根据新旧唐书的记载，李世民登基后，由于弑兄杀侄之事，他常常在夜里做噩梦。每当醒来，他总是听到卧室外有抛砖掷瓦的声音和鬼魅的呼叫，这使得后宫夜夜不得安宁。
他深感恐惧，于是将此事告知了君臣。秦琼说：「臣身经百战，杀敌如同切瓜，收尸犹如聚蚁，何惧鬼魅？臣愿与敬德一道披甲执锐，把守宫门。」李世民同意了，果然当晚平安无事。从此以后，二人每夜轮流守卫。后来，李世民觉得他们辛苦，于是命令画工在寝殿门口画下二人的全身像，自此邪祟再也没有出现。
这就是门神的起源，时至今日，民间贴在门上的门神依然是秦琼和尉迟恭的形象。
在小说的演绎中，秦琼的形象显得尤为高大。尽管他在隋唐十八条好汉中仅排第十六位，但除了虚构的人物如李元霸、宇文成都、熊阔海外，秦琼在演义中的表现无疑更为突出。诸如「马踏黄河两岸，锏打三州六府，威震山东半边天」、神拳太保、小孟尝、兵马大元帅等一系列称号，以及他为单雄信「肋插刀」的英勇表现，使他远远超越了其他好汉。
秦琼无疑是隋唐历史上最受欢迎的武将。然而，最令人郁闷的是，秦琼不仅在凌烟阁功臣榜上名列末尾，而且历代武庙中也未见其踪影，甚至在【十七史百将传】中也没有收录他。为什么秦琼会如此不受欢迎呢？秦琼在凌烟阁中的排名引发了广泛讨论，原因也十分明显，那就是他并未参与玄武门之变。
在事变发生之前，秦琼已经担任了上柱国、翼国公，并且是秦王府右三统军，其地位在尉迟恭之上。然而，事变后，秦琼被封为左武卫大将军，食实封七百户，这一荣誉远不及尉迟恭的吴国公、右武侯大将军以及食实封一千三百户。后来，李世民封赏「凌烟阁二十四功臣」，尉迟恭位列第七，成为武将中排名最高者，甚至超过了李靖和李勣。
不得不承认，这其中存在李世民的个人因素。关于武庙，秦琼的能力和地位使他处于入庙与否的两难境地。唐朝入选武庙的名将总共有13位，创下了历代最多的记录。他们是：李靖、李勣、郭子仪、李孝恭、尉迟敬德、苏定方、裴行俭、王孝杰、张仁亶、王晙、郭元振、李光弼和李晟。
其中两人是武庙十哲中的顶尖人物，李靖和李勣作为唐初的绝代双骄，实力之强毋庸置疑。
两人都属第二等。郭子仪对唐朝有再造之恩，功勋卓著，功德圆满。李孝恭作为方面军统帅也立下了赫赫战功，比如在南平萧铣之战中表现出色。然而，他经常有李靖和李绩的辅佐，因此很难明确归功于他一人。
9人中位列第三等的是尉迟敬德，他以忠勇著称，并曾担任方面军主帅。苏定方则是唐朝版图达到巅峰的关键人物，他前后灭掉了三个国家，均俘获了其君主。裴行俭文武双全，不仅具有将才，还取得了实质性的战绩。王孝杰在征讨吐蕃时表现出色，但在与突厥和契丹的交战中遭遇了惨败。张仁愿、王晙和郭元振均是才智兼备的将领，尽管他们的成就并不突出，但在当时国运昌盛的背景下，他们自然不乏自信。李光弼作为平安史之乱中的杰出将领，其军事才能甚至超越了郭子仪。而李晟在平定朱泚叛乱中展现了非凡的勇谋，堪称唐朝后期的名将之星。
实际上，秦琼曾短暂地被纳入武庙。963年，赵匡胤参拜武庙时，巡视了两廊的名将像，以手杖指向白起，质问道：「白起虽然曾屠戮敌将，但实在不算武将，为何要让他享受这一殊荣？」于是，他下令将白起移除。然而，这一举动引发了连锁反应，左拾遗高锡上书建议由于王僧辩「不克善终」，不应在配享之列，赵匡胤同意了这一提议。其他朝臣也纷纷上书推荐他们心目中的古代名将，赵匡胤最终指示吏部尚书张昭和工部尚书窦仪重新审定武庙成员，这样便进行了一次大规模的调整。
