升，愈加迫使蒋介石把解决新疆问题摆上了议事日程。
而且。蒋介石看不上盛世才的人品。盛世才这个货一直想当土皇帝，虽然投向蒋介石，但是还是注意维持自己的独立地位。蒋介石无法容忍新疆在盛世才的统治下渐渐变为独立王国的事实，尤其是是盛世才虽然背刺了我党，放弃六大政策，然而他对苏联还没有彻底恩断义绝，而是继续私下勾搭。尤其是斯大林格勒战役后，眼看着苏德战场形势开始逆转，盛世才这个货又去主动修复和苏联的关系。还开始清洗国民党在新疆的系统。是的，今天大家都知道盛世才背刺我党，杀害清洗我党在新疆的工作人员的故事，但是对盛世才同样在清洗国民党在新疆的人的事却知之甚少。
据说盛世才还向斯大林承诺将新疆作为苏联的加盟共和国，只不过由于考虑到当时国际局势的影响，再加上对反复无常的盛世才无法信任，苏联对于盛世才的投诚并没有接受，还将盛世才的这一举动告诉了蒋介石。
是的，苏联就像之前卖杨虎城一样，又把盛世才卖给蒋介石了。
为此，1944年，蒋介石开始了针对新疆的行动，政治军事双管齐下。政治方面，蒋一方面通过收买、诱逼等方式分化瓦解统治集团；另一方面，他又密嘱西北的胡宗南暗暗将军队往新疆推进，一举夺得控制新疆与内地联结的关隘——星星峡 。
对新疆开始军事压力之后，蒋介石命令第八战区司令长官朱绍良由兰州飞到乌鲁木齐，当面传达国民党中央命令：内调盛世才去重庆任农林部长，遗缺新疆省政府主席和新疆警备司令，由吴忠信和陶峙岳分别接替。朱绍良见到盛世才后，开门见山地告诉他，现在胡宗南兵控星星峡，陶峙岳又带领大批军队在赴疆途中，如果再做抗拒，只会招致覆巢之灾。听了朱绍良一番话后，盛世才接连几天召开心腹会议，反复权衡利害关系，最终决定投降，同意接受蒋的任命。
因为判定打不过，盛世才虽然拥有6个师的兵力，但是无论是装备、人数还是训练程度，都难以与中央军媲美，他面对的是陶峙岳兵团正在向乌鲁木齐挺近的三个师的中央军。此时苏联也不愿意帮忙，投降是唯一的选择。于是1944年9月11日，盛世才乘坐飞机到达重庆，结束了在新疆12年的统治。当然这些年在新疆民脂民膏没少搜刮，据说他在新疆掠夺的财富三架飞机都装不完。
以上差不多就是抗战时期新疆的大体故事，盛世才前期里通苏联，中期苏德战争后对苏联前途感到悲观开始向蒋介石摇摆，后期他又想和苏联勾搭，蒋介石果断采取行动进兵新疆，将盛世才推翻下台，终于实现了内地中央对新疆的实际控制，保证了新疆最终属于中国的一部分。站在苏联立场上，没有及时援助盛世才是个很大的战略失误。因为盛世才倒台，国民党控制新疆后，苏联这才开始行动。
1944年夏天，在距伏龙芝（比什凯克）78公里处的益西可阿塔村，苏联训练了两支特种部队，分别名为「布依屈」和「巴特尔」，并将他们送入西域开展「游击战」，和国军对抗。10月份，国民党省政府决定从当地征收1万只牛以用于军事需要，由此在牧区造成了严重不满，除此之外，在征收的马匹不能交付的情况下，被征收户需要缴纳700元的抵扣，激发当地严重不满。苏联趁机在当地煽动抗议活动和武装起义。11月叛乱蔓延整个伊犁河谷，叛乱的中心在霍尔果斯和阿尔马阿塔，而协调调度（指挥）中心在固尔扎的苏联领事馆。苏联领事馆邀请当地的白俄，任命白俄分子充当叛乱的指挥者。11月7日，苏联支持叛乱者成立伪政权。一周之后，伊犁方面宣布了他们成立的所谓临时共和国伪政权。苏联向该政权提供了不少的技术人员和其他设施。11月16日，阿里汗.拖雷.沙希尔罕霍贾耶夫被所谓的革命军事指挥部宣布为政府首脑。
挺讽刺的，正是二十七年前的同一天，在彼得格勒发生了反对白俄的十月革命。时隔二十七年，在十月革命纪念日这一天，布尔什维克居然勾结在新疆的白俄分子煽动叛乱，就是为了分裂我们的新疆。
这件事的完结是二战后期中苏谈判。国民政府以苏联停止支持新疆的少数民族起义在内的三个条件（另外两个是承认外蒙独立和租借旅大给苏联）换取了苏联压迫我党退出东北铁路沿线各城市，以及不在中国内战中支持我党的承诺，才是给新疆的乱局大概画上了一个句号，虽然之后苏联在新疆的小动作不断。
至于西藏，在抗战时期相对积极一些。抗战期间，藏区人民也积极为抗战捐款捐物。比如说，西藏僧侣大众在1944年一次捐赠500万元给国民政府买飞机，甘肃拉扑楞藏区所捐献财物可以购买三十架飞机，青海藏区一次为抗战捐献了羊皮衣十万件等等。
藏区另一个贡献是，抗战全面爆发后，日军切断我国的海路运输，后方物资非常匮乏。川康地区的藏族爱国人士策划并开辟了印度经西藏直通川、滇完全依靠骡马运输的陆路国际交通线。从印度购进大批商品运至抗战大后方。具体是，组织马帮从丽江、中甸、德钦及四川的康定、巴塘，途径西藏连接印度的噶伦堡（这里是英、印对四川、云南的进出口商品的集散地）。这对1940至1942年，滇缅公路和滇越铁路运输线中断期间，对大后方的物资供应起到了很重要的作用。这个马帮在运输期间也顺手救助了不少驼峰航线上的盟军飞行员。为抗战做出了特殊的贡献。
