重慶市於1939年5月5日升直轄市。自1938年8月至1946年5月國民政府由武漢遷此，1940年定為陪都。
1947年12月2日，行政院制定重慶市政府【組織規程】。重慶市政府置市長1人，設民政、財政、教育、社會、地政、衛生、工務、公用、警察9局，置局長各1人，置秘書長1人，參事2人；設會計處，置會計長1人。
1949年8月25日，行政院令，公布修正之重慶市政府【組織規程】。重慶市政府仍隸屬行政院，置市長1人，由行政院會議議決，提請總統任命。市政府原設局減為民政、財政、教育、建設、警察5局，置局長各1人；置秘書長1人，參事6人，設主計處，人事處，置處長各1人。
1949年11月30日，重慶解放。
歷任市長：
潘文華 ，四川仁壽人，四川陸軍速成學堂畢業，劉湘心腹，武德勵進會第二任會長。
任期： 1927年7月任職。
張必果 ，四川鄰水人，四川陸軍速成學堂、日本明治大學畢業，劉湘重要幕僚及心腹。1936年4月，他因病在成都逝世。
任期： 1935年7月任職。
李宏錕 ，四川三台人，四川陸軍速成學堂畢業，川軍速成系（劉湘派）將領。1938年8月，他因一切行動以川軍利益為主，使得國民黨中央勢力無法染指市政，故被蔣介石免去市長職務。
任職： 1936年4月任職。
蔣誌澄 ，浙江諸暨人，北京大學、德國柏林大學畢業，國民黨官僚，「新生活運動」的核心人物之一。1939年5月，他因重慶遭日海軍連續轟炸，軍民死傷無數而被迫辭職。
任期： 1938年8月任職。
賀國光 ，湖北蒲圻人，四川陸軍速成學堂、 陸軍大學第四期畢業，原為鄂軍將領，後依附於蔣介石。他因與川軍實力派劉湘、楊森等有同窗之誼，故在紅軍長征後便被派至四川，成為蔣染指川政的一大利器。1939年末，他因頻繁受到川軍排擠而被迫請辭。
任期： 1939年5月任職。
吳國禎 ，湖北建始人，清華大學、普林斯頓大學畢業，國民黨官僚。1942年，他因重慶大隧道慘案而被迫辭職。
任期： 1939年12月任職。
賀耀祖 ，湖南寧鄉人，日本陸軍士官學校畢業，原湘軍將領，後依附於蔣介石。抗戰勝利後，他因不滿國民黨內鬥爭日益嚴重而請辭市長職。
任期： 1942年12月任職。
張篤倫 ，湖北安陸人，保定陸軍軍官學校畢業，新政學系骨幹。1948年4月，其調任湖北省政府主席。
任期： 1945年11月任職。
楊森 ，四川廣安人，四川陸軍速成學堂畢業，川軍速成系（楊森派）首領， 後依附於蔣介石。1949年末，解放軍進逼重慶南岸，他倉惶撤往成都，旋飛離大陸去往台灣。
任期： 1948年4月任職。