最终，赵匡胤批准将二十三人晋升至武庙，并将原武庙中的二十二人剔除。其中，秦琼是被晋升到武庙的成员之一。
此次武庙名单的大变更被后人称为「重德轻功」。除了秦琼之外，还有周访、李崇、段韶、李弼等鲜为人知的人物入选。而被排除在外的不仅有白起，还有吴起、廉颇、韩信、孙膑这些赫赫有名的战将。难怪宋初文学家梁周翰感叹道：「凡名将悉皆人雄，苟欲指瑕，谁当无累！」
在统治者看来，秦琼之所以能被选入武庙，完全是因为他的「功业无瑕」，而仅凭他的个人功绩则不足以使他获得这个荣誉。武庙的门槛确实较高，但【十七史百将传】中竟然没有秦琼的记载，这让我们感到有些困惑。【百将传】由北宋学者张预历经数年编撰而成，内容涉及中国古代众多名将的生平事迹。尽管这部作品并非正史，但它的资料来源却是十七史等权威史书，因此得到了后世广泛认可，并对许多名将传记产生了深远影响。
【百将传】中记录的大唐名将最多，共有二十一位。除了武庙中列举的十三位，还增加了唐休璟、李抱真、马燧、浑瑊，以及薛仁贵、李嗣业、李愬、程咬金等七位。
由于我们发现了唐休璟、李抱真、李愬等鲜为人知的历史人物，这迫使我们重新审视正史中有关秦琼的事迹。史料中记载的秦琼事迹远不如我们想象中的丰富。秦琼，齐州历城人，起初在隋朝将领来护儿的手下工作，受到对方的极大宠爱。秦琼的母亲去世后，来护儿特意派人送来衣物以示吊唁。
后来，秦琼随张须陀征讨卢明月时，由于隋军兵力不足，只能守城不敢出击。待到粮草耗尽，张须陀计划引兵撤退，但担心敌军会追击，他打算派精锐士兵突袭敌军营寨，争取先胜一局，以确保安全撤退。然而，众将都不愿意执行这一任务，最终只有秦琼和罗士信自愿前往。秦罗二人率领一千名士兵攻击敌营，击杀了数十人，焚毁了三十多个屯点，敌营因此陷入混乱。张须陀乘机出击，成功击败了卢明月。随后，张须陀与孙宣雅在海曲展开激战，秦琼第一个登上城楼，因此被封为建节尉。
张须陀去世后，秦琼先是归顺了裴仁基，随后又跟随裴仁基投降了李密。史书记载，李密因得到了叔宝的归顺而欣喜异常，视其如同账下的骠骑，将其待遇极为优厚。在宇文化及的黎阳之战中，李密在战斗中受了箭伤，险些陨落，幸亏秦琼奋勇杀出重围，才成功挽救了李密的性命。
瓦岗军覆灭后，归顺了王世充，并被授封为龙骧大将军。然而，秦琼却认为王世充不具备帝王之才，于是与程咬金一同在两军阵前投降唐朝。
降唐后，秦琼一直在秦王府任职，李世民对他十分优待，并授予他马军总管的职务。接下来便是声名显赫的美良川之战。美良川之战是李世民领导唐军平定天下过程中的一场重要战役，属于柏壁之战的一部分。在此战之前，刘武周势不可挡地一路南下，重创李元吉部，攻陷了李唐的老巢河东和并州，并且斩杀了永安王李孝基。
于是，李世民亲自率领秦琼、程咬金等人前往抵御敌人。唐军在柏壁安营扎寨。尉迟敬德在夏县击败唐军后，退回浍州。李世民派遣兵部尚书殷开山和总管秦叔宝与敬德在美良川展开交战，经过激烈的战斗，敬德的军队遭遇惨败，阵亡超过2000人。
关于这场战役的结果，有两种说法。正史记载中，秦琼大败尉迟恭，尉迟恭退守永安。然而，尉迟恭的投降并非秦琼所促成，而是李世民派遣李道宗和宇文士及进入城中劝降，尉迟恭才将介休和永安两座城池献降唐朝。
还有一种说法是，秦琼曾活捉尉迟恭。据【秦另一种说法是秦琼曾活捉尉迟恭，这个记载出自【秦怀道墓志铭】，其中写道：「祖叔宝，隋龙骧将军，从高祖神尧帝擒尉迟敬德，拜上柱国」。
