国民党将领石觉抵达台湾后，在他的回忆录中提及，当国民党势力迅速进入东北地区时，他指出在最初一年内，被派遣的七支军中，有五位军长与杜聿明产生了不和，反对其指挥方式。
逃亡至台湾的国民党高级军官们在他们所著的回忆录中，常常推卸责任、相互指责是一种普遍现象。例如，被称为「长腿将军」的刘峙，这位众所周知的败军之将，在自己的回忆录中描绘自己为一个「周密考虑无遗漏」且「面对危机从容不迫」的卓越将领，仿佛失败与他无关。
石觉与杜聿明在东北的恶劣关系，在他们的叙述中显而易见，双方都极力夸大自己的成就，贬低对方。但这也间接反映了一个问题，即杜聿明在东北的指挥下，与他手下的国民党将领们的关系错综复杂。
杜聿明被蒋介石任命为东北保安司令长官，1947年之前，其指挥下的部队包括新一军、新六军、第13军、第52军、第71军、第60军、第93军，这些军的军长分别是孙立人、廖耀湘、石觉、赵公武、陈明仁、曾泽生、卢浚泉。
石觉与杜聿明的冲突
石觉
国民党势力进军东北始于对山海关的进攻，此时由杜聿明指挥的是第13军和第52军，其余部队尚在途中。
第13军原为汤恩伯的根基部队。1945年春，国民党军组织了四个方面军，汤恩伯担任第三方面军总司令，其中第13军为该方面军中首批更换美式装备的部队。
不论是汤恩伯还是石觉，均不愿第13军前往东北，但由于蒋介石的命令，他们不得不服从。在对山海关的进攻中，在我军的有力抵抗下，石觉产生了畏缩心态，建议杜聿明等待后续部队增援后再发起进攻。
杜聿明对此大为不悦，严厉斥责石觉，并召集第13军的团级以上军官，亲自部署攻击行动。在我军主动撤退后，杜聿明命令第13军追击，但石觉并未认真执行。
这仅仅是开始，在随后的行动中，石觉与杜聿明多次发生冲突，在七位军长中，石觉是让杜聿明最为头疼的一个。
第13军初入东北时，石觉及其部下极为嚣张。1946年2月中旬，我军集结7个团的力量，突然对驻扎在秀水河子的第13军第89师部分部队发起包围，歼灭1600余人。战后，石觉责怪援军未到，而杜聿明则指责第89师败得过快，无法及时救援。
1947年，在四保临江的战斗中，第13军第89师被我军包围，经过激战，除师长万宅仁化装逃脱外，其余7500余人全军覆没。
此战之后，第13军元气大伤，石觉担忧老部队的彻底损失，通过汤恩伯等人的关系，调往热河防守，并公然回避战斗。
后来，当热河防区归属于傅作义指挥的华北剿匪总司令部时，北平和平解放，石觉等顽固派军官乘坐飞机逃离。
石觉在其回忆录中，对杜聿明进行了极力的贬低，声称「杜聿明未曾经历过多次硬战、大战，其军事才能仅限于一位勤奋勇敢的军师长。」
尽管对这种评价本身可以有所争议，但这反映了石觉与杜聿明在东北的糟糕关系，「势同水火」用以形容他们的关系，绝不为过。
与滇军的矛盾
1945年10月，当第一方面军总司令卢汉带领滇军主力第60军、第93军等部队在越南接受日军投降时，消息传来杜聿明率军包围云南五华山（云南省政府所在地），逼迫「云南王」龙云交出军政权力，前往重庆担任名义上的军事参议院长。
卢汉召集第60军、第93军的师级以上高级军官会议，讨论对策。意见分为两派，一派主张立即返回云南反击，另一派建议暂时观望局势变化。
经过反复考量，卢汉放弃了通过武力对抗的计划，因为仅凭滇军的这两支军，对抗在云南的关麟征部队就已经力不从心，更不用说昆明的杜聿明部队虎视眈眈，另有周福成的第53军等亲蒋部队。
最终的妥协结果是卢汉前往云南，接替龙云成为省主席，而滇军的第60军、第93军则被派往东北。
滇军官兵因为这一决策而情绪激动，对于突然被派往东北的情况感到不满。由于杜聿明是「五华山事件」的主导者，滇军官兵对他自然持有隔阂感。
国民党进驻东北的七个军中，除了滇军的两个军外，其余五个都是中央军。在后勤补给方面，国民党军队向来有亲疏之别，主力与非主力部队、中央军与地方军队之间的差异颇大。
