國民黨將領石覺抵達台灣後，在他的回憶錄中提及，當國民黨勢力迅速進入東北地區時，他指出在最初一年內，被派遣的七支軍中，有五位軍長與杜聿明產生了不和，反對其指揮方式。
逃亡至台灣的國民黨高級軍官們在他們所著的回憶錄中，常常推卸責任、相互指責是一種普遍現象。例如，被稱為「長腿將軍」的劉峙，這位眾所周知的敗軍之將，在自己的回憶錄中描繪自己為一個「周密考慮無遺漏」且「面對危機從容不迫」的卓越將領，仿佛失敗與他無關。
石覺與杜聿明在東北的惡劣關系，在他們的敘述中顯而易見，雙方都極力誇大自己的成就，貶低對方。但這也間接反映了一個問題，即杜聿明在東北的指揮下，與他手下的國民黨將領們的關系錯綜復雜。
杜聿明被蔣介石任命為東北保安司令長官，1947年之前，其指揮下的部隊包括新一軍、新六軍、第13軍、第52軍、第71軍、第60軍、第93軍，這些軍的軍長分別是孫立人、廖耀湘、石覺、趙公武、陳明仁、曾澤生、盧浚泉。
石覺與杜聿明的沖突
石覺
國民黨勢力進軍東北始於對山海關的進攻，此時由杜聿明指揮的是第13軍和第52軍，其余部隊尚在途中。
第13軍原為湯恩伯的根基部隊。1945年春，國民黨軍組織了四個方面軍，湯恩伯擔任第三方面軍總司令，其中第13軍為該方面軍中首批更換美式裝備的部隊。
不論是湯恩伯還是石覺，均不願第13軍前往東北，但由於蔣介石的命令，他們不得不服從。在對山海關的進攻中，在我軍的有力抵抗下，石覺產生了畏縮心態，建議杜聿明等待後續部隊增援後再發起進攻。
杜聿明對此大為不悅，嚴厲斥責石覺，並召集第13軍的團級以上軍官，親自部署攻擊行動。在我軍主動撤退後，杜聿明命令第13軍追擊，但石覺並未認真執行。
這僅僅是開始，在隨後的行動中，石覺與杜聿明多次發生沖突，在七位軍長中，石覺是讓杜聿明最為頭疼的一個。
第13軍初入東北時，石覺及其部下極為囂張。1946年2月中旬，我軍集結7個團的力量，突然對駐紮在秀水河子的第13軍第89師部份部隊發起包圍，殲滅1600余人。戰後，石覺責怪援軍未到，而杜聿明則指責第89師敗得過快，無法及時救援。
1947年，在四保臨江的戰鬥中，第13軍第89師被我軍包圍，經過激戰，除師長萬宅仁化裝逃脫外，其余7500余人全軍覆沒。
此戰之後，第13軍元氣大傷，石覺擔憂老部隊的徹底損失，透過湯恩伯等人的關系，調往熱河防守，並公然回避戰鬥。
後來，當熱河防區歸屬於傅作義指揮的華北剿匪總司令部時，北平胡平解放，石覺等頑固派軍官乘坐飛機逃離。
石覺在其回憶錄中，對杜聿明進行了極力的貶低，聲稱「杜聿明未曾經歷過多次硬戰、大戰，其軍事才能僅限於一位勤奮勇敢的軍師長。」
盡管對這種評價本身可以有所爭議，但這反映了石覺與杜聿明在東北的糟糕關系，「勢同水火」用以形容他們的關系，絕不為過。
與滇軍的矛盾
1945年10月，當第一方面軍總司令盧漢帶領滇軍主力第60軍、第93軍等部隊在越南接受日軍投降時，訊息傳來杜聿明率軍包圍雲南五華山（雲南省政府所在地），逼迫「雲南王」龍雲交出軍政權力，前往重慶擔任名義上的軍事參議院長。
盧漢召集第60軍、第93軍的師級以上高級軍官會議，討論對策。意見分為兩派，一派主張立即返回雲南反擊，另一派建議暫時觀望局勢變化。
經過反復考量，盧漢放棄了透過武力對抗的計劃，因為僅憑滇軍的這兩支軍，對抗在雲南的關麟征部隊就已經力不從心，更不用說昆明的杜聿明部隊虎視眈眈，另有周福成的第53軍等親蔣部隊。
最終的妥協結果是盧漢前往雲南，接替龍雲成為省主席，而滇軍的第60軍、第93軍則被派往東北。
滇軍官兵因為這一決策而情緒激動，對於突然被派往東北的情況感到不滿。由於杜聿明是「五華山事件」的主導者，滇軍官兵對他自然持有隔閡感。
國民黨進駐東北的七個軍中，除了滇軍的兩個軍外，其余五個都是中央軍。在後勤補給方面，國民黨軍隊向來有親疏之別，主力與非主力部隊、中央軍與地方軍隊之間的差異頗大。
