南朝与北朝一样，也出现了佛、道之间的激烈斗争。在这个时期，虽然道教有了很大的发展，但是，佛教的发展是更甚于道教。相对于北朝相较而言，南朝的佛、道之争，只是义理上的争辩，没有诉诸武力。
交锋
刘宋文帝元嘉九年（432年），何承天出【报应问】，批评佛教因果报应说，儒、道同佛教之间的理论斗争展开。刘宋周颙著【三宗论】泛涉百家， 周颙善兼【老】【易】，长于佛理，他认为佛教的思想是比道家更严密一些。
刘宋末年，道士顾欢发表【夷夏论】，详论佛、道二教同异优劣。顾欢详论佛、道二教之同与异，从而论证两家的是与非、优与劣，强调二教之异。他以老子化胡论为基础的，即认为佛、道都是老子所创，佛教是由道教派生的。这个观点，自汉魏之际就存在，当时佛教刚传入不久，未出现佛教徒反对。时至南北朝，佛教已兴盛起来，于是遭到了佛教徒的反对。顾欢又以中国传统的夏尊夷卑思想为据，贬佛教为戎法，褒道教为圣教，表现出强烈的排佛思想。同时，还指出了佛教的某些思想与中国的礼教不相容处。于是，许多佛教徒纷纷撰文驳斥【夷夏论】，其中就有刘宋僧绍著【正二教论】反驳道教对于佛教的发难。
南齐初，张融作【门律】，以说明佛、道本无二致。寄给周颙等人，结果又引起了张融与周颙间的一场争论。周颙不同意张融的观点，作【难张长史门论】。随后二人又相互辩驳。
激烈
南齐道士托张融之名作【三破论】，斥佛教入国破国，入家破家，入身破身。认为佛教破坏了家庭伦常关系。而且还使用了侮辱性的言词，使佛、道间的斗争更为激烈。佛教徒和信仰者们撰文加以反驳。至此，已经不是理智的论辩了，已经掺杂了个人情感，与前一时期【夷夏论】之辩已不是一回事了。
佛教徒对此进行了反击，撰写【正诬论】、【清静法行经】，针锋相对，认为孔、老都是佛祖的学生，佛教比道教更早，因此应以佛教为正统。
又有刘勰作【灭惑论】、僧顺著【释三破论】对道教的攻击进行反驳。【灭惑论】将道教分为三部分，太上老子之教、神仙道术、张陵、葛洪的教法。刘勰认为老子不讲三世、智慧，神仙道术并不能让人们摆脱苦恼生死；张、葛教法愚惑民众，不能解脱众生。
佛教为了获得统治者的支持，指责道教「挟道作乱」、以「左道惑众」。释玄光以张角、张鲁、孙恩为例，斥道教为「凶逆」、「群妖」。刘勰亦说：「事合氓庶，故比屋归宗。是以张角、李弘，毒流汉季；卢循、孙恩，乱盈晋末。余波所被，实蕃有徒。」这一点，也被后来的佛教徒抓住不放，作为攻击道教的重要证据。
调和
在佛、道二教激烈斗争的同时，也有人持调和论。陶弘景就认为：「夫万象森罗，不离两仪之育；百法纷凑，无越三教之境。」 「崇教惟善，法无偏执。」
笃信佛教的萧子良也说：「真俗之教，其致一耳。」
孟景翼，也曾与竟陵王和僧人们辩佛、道是非，著【正一论】以调和佛、道矛盾。
陶弘景就认为：「夫万象森罗，不离两仪之育；百法纷凑，无越三教之境。」正因如此，故至陈、梁以后，佛、道二教斗争的激烈程度大大下降，除个别人之间的小争论外，再未出现过如齐代【夷夏论】那样的大论争。二教之间相互吸取、融合却有了加强。不仅佛教的因果报应、三世轮回、地狱天堂等思想被道教大量吸收，道教的一些思想也被佛教吸取，如被佛教天台宗尊为第三祖的陈代僧人慧思，他就在其所著【誓愿文】中吸取了道教的神仙思想。
504年 萧梁武帝天监三年。梁武帝弃道奉佛，宣布「惟佛一道是正道」。