在1946年5月的鞍海战役中，第60军的第184师师长潘朔端率部起义。潘朔端起义后，滇军将领普遍指责杜聿明见死不救。
这其实对杜聿明有些冤枉，在潘朔端的师部和两个团被我军包围之后，杜聿明曾命令孙立人率领新一军进行救援。孙立人以部队需整补为由，直到潘朔端发出求救电报三天后才开始行动，但还未走远，潘朔端便宣布起义。
其中还有一段插曲，杜聿明在严令孙立人救援时，蒋介石正好在沈阳视察，孙立人绕过了东北行辕主任熊式辉和杜聿明，直接向蒋介石请示，蒋介石同意新一军在整补完毕后再进行救援。
有了蒋介石的支持，杜聿明无法再强令孙立人行动。这也展现了地方军队的尴尬处境，假如当时被包围的是新六军、第71军这样的直属部队，蒋介石肯定会立即命令各部队救援。
第60军军长曾泽生对杜聿明也有所不满，认为将第60军分散部署是兵法上的大忌。潘朔端回忆，第184师被分散驻扎在鞍山、海城、大石桥、营口等铁路沿线，师部驻在海城，当海城被围时，潘朔端作为师长，能够指挥的兵力不足三千人。
由此可见，杜聿明与第60军、第93军的主要将领之间的关系，虽不至于如同与石觉般糟糕，但裂痕显著。
与孙立人的争执
孙立人
杜聿明与孙立人之间的不和，在东北国民党军中是众所周知的。新一军初抵东北时，孙立人正在国外进行军事考察及接受勋章，因此该军实际上是由东北保安副司令长官郑洞国代理指挥的。郑洞国与杜聿明私交甚好，且曾是新一军的军长，这段时间内新一军对杜聿明的命令执行度较高。
当孙立人回到东北，接手新一军的指挥权后，情况发生了变化，杜聿明的命令执行度开始明显降低。
在晚年时期，孙立人在接受陈嘉骥采访时表达了这样的观点：
若要扭转东北的局面，唯一的解决办法是让驻扎在长春和吉林的军队立刻过松花江，直取哈尔滨。但即便我提出这个建议，杜聿明也没有勇气去实施，因为杜聿明向来过分谨慎，不适宜担任指挥职务。
这番言论，被许多人视为孙立人优于杜聿明的佐证。然而，如果仔细审视当时的实际情况，不难发现孙立人对他人要求严格，对自己则相对宽容。
在国民党军队占领四平之后，杜聿明部署了三支纵队前进，包括新一军、新六军和71军的第88师构成的中路纵队，朝公主岭方向进发，最终攻占长春。
虽然三支纵队的进展各不相同，但总体上都完成了任务，唯独孙立人指挥的新一军行动缓慢，进展最为迟钝。
郑洞国因为无法对孙立人采取有效措施，愤怒地向杜聿明发送电报，抱怨新六军和71军的第88师已经出发，而新一军主力仍旧停留原地。
杜聿明和郑洞国前往孙立人的部队指挥部，三人之间发生了激烈的争论，最终不欢而散。当国民党的其他部队攻占长春时，新一军依然在途中。
孙立人既然认为杜聿明指挥过于谨慎，缺乏主动，那为何在他自己负责时，又对前往长春的道路充满顾虑，犹豫不决，迟迟未能做决定呢？
这仅仅是孙立人与杜聿明之间矛盾的开端，两人的纷争直到孙立人离开东北才告一段落。
关于陈明仁的关系
陈明仁
在东北国民党的七位军长中，陈明仁的资历最深，也是最为郁闷的一个。东北保安司令部的正副司令官杜聿明和郑洞国，都是陈明仁在黄埔军校的同期同学。
陈明仁早期的职位相当高，当时他担任少将旅长时，杜聿明和郑洞国还仅是团长。但是，十几年后，陈明仁却成了杜聿明、郑洞国的下属，而在七位军长中，他是唯一的黄埔一期生。尽管国民党军中不乏仍旧担任军长或师长职务的黄埔一期生，但鉴于陈明仁的军事才能和战绩，他本不应仅是这样的职务。
流传甚广的一种说法是，陈明仁指挥71军进驻东北后，与杜聿明不和。但事实上，这种说
法只对了一半，因为陈明仁与杜聿明的关系其实还算不错，而是71军的其他主要官员对杜聿明持有意见。
71军是宋希濂的旧部，远征军在滇西反攻期间，71军作为宋希濂的十一集团军的骨干力量。在三次龙陵战役中，宋希濂因「虚报战绩」而被撤职，黄杰接任总司令一职。黄杰上任后，宋希濂的亲信、71军军长钟彬被调走，由副军长陈明仁接任。
陈明仁被调至71军担任副军长，是因为他在担任预备2师师长期间，因在昆明对蒋介石不敬而被降职，因此71军并非他的原部队，复杂的人事关系让陈明仁也颇感头痛。