在1946年5月的鞍海戰役中，第60軍的第184師師長潘朔端率部起義。潘朔端起義後，滇軍將領普遍指責杜聿明見死不救。
這其實對杜聿明有些冤枉，在潘朔端的師部和兩個團被我軍包圍之後，杜聿明曾命令孫立人率領新一軍進行救援。孫立人以部隊需整補為由，直到潘朔端發出求救電報三天後才開始行動，但還未走遠，潘朔端便宣布起義。
其中還有一段插曲，杜聿明在嚴令孫立人救援時，蔣介石正好在沈陽視察，孫立人繞過了東北行轅主任熊式輝和杜聿明，直接向蔣介石請示，蔣介石同意新一軍在整補完畢後再進行救援。
有了蔣介石的支持，杜聿明無法再強令孫立人行動。這也展現了地方軍隊的尷尬處境，假如當時被包圍的是新六軍、第71軍這樣的直屬部隊，蔣介石肯定會立即命令各部隊救援。
第60軍軍長曾澤生對杜聿明也有所不滿，認為將第60軍分散部署是兵法上的大忌。潘朔端回憶，第184師被分散駐紮在鞍山、海城、大石橋、營口等鐵路沿線，師部駐在海城，當海城被圍時，潘朔端作為師長，能夠指揮的兵力不足三千人。
由此可見，杜聿明與第60軍、第93軍的主要將領之間的關系，雖不至於如同與石覺般糟糕，但裂痕顯著。
與孫立人的爭執
孫立人
杜聿明與孫立人之間的不和，在東北國民黨軍中是眾所周知的。新一軍初抵東北時，孫立人正在國外進行軍事考察及接受勛章，因此該軍實際上是由東北保安副司令長官鄭洞國代理指揮的。鄭洞國與杜聿明私交甚好，且曾是新一軍的軍長，這段時間內新一軍對杜聿明的命令執行度較高。
當孫立人回到東北，接手新一軍的指揮權後，情況發生了變化，杜聿明的命令執行度開始明顯降低。
在晚年時期，孫立人在接受陳嘉驥采訪時表達了這樣的觀點：
若要扭轉東北的局面，唯一的解決辦法是讓駐紮在長春和吉林的軍隊立刻過松花江，直取哈爾濱。但即便我提出這個建議，杜聿明也沒有勇氣去實施，因為杜聿明向來過分謹慎，不適宜擔任指揮職務。
這番言論，被許多人視為孫立人優於杜聿明的佐證。然而，如果仔細審視當時的實際情況，不難發現孫立人對他人要求嚴格，對自己則相對寬容。
在國民黨軍隊占領四平之後，杜聿明部署了三支縱隊前進，包括新一軍、新六軍和71軍的第88師構成的中路縱隊，朝公主嶺方向進發，最終攻占長春。
雖然三支縱隊的進展各不相同，但總體上都完成了任務，唯獨孫立人指揮的新一軍行動緩慢，進展最為遲鈍。
鄭洞國因為無法對孫立人采取有效措施，憤怒地向杜聿明發送電報，抱怨新六軍和71軍的第88師已經出發，而新一軍主力仍舊停留原地。
杜聿明和鄭洞國前往孫立人的部隊指揮部，三人之間發生了激烈的爭論，最終不歡而散。當國民黨的其他部隊攻占長春時，新一軍依然在途中。
孫立人既然認為杜聿明指揮過於謹慎，缺乏主動，那為何在他自己負責時，又對前往長春的道路充滿顧慮，猶豫不決，遲遲未能做決定呢？
這僅僅是孫立人與杜聿明之間矛盾的開端，兩人的紛爭直到孫立人離開東北才告一段落。
關於陳明仁的關系
陳明仁
在東北國民黨的七位軍長中，陳明仁的資歷最深，也是最為郁悶的一個。東北保安司令部的正副司令官杜聿明和鄭洞國，都是陳明仁在黃埔軍校的同期同學。
陳明仁早期的職位相當高，當時他擔任少將旅長時，杜聿明和鄭洞國還僅是團長。但是，十幾年後，陳明仁卻成了杜聿明、鄭洞國的下屬，而在七位軍長中，他是唯一的黃埔一期生。盡管國民黨軍中不乏仍舊擔任軍長或師長職務的黃埔一期生，但鑒於陳明仁的軍事才能和戰績，他本不應僅是這樣的職務。
流傳甚廣的一種說法是，陳明仁指揮71軍進駐東北後，與杜聿明不和。但事實上，這種說
法只對了一半，因為陳明仁與杜聿明的關系其實還算不錯，而是71軍的其他主要官員對杜聿明持有意見。
71軍是宋希濂的舊部，遠征軍在滇西反攻期間，71軍作為宋希濂的十一集團軍的骨幹力量。在三次龍陵戰役中，宋希濂因「虛報戰績」而被撤職，黃傑接任總司令一職。黃傑上任後，宋希濂的親信、71軍軍長鐘彬被調走，由副軍長陳明仁接任。
陳明仁被調至71軍擔任副軍長，是因為他在擔任預備2師師長期間，因在昆明對蔣介石不敬而被降職，因此71軍並非他的原部隊，復雜的人事關系讓陳明仁也頗感頭痛。