由于尉迟恭的亲家公许敬宗的影响，许多人认为这方墓志铭更具可信性。然而，也有人对此提出了质疑。例如，有人认为这可能是秦琼的后代的夸张之词，因为秦琼的孙子秦景倩最高只担任过「山阴县令」这样的低级官职，用以提升自己的身份。此外，还有人指出，秦景倩委托撰写的墓志铭中，应该称呼秦琼为「考」，而非「祖」，连辈分都搞错了，因此对墓志铭的真实性提出了怀疑。
无论如何，美良川之战对李唐的重大意义无可否认。这场战役扭转了唐军连连败北的局面，为柏壁之战的胜利奠定了基础。战后，秦琼被封为上柱国，李渊亲自赐予象征荣誉的黄金瓶，并说：「如果我的肉可以食用，我愿割下来给你吃，更何况子女和玉帛呢？」
在接下来的几年中，秦琼跟随李世民南征北战。据史书记载，李世民每次出战，遇到敌将炫耀威风以鼓舞士气时，总是命令秦琼前去迎战。秦琼则跃马持枪，冲入万军之中，所向披靡，未尝有失。
尽管秦琼常常担任先锋，但他却从未有过独立指挥的机会。李世民当时挑选了一支由千余名精锐骑兵组成的部队，命令他们身着黑衣玄甲，称之为玄甲骑兵。这支部队被分为四个小队，由秦琼、程知节、尉迟恭和翟长孙四人各自指挥。作战时，李世民亲自带领这支部队作为前锋，因此秦琼作为独立作战单位时，所带领的队伍仅有二三百人，尽管这些人都是精锐中的精锐。
李世民相当于把他当作特种部队小队的队长来使用。
李世民登基之后，秦琼便上书声称自己身体不适，选择了半隐退的生活。正如他所言，「我自少时便历经战乱，参与了二百多场战斗，屡次受创，流血量巨大，岂能不生病？」在贞观十二年，秦琼因病去世。
这便是关于秦琼的全部记载。回顾他的一生，虽然勇猛无比，但作为将领却鲜有卓越的战绩，也未曾有独当一面的功勋。他最著名的一战是美良川之战，当时的总指挥是李世民，方面军统帅是殷开山，而秦琼只是其中的一名勇士。
尽管李渊清楚这项任务是由秦琼完成的，但功劳却只能归于殷开山。尽管普通士兵也有可能被评为特级战斗英雄，但最终获益最多的依然是他们的上级指挥官。
李渊对此感到非常内疚，因此写了一封信，表示愿意将自己身上的肉割下来送给秦琼。这样既是为了安抚人心，也是一种对秦琼的额外补偿。
【十七史百将传】的编写遵循了一个重要原则，即依据【孙子兵法】的思想来进行。所收录的名将几乎都是曾经担任过一方统帅并参与过重要战役的人物。因此，这部作品实际上评判的并非只是将领，而是那些曾经担任过统帅职务的将领。
例如，尉迟恭曾作为刘武周的前线指挥官，打得李唐军队溃不成军，李孝基、独孤怀恩、于筠、唐俭都曾被他俘虏。在渭水之盟前，突厥军队兵临城下，李世民面临无帅可用的困境，李靖和李勣都不在身边。于是，李世民任命尉迟恭为泾州道行军总管，派他前往泾阳前线组织反攻。最终，尉迟恭成功生擒敌将阿史德乌没啜，并击毙一千多名突厥骑兵。尽管他未能完全阻止突厥主力进抵渭水，但他成功地阻挡了突厥的后续部队，使颉利无法全力进攻。
此外，美良川之战是一场遭遇战，尽管秦琼勇敢无畏，但却没有任何战略战术可言。
总体而言，秦琼一生未曾担任过一方主帅，且唯一的著名战役也没有什么值得称道的战略战术。尽管秦琼作为武将深受人们喜爱，但如同三国时期的赵云一样，他大多数时间都充当李世民的亲卫。因此，他未能入选武庙和百将传也在情理之中。
秦琼并非不被重视，只是由于他的功绩尚未达到武庙和百将传所要求的标准。