在东北，杜聿明最依赖的部队是新六军，在攻占四平之后，他命令71军的88师临时归属廖耀湘指挥，以增强新一军的战斗力。
88师的师长胡家骥对廖耀湘频繁将其部队用作先锋感到不满，两人发生了激烈的冲突，廖耀湘向杜聿明投诉，称胡家骥不服从指挥。杜聿明以东北保安司令部的名义，将胡家骥撤职，并指派自己的亲信韩增栋担任师长。
韩增栋上任后，71军上下对他极不服气，即便是他所在的88师，连团长也不听他的指挥。韩增栋担任师长不久，该师的一支团被敌军包围，韩增栋未向陈明仁求援，也未联系71军的其他师长，而是直接向东北保安司令部请求支援。该团很快被歼灭，陈明仁极为愤怒，斥责韩增栋采取错误的求援方式。
像这样的事件并非孤例，但总体而言，陈明仁与杜聿明的关系还算不错。原因在于，许多人误解了陈明仁「傲上将军」的称号，以为他难以相处。实际上，陈明仁更易于接受温和的对待。杜聿明在东北时，面对陈明仁，并不摆出上级的架子，而是以黄埔同期的身份拉近关系，因此尽管71军的许多官兵对杜聿明有所不满，陈明仁对于杜聿明的指令还是会积极响应。
关于新六军和52军的优先考虑
廖耀湘
杜聿明在其回忆录中谈到东北战事时，明显偏爱新六军和52军，言辞之中流露出「这两支军队最为可靠」的暗示。
1938年，当国民党军第一个机械化师——200师组建时，杜聿明
担任师长，廖耀湘为参谋长；当以200师为骨干组建新编第十一军（后更名为第五军）时，杜聿明是代理军长、军长，郑洞国担任副军长兼荣誉一师师长，廖耀湘则是新22师的副师长。在组建驻印军新一军时，首任军长为郑洞国，最初辖有新22师和孙立人的新38师。
由此可见，廖耀湘作为新六军军长，以及新六军的核心部队新22师，其实源自于杜聿明、郑洞国的第五军体系，而这两人正是保安司令部的正副司令，自然对新六军格外看重。
至于52军，情况与此类似。52军是关麟征的老部队，由25师扩编而来。杜聿明曾在25师担任过旅长和副师长；郑洞国在抗战初期也曾在52军担任过师长。
对杜聿明和郑洞国来说，新六军和52军是他们信得过的部队，算是「自家人」，而新六军和52军也自认为是东北保安司令部的直属部队，在执行命令时自然比其他军队更加尽职尽责。
在攻占安东之后，熊式辉和杜聿明立即向南京报请同意，让52军军长赵公武兼任国民党安东省主席，并不久之后升任第三绥靖区司令官兼安东警备司令，负责辽宁、安东、吉林等省的军事工作。由此可见，杜聿明对52军的偏爱程度丝毫不亚于对新六军的喜爱。
杜聿明的「偏爱」与无奈
杜聿明
自杜聿明抵达东北开始，在初期攻势减弱后，对国民党军队的调动显示出，七个军中的新六军和52军作为机动部队，频繁被派遣到各个战场，有种「消防队」的感觉，而其他五个军，除了71军偶尔被调动外，其余四个军基本上承担驻守任务。
杜聿明这样部署兵力，新六军和52军自然负担沉重。52军在新开岭之战中失去了被誉为「千里驹」的核心部队25师，从此难以恢复元气，廖耀湘也被事务缠身，回忆起来表示新六军在南北满洲各战场之间穷于应对，导致手忙脚乱，部队损耗严重。
为了增强进攻力量，杜聿明将原属于新六军的207师单独设置为一个独立师，试图再创建一支攻击力量，但直到1947年7月，该师才从两旅六团扩编为三旅九团。此时，杜聿明即将离开东北，因为屡败屡战的国民党参谋总长陈诚意图前来东北，以期取得一些「成就」，以此挽回颓败的声誉。
许多国民党将领批评杜聿明在东北的区别对待行为。但公平而论，杜聿明也有自己的苦衷，派系斗争是国民党军队的顽疾，难以根治，杜聿明能做的最多是进行一些协调和修补工作。诚实说来，他能做的只是偶尔调整一些师长、军长的任免，即使是行辕主任熊式辉也不能单独决定，需要请示南京的蒋介石。
国民党的失败有其必然性，原因众多，军队内部的消耗战是其中之一。东北国民党军队内部的纠纷，正是这一问题的一个缩影。