在東北，杜聿明最依賴的部隊是新六軍，在攻占四平之後，他命令71軍的88師臨時歸屬廖耀湘指揮，以增強新一軍的戰鬥力。
88師的師長胡家驥對廖耀湘頻繁將其部隊用作先鋒感到不滿，兩人發生了激烈的沖突，廖耀湘向杜聿明投訴，稱胡家驥不服從指揮。杜聿明以東北保安司令部的名義，將胡家驥撤職，並指派自己的親信韓增棟擔任師長。
韓增棟上任後，71軍上下對他極不服氣，即便是他所在的88師，連團長也不聽他的指揮。韓增棟擔任師長不久，該師的一支團被敵軍包圍，韓增棟未向陳明仁求援，也未聯系71軍的其他師長，而是直接向東北保安司令部請求支援。該團很快被殲滅，陳明仁極為憤怒，斥責韓增棟采取錯誤的求援方式。
像這樣的事件並非孤例，但總體而言，陳明仁與杜聿明的關系還算不錯。原因在於，許多人誤解了陳明仁「傲上將軍」的稱號，以為他難以相處。實際上，陳明仁更易於接受溫和的對待。杜聿明在東北時，面對陳明仁，並不擺出上級的架子，而是以黃埔同期的身份拉近關系，因此盡管71軍的許多官兵對杜聿明有所不滿，陳明仁對於杜聿明的指令還是會積極響應。
關於新六軍和52軍的優先考慮
廖耀湘
杜聿明在其回憶錄中談到東北戰事時，明顯偏愛新六軍和52軍，言辭之中流露出「這兩支軍隊最為可靠」的暗示。
1938年，當國民黨軍第一個機械化師——200師組建時，杜聿明
擔任師長，廖耀湘為參謀長；當以200師為骨幹組建新編第十一軍（後更名為第五軍）時，杜聿明是代理軍長、軍長，鄭洞國擔任副軍長兼榮譽一師師長，廖耀湘則是新22師的副師長。在組建駐印軍新一軍時，首任軍長為鄭洞國，最初轄有新22師和孫立人的新38師。
由此可見，廖耀湘作為新六軍軍長，以及新六軍的核心部隊新22師，其實源自於杜聿明、鄭洞國的第五軍體系，而這兩人正是保安司令部的正副司令，自然對新六軍格外看重。
至於52軍，情況與此類似。52軍是關麟征的老部隊，由25師擴編而來。杜聿明曾在25師擔任過旅長和副師長；鄭洞國在抗戰初期也曾在52軍擔任過師長。
對杜聿明和鄭洞國來說，新六軍和52軍是他們信得過的部隊，算是「自家人」，而新六軍和52軍也自認為是東北保安司令部的直屬部隊，在執行命令時自然比其他軍隊更加盡職盡責。
在攻占安東之後，熊式輝和杜聿明立即向南京報請同意，讓52軍軍長趙公武兼任國民黨安東省主席，並不久之後升任第三綏靖區司令官兼安東警備司令，負責遼寧、安東、吉林等省的軍事工作。由此可見，杜聿明對52軍的偏愛程度絲毫不亞於對新六軍的喜愛。
杜聿明的「偏愛」與無奈
杜聿明
自杜聿明抵達東北開始，在初期攻勢減弱後，對國民黨軍隊的調動顯示出，七個軍中的新六軍和52軍作為機動部隊，頻繁被派遣到各個戰場，有種「消防隊」的感覺，而其他五個軍，除了71軍偶爾被調動外，其余四個軍基本上承擔駐守任務。
杜聿明這樣部署兵力，新六軍和52軍自然負擔沈重。52軍在新開嶺之戰中失去了被譽為「千裏駒」的核心部隊25師，從此難以恢復元氣，廖耀湘也被事務纏身，回憶起來表示新六軍在南北滿洲各戰場之間窮於應對，導致手忙腳亂，部隊損耗嚴重。
為了增強進攻力量，杜聿明將原屬於新六軍的207師單獨設定為一個獨立師，試圖再建立一支攻擊力量，但直到1947年7月，該師才從兩旅六團擴編為三旅九團。此時，杜聿明即將離開東北，因為屢敗屢戰的國民黨參謀總長陳誠意圖前來東北，以期取得一些「成就」，以此挽回頹敗的聲譽。
許多國民黨將領批評杜聿明在東北的區別對待行為。但公平而論，杜聿明也有自己的苦衷，派系鬥爭是國民黨軍隊的頑疾，難以根治，杜聿明能做的最多是進行一些協調和修補工作。誠實說來，他能做的只是偶爾調整一些師長、軍長的任免，即使是行轅主任熊式輝也不能單獨決定，需要請示南京的蔣介石。
國民黨的失敗有其必然性，原因眾多，軍隊內部的消耗戰是其中之一。東北國民黨軍隊內部的糾紛，正是這一問題的一個縮影。
